「跨域加值公共建設財務規劃方案」對資金之調度方式係以成立特種基金為之，將計畫預期之自償性與非自償性財源均納入基金中，專款專用於該公共建設，短期內如有不足則可透過融資方式彈性調度以支應建設所需。惟：
(一)依公共債務法規定，具自償性之公共債務不計入未償餘額之舉債上限
依公共債務法第5條第1項及第5項規定，各級政府經公共債務管理委員會審議評估通過所舉借之自償性公共債務，並未計入公共債務未償餘額之舉債上限，但如自償性財源喪失時則應計入。
(二)目前各級政府未計入債限比率之自償性債務已高約4,305億元，如自償財源喪失，將造成政府財政重大負擔
考量迄至104年4月底止，各級政府受公共債務法規範之1年以上非自償性債務餘額占前3年度GDP平均數比率已高達39.9％(詳附表7，距法定上限尚約有10.1個百分點之額度)，而未計入舉債上限之自償性債務餘額亦高約4,305億元(約占前3年度GDP平均數之2.81％，詳附表8)，地方政府如為取得計畫優先核列權而誇大自償率，日後若發生實際自償財源不敷填補情形，恐將造成政府財政重大負擔。
附表7：95年度至104年4月底各級政府受公共債務法規範之1年以上非自償性債務餘額概況表 單位：新台幣億元；％
年度
中央政府
地方政府
1年以上非自償性債務餘額
普通
基金
非營業基金
普通
基金
非營業基金
普通
基金
非營業基金
合 計
占前3年度GDP平均數註2
95
36,230
0
5,544
92
41,774
92
41,866
35.2
96
37,186
0
5,636
155
42,822
155
42,977
34.5
97
37,787
0
5,793
169
43,580
169
43,749
33.6
98
41,272
0
6,002
164
47,274
164
47,438
35.4
99
45,377
0
6,332
171
51,709
171
51,880
38.4
100
47,559
0
7,008
171
54,567
171
54,738
39.7
101
50,018
0
7,400
183
57,418
183
57,601
40.5
102
51,540
0
7,762
170
59,302
170
59,472
40.2
103
52,839
7,336
60,175
40.8
104
53,709
7,496
61,205
39.9
※註：1.資料來源，彙整自財政部國庫署各年度之公共債務統計表及重要財政指標(104年5月25日更新)。
2.茲因現行公共債務法係於103年1月1日修正施行，故表列「1年以上非自償性債務餘額占前3年度GDP平均數」中，102年度(含)以前為對GNI之比率，103年度起甫修正為對GDP之比率。
3.表列104年度為迄至4月底實際數，因103年度及104年度財政部尚未公布按基金性質區分之未償債務餘額，故該2年度採普通基金+非營業基金合計數表示。
附表8：95年度至104年4月底各級政府不受公共債務法債限管制之自償性債務餘額概況表 單位：新台幣億元；％
年度
中央政府
地方政府
1年以上自償性債務餘額
普通
基金
非營業基金
普通
基金
非營業基金
普通
基金
非營業基金
合 計
占前3年度GDP平均數註2
95
150
4,662
77
883
227
5,545
5,772
4.85
96
150
4,155
74
873
224
5,028
5,252
4.22
97
0
3,934
73
884
73
4,818
4,891
3.76
98
0
3,400
100
903
100
4,303
4,403
3.29
99
0
3,222
108
803
108
4,025
4,133
3.06
100
0
3,342
111
806
111
4,148
4,259
3.09
101
0
3,638
162
886
162
4,524
4,686
3.30
102
0
3,033
186
1,177
186
4,210
4,396
2.97
103
3,008
1,497
4,505
3.06
104
2,990
1,315
4,305
2.81
※註：1.資料來源，彙整自財政部國庫署各年度之公共債務統計表(104年5月25日更新)。
2.茲因現行公共債務法係於103年1月1日修正施行，故表列「1年以上非自償性債務餘額占前3年度GDP平均數」中，102年度(含)以前為對GNI之比率，103年度起甫修正為對GDP之比率。
3.表列104年度為迄至4月底實際數，因103年度及104年度財政部尚未公布按基金性質區分之未償債務餘額，故該2年度採普通基金+非營業基金合計數表示。