科專計畫之運作與管理流程概分為規劃、審查、執行、推廣等4個階段，惟執行結果卻面臨科研發展未能充分結合產業需求、產學研鏈結不足等困境，顯示現行科專運作機制仍存有若干缺失，謹檢討分述如下:
(一)側重計畫執行卻輕忽計畫形成機制，運作機制呈現「頭輕腳重」之狀況
1.規劃階段未能充分結合產業需求，致研發成果落實於產業之成效有待提升
(1)科專計畫之提案雖要求須進行可行性分析，分析項目包括專利資訊檢索分析、產業應用潛力盤點分析、與產學研合作可行性分析、風險評估與分析等，惟研究人員缺乏技術衍生商業化之主動性機制；復未廣納產學研等專家意見，爰在計畫形成之前端即面臨研究與產業化之鴻溝，導致研發成果無法符合產業需求，更與政策目標之扣合度不足。
(2)法人科專以深耕產業技術、厚實科技能量，並將成果技轉企業為主要目的。惟以技術授權成果觀之，近4年度法人科專平均創造之專利應用及技轉收入占科專資源投入比僅約1成(詳圖8)，反映法人研究機構自行規劃之技術研發項目未必符合業者承接技術之需，甚至存在潛在之技術落差，使產業無法運用並發展至商業化階段。
圖8:法人科專經費投入與成果產出圖
※註：1.資料來源，經濟部技術處。
2.缺乏前端孵育機制，導致研究成果未能聚焦在重點與旗艦領域之技術布局，難以培育出接棒之明星產業
(1)「慎始重於管考」，南韓科研計畫之管考除結果面及執行面外，規劃面之事前評估亦扮演重要角色。在計畫形成前，即對國內外環境及各國發展動向進行分析，藉此瞭解科研計畫是否反映國內外社會、經濟需求及科技環境之改變。我國法人科專在執行面之評估，分別於執行進度、經費支用、查證作業等方面均設有管理機制(詳圖9)，惟過度強調執行面之管控，卻忽略事前評估及孵育機制，進而造成制度僵化、程序繁瑣，而徒增管理成本。
圖9:科專計畫執行階段流程圖
(2)創新前瞻計畫屬於引領探索之計畫，主要任務為規劃開發國內外尚未商業化之產品、服務或技術，俾在未來產業產生領導性技術，因此更需要建立以產業需求為導向之前端孵育機制。惟創新前瞻計畫之擬定對我國科技優勢領域之發展規劃不足，更缺乏關鍵性卡位及整體布局之思維戰略，導致過多資源投入無長期規劃之自主性研究，無法落實於協助產業價值之創造。
(二)選題機制競爭度不足，無法擇優聚焦
1.先進國家科技研發補助皆致力提升競爭度
(1)觀察先進國家科研補助機制皆致力以不同方式提升其競爭度。以日本為例，日本政府實施資金競爭制度進行科研補助，促進競相提案，針對每一補助方案之性質設定不同篩選條件，使募集之提案更符合政策需求，並從中擇優補助，前瞻性之重點投入。
(2)惟我國法人科專資源分配偏向以固定比例補助各法人研究機構(詳圖10)，淪為用以維持法人研究機構之營運，復未落實領域聚焦，造成科研資源運用分散、僵化，致難以讓核心能力得以聚焦，競爭優勢更為強化。
圖10:各法人研究機構科專經費分配圖
※註：1.資料來源，經濟部102年度至104年度單位預算書。
2.選題機制缺乏效率與彈性
(1)「選擇」、「聚焦」、「全力投入」、「落實執行」為先進國家科技發展策略及趨勢，更是資源有限之我國值得借鏡之處。我國法人科專選題模式主要為法人研究機構先行依據技術及產業發展趨勢、政策、社會需求等資料蒐集與分析，進行研發重點規劃，嗣依據研發重點規劃撰寫綱要計畫摘要提交技術處初步確認，其後由技術處邀請業學界專家進行部會初審，之後依照審查意見修訂綱要計畫書，再提送國科會進行審查。
(2)以100年度至103年為例，業界科專審查完成後之核定通過率約為6成，惟法人科專為100%(詳附表16)，顯然由於缺乏選題競爭機制，亦未對外公開徵求提案，甚至如球探般尋洽業界或學界有發展潛力之案源，恐陷入劃地自限、封閉之運作模式，致無法從「多中選好」、「好中選優」。
附表16：科專計畫之申請/核定情形 單位：件
年度/科專類別
100
101
102
103
法人科專
申請件數
139
131
123
132
審查完成件數(A)
139
131
123
132
核定件數(B)
139
131
123
132
核定通過率(B/A)
100%
100%
100%
100%
業界科專
申請件數
280
346
225
208
審查完成件數(A)
261
301
173
172
核定件數(B)
164
178
164
76
核定通過率(B/A)
62.8%
59.1%
94.8%
44.2%
SBIR
申請件數
1,059
942
972
985
審查完成件數(A)
1,025
942
893
930
核定件數(B)
491
457
406
421
核定通過率(B/A)
47.9%
48.5%
45.5%
45.3%
※註：1.資料來源，經濟部技術處。
(三)審查階段缺乏與產業需求端之鏈結
1.未廣納業界專家參與: 科技計畫之評估涉及技術及相關科研環境，其複雜度較高亦涉及技術專業性，因此需要借重外聘兼具深、廣度之專家判定。以目前法人科專審查委員之組成情形觀之，審查委員中僅須有1名為具業界背景，未廣納業界專家參與，恐導致研發計畫未能切合產業需求。
2.缺乏產業或市場需求觀點之審查思維:法人科專計畫之審查，在有限時間與人力下，審查委員僅能就法人研究機構提供之書面資料進行審查，無暇實地查訪產業界等需求端，藉由實地查訪、技術實證等，確認研究計畫是否符合現有產業技術缺口，並具有關鍵技術之優先性，導致對計畫之掌握不夠全面及深入，審查結果恐未臻客觀公允或過於理論化。
(四)開發初期階段尚乏業界參與，產學研互動程度不足
1.產學研合作金額比率偏低:法人科專計畫近3年度(101年度至103年度)產學研合作金額占計畫金額之比率平均為8.19％(詳附表17)，顯然偏低，產學研互動程度不足。現今國際環境競爭激烈、產品日新月異，業界如需於科專計畫完成之後始能獲得所需之技術，並需耗費時日將其商品化，恐緩不濟急，致業界接受移轉之意願低落。
附表17：法人科專產學研合作方式推動情形一覽表
單位：新台幣千元
年度
件數
計畫金額
產學研合作金額
產學研合作比率
101
128
11,894,942
631,367
8.47
102
95
11,737,811
543,104
8.18
103
88
11,940,665
530,777
7.92
※註：1.資料來源，經濟部技術處。
2.與業界合作主要為轉委託研究，尚乏業界先期參與
(1)按研究機構與業界合作之精神在於計畫形成時即結合業者對產業需求及市場趨勢之掌握，讓研發能量更貼近實務需求。瑞典及芬蘭即強調產學研之相互鏈結，企業、大學或研究機構之研究計畫，均要求產、學、研必須相互合作，以經費補助導引產學研進行技術之共同研發。惟我國法人科專與學、業界合作主要為轉委託研究，亦即研究機構於進行研究活動中，將部分計畫交由學、業界負責，缺乏業界先期參與，以致研發產出轉化成商品之價值有限。
(2)關鍵技術類計畫其主要目的係開發相關產業之關鍵零組件及產品，並落實國內產業應用，惟先期規劃及開發初期階段未能充分考量市場導向與產業需求，並以業者參與作為資格條件，由學研界與業者共同規劃提案，導致關鍵技術產出不足，亦無法契合產業之實際需求。
3.產研學互動程度不足，主力產業難以在全球供應鏈取得關鍵影響力:電資通光為我國主力產業，亦為科專計畫經費投入最多之產業領域，每年亦產出為數不寡之專利，惟我國電子零組件及電腦、電子產品及光學製品等製造業92年技術購買金額為393.50億元，102年技術購買金額攀升至1,276.92億元，10年間成長2倍餘(詳圖11)，顯示由於產研學互動程度不足，法人研究機構蓄積之研究成果難以應用，對產業助益亦有限。
圖11:電資通光製造業之技術收支情形
※註：1.資料來源，經濟部-工廠校正及營運調查。
(五)技轉機制缺乏完善配套措施，致研發成果未能與產業有效橋接
1.產業橋接措施成效有限
(1)「產業橋接計畫」主要透過技術授權或合作研發等方式，落實研發成果產業化，包括「技術評估、專利及市場分析」與「技術商業化」等；業務範疇則涵蓋評估、分析、專利布局及撰寫之諮詢、專利申請及答辯之協助、商業化策略之諮詢、商業模式之規劃、合約草擬、諮詢、審閱、協商、研發成果之推廣、無形資產鑑價、公司設置與輔導、國際合作契機之開發及合作後管理等。
(2)檢視近3年度(100年度至102年度)18家法人研究機構投入產出效果，計有工研院、中科院、車輛中心、自行車中心、石資中心、鞋技中心、食品所、藥技中心等8家移轉收入比低於10％(詳附表18)，顯現產業橋接措施成效有限。
附表18：法人科專移轉收入比 單位：新台幣百萬元
法人名稱
3年平均總收入數
(移轉收入比)
法人名稱
3年平均總收入數
(移轉收入比)
工研院
804.1(9.74%)
紡織所
69.1(14.99%)
中科院
86.1(9.69%)
鞋技中心
1.5(7.33%)
資策會
132.9(10.64%)
塑膠中心
4.7(15.03%)
金屬中心
97.7(11.86%)
印刷中心
1.2(12.20%)
車輛中心
27.7(7.69%)
生技中心
67.6(11.90%)
船舶中心
10.0(11.22%)
食品所
22.4(7.19%)
自行車中心
6.6(5.34%)
藥技中心
3.0(3.46%)
石資中心
4.1(5.81%)
農科院
0.3(0.65%)
精機中心
13.4(12.54%)
核能所
4.6(15.38%)
※註：1.資料來源，經濟部技術處。
2.農科院因新成立故不列入比較。
2.缺乏完善配套措施，致技轉成果未彰，且培育新創事業動能不足
(1)目前經濟部雖設有智財加值流通平台，如工研院「專利交易平台」、經濟部「台灣技術交易資訊網」等，惟專利能否順利商品化並進入市場，仰賴各環節之順利運作，而相關配套措施是否完善更是悠關成敗，然而我國技術移轉機制之相關配套法制及經濟機制，包括：會計、財務、融資、租稅及交易法制等，均有待建立完善規則。
(2)科專計畫每年投入鉅額經費並累積產出數千件之專利權，惟此等技術仍需外部資源協助始能商業化，故法人研究機構研發成果產出後，如能結合業界或創投公司，評估其後續發展潛力，繼續投入資源，則可將科專研發成果透過新創事業之淬練，轉化為新興產業效益。惟我國企業或創投公司基於風險考量，鮮少投資研究機構及學界早期之研發活動(詳圖12)，技術移轉因而無法與資本市場有效結合，致難以有效培育新創公司。
圖12:2011年創投業投資階段別金額統計圖
※註：1.資料來源，經濟部工業局2012創業投資事業投資新興產業年報。
(六)業界科專缺乏從產業政策由上而下之策略思維，並忽略整體產業鏈關鍵技術之掌握
1.關鍵核心技術及高階設備對外依存度偏高:為協助廠商從事創新科技服務與研發，經濟部向來以業界科專計畫加速產業之升級轉型。參照我國103年進口貨物結構，可悉我國對外倚賴較高之貨品為電子零組件、資訊電子、通訊業、汽車製造及機械設備。尤其半導體設備國內自製率偏低，2013年國內半導體設備自製率僅約為17.3%(詳圖13)，關鍵核心技術及高階設備幾乎仰賴國際大廠，進而影響我國半導體產業發展。
圖13:國內半導體設備自製率變化趨勢
※註：1.資料來源，經濟部工業局102年度專案計畫期末執行成果報告-推
動半導體製程設備暨零組件躍升計畫。
2.資源難以協調整合:觀諸現行業界科專補助方式，尚乏結合材料、製程、設備、系統與服務之整體產業化策略之思維，換言之，主要集中在對單一企業「點」之補助，缺乏對產業鏈「線」，甚至異業結盟連成「面」之補助方式，發展方向過於零散，缺乏聚焦及資源之協調整合。
3.政策性項目過於發散，無法聚焦並突顯政策角色:經濟部技術處調整現有補助機制，自103年起以「A+企業創新研發淬鍊計畫」取代原「業界開發產業技術計畫」，持續進行業界創新研發補助。推動領域包括：(1)智慧資訊系統技術、(2)新世代通訊技術、(3)智慧終端之產業技術、(4)高階工具機技術、(5)智慧自動化技術、(6)先進製造技術、(7)石化產業高值化、(8)創新智慧高階醫材開發、(9)高值利基之新藥開發及(10)雲端運算技術，幾乎涵蓋各產業類別，面向過於廣泛，雖各領域訂有技術參考項目，惟項目及規格未臻細膩，致難以達到策略聚焦及策略具體行動化之目的。