台灣高鐵目前主要營運問題如下：
(一)實際客運量與原預估差距甚大，且成長已漸趨緩
1.原投資計畫書之客運量預估過於樂觀，與實際差距甚大：台灣高鐵自96年3月2日起全線通車營運，旅客運量雖大致呈現成長趨勢，103年度全年客運量約4,802.5萬人次，相較於營運初期96年之1,555.6萬人次，客運量成長雖逾2倍。惟按高鐵原始投資計畫書所列，預估96年平均每日營運量為23.6萬人次，逐漸遞增至103年平均每日30.7萬人次，然而103年實際運量平均每日約13.2萬人次，僅為原預估旅客運量之43％(詳附表2-3)，過度樂觀預估營運量下，致使該公司營業收入未如預期。
附表2-3：台灣高鐵原始投資計畫書估計運量與實際營運情形統計表 (96年至103年) 單位：千人次
項目/
年度
高鐵投資計畫書估計每日旅客人次
實際營運情形
年旅客量
(日平均)
延人公里
座位利用率
96
236.29
15,556
(42.62)
35.20億
44.91％
97
237.85
30,581
(83.78)
65.66億
43.51％
98
275.06
32,349
(88.63)
68.64億
46.31％
99
282.54
36,940
(101.21)
74.91億
48.97％
100
290.03
41,629
(114.05)
81.48億
51.63％
101
297.51
44,526
(121.99)
86.42億
54.59％
102
305.00
47,487
(130.10)
91.18億
57.50％
103
307.40
48,025
(131.58)
92.35億
57.12％
※註：1.資料來源，整理自台灣高鐵原始投資計畫書、102年「交通統計要覽」及交通部網站「高速鐵路客運量」相關統計數據。
2.按交通部近期所提高鐵公司營運計畫，預計未來客運量成長將趨緩：台灣高鐵96年全線通車以來，雖然客運量逐年增加，惟近幾年成長幅度已趨緩，103年旅客人數較上年度成長比率為1.13％，相較於100年之成長比率12.70％、101年6.96％及102年6.65％，近年來旅客增加幅度明顯趨緩。另按交通部近期所提高鐵公司未來營運計畫，其客運量預估如下：
(1)社經發展假設：
A.以目前高鐵平均日運量13.2萬人次為基礎。
B.參考國發會預測人口成長中推估值。
C.假設未來GDP成長趨緩：參考我國及英、法、德、日之歷史值、行政院主計總處預估及OECD預估。
D.南港站、苗彰雲通車運量各增加1％。
(2)預估結果：112年成長至16.5萬人次、122年18.6萬人次，至131年之後成長趨緩，148年平均日運量最高達20.8萬人次，之後逐年緩慢遞減，估計至156年平均日運量降為20.4萬人次，迄162年平均日運量則減少至20.2萬人(開行班次數及運量預估，詳附表2-4)。
由上述高鐵營運以來之客運量分析，以及未來營運計畫預估，高鐵客運量成長已漸趨緩，將對該公司營運收入產生相當影響。
附表2-4：台灣高鐵開行班次數預估表
年度
103
112
122
156
平均日運量（萬人次）
13.2
16.5
18.6
20.4
每日平均單向班次
69
78
86
92
※註：1.資料來源，交通部103年11月26日交會(一)字第1038700356號函附件(有關協調高鐵公司就未來營運計畫及財務改善方案向本院交通委員會提出報告)。
(二)鉅額累積虧損及資金短缺等財務問題，日漸嚴重惡化
自96年台灣高鐵通車營運以來迄至103年底之高鐵公司損益表、資產負債表及現金流量表，彙整如附表2-5至附表2-7。並就該公司所面臨之財務問題，分析說明如下：
附表2-5：高鐵公司96年度至103年度之簡明損益彙整表 單位：新臺幣億元
年度
96
97
98
99
100
101
102
103
營業收入
135.03
230.48
233.24276.36
322.37
339.85
361.01
385.09
營業成本及費用
284.12
292.86
177.59
185.64
201.78
224.26
247.06
266.33
營業淨利
-149.09
-62.38
55.65
90.72
120.59
115.59
113.95
118.76
營業外損益
-144.90
-187.72
-103.56
-102.83
-88.73
-96.87
-86.85
-92.17
稅前淨利
-293.99
-250.10
-47.91
-12.11
31.86
18.72
27.10
26.59
※註：1.資料來源，高鐵公司各年度財務報告。高鐵公司102年度首度採國際財務報導準則(IFRSs)編製財務報告，轉換日為101年1月1日，表列101年度資料係依IFRSs調節後數字。
附表2-6：高鐵公司96年度至103年度之簡明資產負債彙整表
單位：新臺幣億元
年度
96
97
98
99
100
101
102
103
資產
4,398.43
4,250.26
4,140.76
4,178.99
4,250.36
5,045.92
5,006.07
5,017.19
負債
3,854.37
3,954.50
3,892.90
3,943.22
3,962.29
4,647.95
4,574.78
4,566.70
股東權益
544.06
295.76
247.86
235.77
288.07
397.97
431.29
450.49
普通股
567.25
589.79
650.32
651.32
651.32
651.32
651.32
651.32
特別股
483.76
463.43
402.90
401.90
401.90
401.90
401.90
401.90
股本小計
1,051.01
1,053.22
1,053.22
1,053.22
1,053.22
1,053.22
1,053.22
1,053.22
累積虧損
425.07
675.30
723.20
735.30
677.46
554.62
521.16
466.01
※註：1.資料來源，同附表2-5。
附表2-7：高鐵公司96年度至103年度之簡明現金流量彙整表
單位：新臺幣億元
年度
96
97
98
99
100
101
102
103
營業活動
-96.68
-36.92
41.43
73.23
158.60
161.29
198.35
222.00
投資活動
-267.14
-12.92
-45.40
-159.11
-154.52
-75.00
-100.69
-195.08
籌(融)資活動
394.45
102.41
-54.80
69.40
-2.59
-87.43
-95.90
-29.78
年度現金增減數
30.63
52.57
-58.77
-16.48
1.49
-1.14
1.76
-2.86
可動用現金餘額
36.75
89.33
30.55
14.07
15.56
14.42
16.18
13.32
受限制現金
(聯合授信專戶控管)
48.39
-
14.88
148.02
294.97
314.41
365.58
515.86※註：1.資料來源，同附表2-5。所列籌資活動含匯率變動影響數。
2.表列「受限制現金」為高鐵公司財務報告附註揭露「質押資產-質押擔保標的-聯合授信專戶控管」之金額
1.實際營業收入與原始投資計畫書差距甚大：高鐵公司自96年通車營運以來，實際營業收入均未達其原始投資計畫書預期之3成（詳附圖2-1），差距甚大；100年度雖已開始轉虧為盈，惟以其99年度累積虧損已高達735億餘元，相對每年稅前淨利僅約18億元至32億元間，且無重大成長趨勢，除適當減資彌補虧損外，短期難見明顯改善。
附圖2-1：高鐵公司實際營業收入與原始投資計畫書之差異比較表
※註：1.資料來源，同附表2-5及高鐵原始投資計畫書第六章：財務計畫所列表6.3.1-09分年損益表。
2.站區開發計畫未能落實：高鐵公司原預估高鐵站區開發效益可占總收入之10％，惟因財務狀況不佳，站區附屬事業用地之地上權已設定抵押予聯貸銀行團，難以自籌資金辦理開發；致各年度營業外收益占其總收入比率均未達3％（詳附表2-8）。經濟學人報導即指出：日本高鐵得以壯盛，係有一套能鼓勵商業建築和住宅發展的計畫系統；JR東日本三分之一營收來自鐵路周邊土地所開發之購物中心、辦公大樓、公寓等建築收入。準此，站區開發計畫之延宕亦為高鐵公司無法突破財務困境之重要原因之一。
附表2-8：高鐵公司收入結構比較表 單位：新臺幣億元
年度
96
97
98
99
100
101
102
103
營業收入
135.03
230.48
233.24
276.36
322.37
339.85
361.01
385.09
營業外收益
3.15
6.45
6.40
2.30
2.48
5.95
10.25
3.39
收入合計
138.18
236.93
239.64
278.66
324.85
345.80
371.26
388.48
營業外收益占總收入比率
2.28%
2.72%
2.67%
0.83%
0.76%
1.72%
2.76%
0.87%
※註：1.資料來源，同附表2-5。102年度因3.18億元之外幣兌換利益，致該年度營業外收益達10.25億元。
3.折舊及攤銷費用甚鉅：依據高鐵公司103年度財務報告，帳列「營運特許權資產」之成本高達5,334億元，應於原定35年之特許期間攤銷完竣，俾依約無償交付政府。高鐵公司96年度及97年度均提列「折舊及攤銷費用」高達190億餘元，占總收入比率逾八成（詳附圖2-2），復加上龐大利息費用，致呈鉅額虧損情形。雖自98年起將折舊方法由「直線法」改採「運量百分比法」，折舊攤銷占總收入比率降至34.95％，惟高鐵近年營運量僅呈小幅成長，且遠低於原預期目標，致「折舊及攤銷費用」占總收入比率仍呈逐年擴增情形，103年度占總收入比率已達43.79％，實為其財務之最大隱憂。
附圖2-2：高鐵公司營業費用財務結構分析比較圖
※註：1.資料來源，同附表2-5。
4.自有資金不足，負債比率過高：以高鐵公司資金來源結構分析（詳附圖2-3），除96年度外，負債比率均高達90％以上，股東權益占總資產比率未達10％，遠低於高鐵興建營運合約所訂之25％規定。自有資金嚴重不足，除有違原始股東於投資計畫書承諾出資將占資本額51％之約定，高額之負債亦使該公司每年度背負近百億元之利息費用，103年度利息費用占總收入比率仍高達近25％（詳附圖2-2），亦肇致其營運量雖增加，財務狀況卻仍未見明顯改善。
附圖2-3：高鐵公司資金來源結構分析比較圖
※註：1.資料來源，同附表2-5。
2.負債比率=負債/總資產，股東權益比率=股東權益/總資產。
5.特別股到期收回之壓力：高鐵公司92年至94年間發行可轉換特別股以籌措興建資金，特別股具約定償還期限與支付固定股息義務，實質上為「債務性質」，且於99年以前均已到期應收回；惟高鐵公司因財務虧損、自有資金不足及淨值過低並無轉換之吸引力等原因，截至103年底計有40.19億股、應付股金392.21億元之特別股未收回（詳附表2-9），倘加計未付股息約141億元，應償付金額高達533億元；迄104年5月並有20件請求收回特別股股本之訴訟案，其中3件業經二審判決高鐵公司敗訴（詳附表2-10），未來一旦法院判決定讞，必引發連鎖效應，以高鐵公司短期可動用現金僅約20億元，恐面臨特別股由「股」轉「債」之資不抵債情形，並涉及聯合授信契約重大違約及高鐵興建營運合約終止之情事。準此，交通部及高鐵公司自去（103）年度起開始積極研議相關財務改善方案。
附表2-9：高鐵公司截至103年底到期尚未收回之特別股彙整表
單位：億股；新臺幣億元
種類
發行日
(年/月)
發行期間
原訂
到期日
每股
發行價格
股息
特股股
股數
到期收回
應付金額
甲種
92.01
6年
98.01
10元
年利率5%
(依面額)
26.010
260.10
乙種
92.09
6年
98.09
10元
年利率5%
(依面額)
0.341
3.41
丙種
(丙一至丙九)
93.01至
94.09
4年
97.01至
98.09
9.3元
前2年9.5%
後2年0%
(依發行價格)
13.839
128.70
合計
-
-
-
-
-
40.190
392.21
※註：1.資料來源，高鐵公司103年度財務報告。
附表2-10：高鐵公司特別股訴訟情形表
※註：1.資料來源，104年5月21日本院第8屆第7會期交通委員會第12次全體委員會議交通部「高鐵財務解決方案」報告。