鑒於政府財政日益困窘，台灣高鐵預計增資300億元，無法於中央政府年度歲出預算額度內編足；故財改方案規劃公股部分由高鐵基金投資242億元，另58億元則由原持特別股之航發會及中技社，或勞退基金等政府得以掌握董監事席次優勢之公司或法人（泛公股）投資增資。惟無論洽航發會或勞退基金等認購其私募普通股，仍應檢視與該財團法人之原始設立宗旨、信託基金之設置目的暨相關法令是否有悖，審慎衡酌增資對象之適法性。

另依預算法規定，重大施政計畫應先行製作選擇方案及替代方案之成本效益分析報告，並提供財源籌措等說明。依高鐵基金目前財務狀況，104年度期末現金預計僅7億餘元，長期債務餘額達500億元，加以近幾年度相關計畫執行績效欠佳，勢將以發行公債或其他舉借方式籌措增資所需242億元，未來如何償還貸款本息，究係來自收回站區開發地上權開發利益或本案投資報酬 (如高鐵公司之股利或繳交之權利金等)，允應依預算法規定製作成本效益分析及財源籌措等送本院，並重新擬定妥適之財務規劃，以免未來需由國庫資金撥補，成為政府財政負擔。