高鐵公司於完成新經營團隊之改組後，允應就未來長達54年之特許期提出具體營運改善計畫，研訂積極開源節流措施，如開發新型觀光套裝行程或多元化票價等，以提高其營運績效，俾如期如實達成財改目標，甚至創造超額利潤回饋政府，以維政府資金之投資效益，消弭外界對高鐵公司財改後將淪為臺鐵化，營運品質及效率恐下降等疑慮。交通部並應覈實評估高鐵公有民營化後對政府財政之影響性，並擬具適當因應方案，以維我國高鐵建設及管理之良性健全發展。

另自台灣高鐵全面通車以後，已完全取代國內西部北高航空運量，對臺鐵長程運量亦產生相當影響，如臺鐵平均每一旅客運距自95年度之55.3公里，迄103年度已下降為47.4公里，另台灣高鐵104年底新增苗栗、彰化、雲林三站即將通車，對其本身營運之影響及對臺鐵於中程城際運輸之替代性等，均為外界高度關切者；交通部101年度運輸政策白皮書亦提出「為強化鐵道運輸市場，各類鐵道服務應整合」之課題。準此，高鐵公司完成財改方案後，交通部對我國雙鐵之經營均具主導權，允應全面檢討我國雙鐵運輸發展政策，確立雙鐵發展方針，避免不當競爭，並創雙鐵共榮發展。