醫院主要收入來源為醫師診察或治療費用，因三分之二部立醫院位於偏遠離島或具特殊功能，致醫療收入受限，醫生所得相對較低，爰以各醫院盈餘提撥獎勵金，補充醫師本俸之不足，以符合市場行情，避免醫師流失。衛福部爰依行政院91年頒布之「公立醫療機構人員獎勵金發給要點」而訂定「衛生福利部所屬醫療機構績效評核原則」，作為該部所屬醫院核發獎勵金之依據。

依上開績效評核原則第2點規定，醫師之績效評核分公共服務績效及臨床服務績效2項，後者權重高於前者，其中公共服務含義診等6項指標，臨床服務含門診診察等15項指標(詳附表2)。醫事或行政人員則依行政能力、工作績效及服務態度而衡量績效。

獎勵金併計醫師公共服務績效及臨床服務績效之設計，致績效獎金未必全受營運績效影響，例如101年度及102年度部立醫院計入政府補助款之本期賸餘約5至6億餘元，而績效獎金(獎勵金)卻超過29億元(詳附表3)，甚至醫院實際虧損，仍可核發醫療獎勵金。

附表2：衛福部醫院醫師績效評核指標—公共服務及臨床服務

公共服務績效指標

臨床服務績效指標

1、義診、2急診駐診、3病房值班4、醫療管理行政5、社區醫療、6、其他（教學成果、研究發展、參辦或奉派教育訓練及特殊表現等）。

1、門診診察、2、急診診察、3、住院診察、4、會診、5、Ｘ光檢查、6、手術、7、麻醉、8、病理檢驗、9、碎石術、10、復健費、11、健康檢查、12、呼吸治療、13、牙科治療處置、14、各項證明書、15、其他診療處置（略）

※註：1.資料來源，參考衛生福利部所屬醫療機構績效評核原則。

附表3：衛生福利部26家醫療院所之本期損益及績效獎金簡表

單位：新台幣千元

年度

政府補助款(衛福部公務預算)

含政府補助款之本期賸餘

不含政府補助款之本期賸餘(短絀)

績效獎金

101

3,169,298

593,426

-2,575,872

2,954,592

102

3,133,540

692,392

-2,441,148

3,076,769

※註：1.資料來源，101年度及102年度醫療藥品基金附屬單位決算書，衛生福利部績效獎金數據，係該基金提供。

2.101年度及102年度為決算審定數。本表因進位故，存有尾差。