按政府捐助成立財團法人，係基於特殊公共任務需要，或負有執行公共任務，或為達成特定政策目的所需，其設置後業務之執行是否符合政府原始捐助目的，自應有妥適之監理機制。目前各目的事業主管機關辦理財團法人之許可設立及監督管理，主要係依據民法相關規定及各主管機關依職權所訂定之命令，並按行政院所訂政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點及相關通案性行政規則，辦理行政監督。

各主管機關依前開規定辦理行政監督之對象為政府捐助基金累計超過50％之財團法人、日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人及依本院決議，須將年度預算書送立法院審議之財團法人。行政監督範圍則涵括人事管理、財務管理、績效評估、法制規範等構面，並考量董事與監察人派任與效益評估，以及就財團法人設立宗旨達成度及國家發展狀況，審酌財團法人之存續、合併、新設及消滅等事宜。另辦理受監督財團法人之實地查核，每一財團法人每3年至少辦理1次，並將實地查核結果納入行政監督報告。各主管機關應於每年5月31日前完成受監督財團法人前1年度行政監督報告，並送政府捐助之財團法人行政監督專案小組及其各工作分組之主辦機關。各工作分組則於每年6月30日前完成前1年度執行成果及行政監督分組報告，並送專案小組。而專案小組則於每年8月31日前彙整行政監督分組報告，完成前1年度行政監督總報告提報行政院（詳圖1）。

附圖1：中央政府對政府捐助之財團法人行政監督流程圖

※註1：資料來源，國家發展委員會網站。

至於政府捐助基金累計未逾50％之財團法人，按預算法第41條第3項規定，每年應由各該主管機關就以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理後，分別編製營運及資金運用計畫送立法院。經詢據各主管機關對該等財團法人之監理機制，採取監督方式計有書面審查、實地審查、實地與書面審查併採等方式，各主管機關查核頻率及項目亦不盡相同（詳附表2.2.1）。

附表2.2.1：各主管機關對政府累計捐助未逾50％財團法人監理表

主管機關

政府捐助比率

採取監督方式

查核頻率

查核項目

內政部

20%-50%

實地查核

每年

1.會務執行

2.董事、監察人聯席會議執行情形3.業務內容及管理方式

文化部

20%以下20%-50%

書面審查

不定期

財務(預決算)、人事管理

金管會

20%以下20%-50%

不限

至少每3年查核1次

業務、財務及制度面

原能會

20%-50%

書面審查及實地查核

1.書面審查：每年；

2.實地查核：每3年至少1次

政策面、財務面、會務面(董監事會召開與運作及人事管理)、業務面(經費使用效益及配合政府推動政策)

陸委會

50%以下

書面審查

每季核銷

每筆單據逐項查核

經濟部

20%以下

1.書面查核

2.每3年至少1次實地查核

20%-50%

1.書面查核

2.每3年至少1次實地查核

3.針對執行科專計畫之研究機構，採行書面審查、考評會議、實地視察等方式

每年辦理1次，於每年5月底前完成組織面考評作業，產出考評結果

1.年度績效目標之執行率

2.過去3年至5年執行科技專案計畫之成效

3.執行科技專案計畫所建立之技術能力

4.中小企業信用保證基金書面審查進行查核(每年1次)；及委由外部專業機構實地查核(每2年1次)

農業委員會

20%以下

書面審查（農業財團法人）

每年工作計畫、預決算書面備查

每年工作計畫、預決算書面備查

20%-50%

1.書面審查

2.實地查核（須送營運及資金運用計畫至立法院之財團法人）

每年書面審核預算、決算及董監事會議紀錄

書面查核預算、決算及董監事會議紀錄

教育部

20%以下20%-50%

書面審查、實地查核及專案查核

1.書面查核：每年

2.實地查核(財物查核)：至少每2年1次

3.專案查核：視實際業務需要

1.會務、業務及財務(經費預決算、資產負債表、工作報告、工作計畫、財產清冊《含存放憑證》）及會計師查核簽證報告《財產總額達新臺幣1億元及收入1,000萬元以上》)

2.財務

3.視業務需要擇定查核項目

衛生福利部

20%以下 20%-50%50%以上

實地查核

3年1次（社會福利慈善事業基金會）

會務、業務及財務面辦理情形3年1次（104年起每年查核1次）（1.社會福利慈善事業金會；2.104年起以基金會經法院登記財產總額較高之基金會列為優先查核）

組織及運作、業務、財務處理

實地查核

約每3年1次（醫療財團法人）

董事會務運作、目的事業推展、財務與會計制度

書面審查或實地查核

約每3年1次（衛生財團法人）

董事會務運作、目的事業推展、財務與會計制度

※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。