台灣高鐵興建案是國內首宗BOT案，計畫執行之初國內相關法令及執行經驗多所不足，致交通部與高鐵公司所簽高鐵興建營運合約暨與聯貸銀行團間之三方契約，履約爭議不斷。配合本次財改方案之實施，交通部允將財改方案要求事項明訂於相關合約中，以資落實，並全面審視現行高鐵興建營運合約暨與聯貸銀行團間三方契約之內容，併予檢討修正。

配合高鐵公司邁入「公有民營」經營架構後，其營運方式亦將不同，對於高鐵公司與政府間之權利義務劃分原則，如票價訂定、興建維護成本分擔、債權擔保方式、違約認定及處分作業、部分高鐵軌道沿線地層下陷問題之處理等，亦應重新釐清雙方權責，明訂合約中，以杜爭議。又高鐵公司延長特許期35年後，未來仍有長達54年之營運期，茲以現今國際情勢變化快速且劇烈，有關財改方案所建置之「穩定機制」，允宜於合約中預留定期隨政經發展情勢檢討調整之彈性機制，以資周全。

政府資訊公開法第6條明定：「與人民權益攸關之施政、措施及其他有關之政府資訊，以主動公開為原則，並應適時為之。」另參據高雄市政府102年3月以修約方式提前移轉高捷機電資產補辦預算案送達高雄市議會時，併就修約內容提報高雄市議會審議。高鐵公司財改方案涉及我國重大交通政策，且攸關公共利益甚鉅，交通部亦應適時公開修約內容及對政府權益之影響等資訊，確切落實開放政府及政府資訊公開之政策，俾利全民監督。