(一)國發會對重大公共建設計畫之審議方式缺乏明確規範
關於公共建設計畫先期作業審議方式，除「政府公共建設計畫先期作業實施要點」，國發會訂有各年度「政府公共建設計畫先期作業編擬手冊」、公共建設計畫先期作業擬編說明，及內部控制制度共通性作業範例「公共建設計畫年度先期作業之編審(送審程序)」，其中對計畫主辦機關之編報重點及次類別主管機關初核重點多以條列或填表方式予以規範，參與會審之主計總處、財政部亦列出協辦事項內容，惟國發會負責之初審、複審、會審及協商會議規定多屬審議流程或過於籠統，關於審議重點、分工、協商及決議方式等細節缺乏具體明確規範，權責不清(詳附表3-6-1)。
附表3-6-1：先期作業審議相關規定關於國發會審議部分摘要表
規定名稱
規範內容
政府公共建設計畫先期作業實施要點
1.第7點：國發會對於次類別主管機關所送計畫，進行複審，並邀集行政院主計總處（以下稱主計總處）、財政部、行政院公共工程委員會等有關機關共同會審，會審方式及協審事項由國發會另行規範。
2.第8點：國發會應於行政院核定年度預算編製作業時程截止日前，在年度公共建設計畫額度內，就重大公共建設計畫分配預算及排列其優先順序，並將審議結論，連同營業基金及非營業特種基金之建設計畫審議結果，提報國發會委員會議通過後，陳報行政院，並副知主計總處。
105年度政府公共建設計畫先期作業編擬手冊
1.第3章105年度先期作業總體作業時程、流程及編報說明「三、預計辦理時程」規範計畫主辦機關、中央主管機關、次類別主管機關及國發會審議預計辦理時程；「五、編報指導原則」訂有15項各機關應優先編報計畫及應檢討注意事項。
2.第4章105年度先期作業各級機關編報重點僅就「一、計畫主辦機關之編報重點」、「二、中央主管部會編報重點」、「三、次類別主管機關之初核重點」訂有注意事項及填報系統報表說明，國發會部分則無。
105年度公共建設計畫先期作業編擬說明
六、提送先期作業計畫應該包括之要項及其注意事項規定：主辦機關報送內容與計畫編報事項、非次類別主管機關之中央主管機關編審要件、初核意見重點及次類別主管機關計畫初核提報內容及初審注意事項、初核意見重點等，國發會部分則無。
國家發展委員會作業程序說明表-公共建設計畫年度先期作業之編審(送審程序)
1.「貳、送審程序」「一、國發會籌備事項」函請相關機關提報年度先期作業及其他籌備事項、會議；「五、國發會及會審機關審議」(1)國發會辦理初審、複審後，各會審機關進行會審；(2)國發會審議會議通過後，將審議結果呈報行政院。
2.「控制重點」：三、國發會於7月中旬將審議結果陳報行政院；四、其他(1)尚未奉行政院核定之新興(修正)計畫，需於期限內依程序報院審議；(2)各次類別提出經費需求應控制在各該年度次類別提報上限內。
3.國發會作業流程圖：陳報行政院前，需檢視是否與公共建設額度平衡。
※註：1.資料來源，政府公共建設計畫先期作業實施要點、102年度及105年度政府公共建設先期作業編擬手冊、國發會網頁「行政院內部控制制度共通性作業範例─公共建設計畫編審」。
(二)計畫優先順序之決定方式不明，且與預算分配未充分結合
為落實零基預算精神，使資源合理分配及有效運用，105年度中央政府總預算編製辦法及政府公共建設計畫先期作業實施要點規定，國發會應在年度公共建設計畫額度內，就重大公共建設計畫排列優先順序及分配預算。據國發會說明，該會係依每年度所訂編報及審議原則，參考次類別主管機關初核順序，經過初審、複審、會審、副首長協商會議、會審總檢討及委員會議討論後，決定計畫優先順序，並於行政院匡列額度內配置各次類別經費。
惟該會擬編各年度政府公共建設計畫先期作業編擬手冊之編報指導原則項數頗多，如105年度原則高達15項，列為應優先編報計畫者計4大類型18種計畫，同屬應優先編報之計畫之順序如何決定，或屬優先編報計畫但與其他原則不符（如執行情形不佳或計畫效率不高）如何調整順序等情形，並無明確準則，且該會決定優先順序方式未必參照次類別主管初核順序，如104年度公共建設先期作業中港埠次類別計14項計畫，國發會核定之優先順序與主管機關原列順序差異頗大（詳附表3-6-2），審議意見卻未詳細說明變動原因，計畫優先順序決定方式不明；另優先順序在前之計畫，未必給予較充分之預算支應[如臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫]，而優先順序較後之計畫，未必獲得較低之預算，亦反映優先順序與預算分配間未充分結合，與零基預算精神不符。
附表3-6-2：104年度港埠次類別優先順序核定情形
單位：新臺幣億元
計畫名稱
需求數
中央主管機關
國發會
核列數
優先順序
核列數
優先順序
高雄港(含平安港)101-105年實質計畫*
0.000
0.000
C03
0.000
A01
基隆港(含臺北港、蘇澳港) 101-105年實質計畫*
0.000
0.000
C01
0.000
A02
臺中港101-105年實質計畫*
0.000
0.000
C02
0.000
A03
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-金門港埠建設計畫
10.590
5.000
A01
5.000
A04
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫
6.584
4.500
A02
3.500
A05
南沙太平洋交通基礎建設工程計畫
15.124
15.124
A07
15.124
A06
海巡基地籌建及未來發展計畫
1.006
1.006
A08
1.006
A07
強化海巡編裝發展方案
19.902
19.902
A09
19.902
A08
強化臺灣海象暨氣象災防環境監測計畫
2.119
2.119
A05
2.119
A09
地震及海嘯防災海纜觀測系統擴建計畫
0.800
0.800
A06
0.800
A10
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-澎湖港埠建設計畫*
0.000
0.000
C04
0.000
A11
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-布袋港埠建設計畫*
0.000
0.000
C05
0.000
A12
臺華輪汰舊換新計畫
3.460
2.300
A03
2.300
A13
恆安1號交通船汰換計畫
1.250
1.000
A04
0.375
A14
※註：1.資料來源，104年度政府公共建設計畫先期作業辦理情形。
2.優先順序分級原則：A級為經設發展迫切需要，計畫效益較高、計畫能按進度執行、未來年度所需經費需充分支援者；B級為計畫執行仍有不確定因素，或迫切性及效益不如A級計畫，未來年度所需經費需求視執行進度彈性支援者；C級為可暫緩辦理或暫不編列經費者。
3.高雄港(含平安港)101-105年實質計畫(*)等5項計畫核列數為0，經費係由航港建設基金、港務公司營業基金支應。
綜上，公共建設計畫先期作業審議方式，由國發會負責之初審、複審、會審及協商會議等相關規定多屬審議流程，關於審議重點、分工及決議方式等細節則缺乏具體明確規範，另編報指導原則項數過多，計畫優先順序方式決定方式不明，且與預算分配間未充分結合。