除上述獎金未依本院決議確實辦理外，部分財團法人對於取消交通補助費、以主管機關首長特別費作為公共關係費或特別費編列上限及揭露獎金福利待遇資訊等本院決議，亦未確實遵照辦理，說明如下：
(一)未比照公務人員取消交通補助費
立法院審議102年度中央政府總預算案時作成通案決議(二)，刪除當年度中央政府各機關員工上下班交通補助費，並自103年度起，不得再編列，故公務人員自102年度起已取消交通補助費。復立法院審議104年度中央政府總預算案時，作成通案決議，各財團法人自104年度起應比照公務人員取消交通補助費。
104年度退輔會所轄財團法人榮民榮眷基金會依住處遠近發放每人每月1,260元至3,024元之交通補助費，至104年5月始停發，爰104年1月至4月份仍有發放。
(二)公共關係費支用有偏高有不合理情形，主管機關應確實審核預算編列合理性
立法院審議102年度中央政府總預算案時作成通案決議(十八)，財團法人所編列之公共關係費或特別費使用上限應比照其主管機關首長之數額編列。經查各部會所轄財團法人公共關係費支用金額雖未超過部會首長每月3萬9,700元之情形，惟公關費或特別費之支用與員工人數及業務規模相較有偏高不合理之情形，舉例說明如下：
農委會所轄七星農業發展基金會103年度預算編列公關費108萬元，由董事長及執行長專用，103年度決算數95萬1,900元，平均每位每月支用3萬9,663元。公關費係為推展業務需要，雖未超過部長編列數額，惟該財團法人103年度預算員額5人，103年底員工人數僅4人，其公關費之支用與組織規模顯不相當，有浪費之嫌。
行政院(國防部)所轄國防工業發展基金會每年度編列12萬元公共關係費，惟該財團法人僅2名專任人員，分別擔任會計員及出納員，其餘職務由國防部8名人員兼任，執行長職務亦由國防部人員兼任，該財團法人編列每月1萬元兼任執行長之專用公關費。由於該基金會之工作內容近年僅辦理生產與保修軍品廠商之優惠貸款案及委託研究，又其基金收入來源僅由政府捐助金額所產生孳息收入支應營運經費，應本撙節支用，每月編列現職公務人員兼任職務之公關費，其編列必要性與妥適性有待檢討。
3.農委會所轄中正農業科技社會公益基金會104年度編列一級主管以上人員公共關係費160萬元，平均每月15萬元。經查支用公關費一級主管人員共3位，包括執行長兼農業科技組組長、副執行長兼財務組組長及1位社會公益組組長，平均每月每位主管公共關係費編列5萬元，超過部會首長每月3萬9,700元。又該財團法人104年度預算支出總額3,817萬元，公關費占預算支出總額之4.19％，編列金額與占比顯屬偏高。
4.農委會所轄財團法人曹公農業水利研究發展基金會編列董事長特別費每月2萬5,000外，另編列一級主管人員以上公關費一年30萬元，包括董事長1位、秘書長1位、組長3位，一級主管以上共5位，由於該財團法人員工人數僅11人，103年度特別費與公關費執行數59萬8千元，占支出決算數975萬元之6.13％，專用特別費與公關費之編列數額，與其業務規模相較顯未合理。
5.農委會所轄桃園農田水利研究發展基金會員工人數12人，董事長及秘書長專用特別費103年度執行數分別為32萬7,153元及47萬2,408元，另加上公關費用執行數42萬6,161元，合計122萬5,722元，占支出決算數1,366萬8千元之8.97％，公關費及特別費支用與員工人數及業務規模相較顯屬過高。
如與組織規模與業務規模最龐大之財團法人相較，經濟部所轄工業技術研究院103年底實際員工人數為5,655人，支出決算數201.33億元。103年度編列董事長及院長公關費各47萬6千元，決算數分別為41萬8千元、21萬4千元。而上開財團法人之組織規模相對極小且業務單純，支用公關費與特別費之數額卻超過工業技術研究院，顯然偏高而不合理。
(三)揭露獎金福利等資料未完整
立法院審議99年度中央政府總預算案作成通案決議(十六)：「鑑於各部會主管之財團法人，屢見因管理不當，致部分財團法人利用財產登記手段行變相掏空國家資源之實，且多有不當轉任並支領過高報酬等情事；然而財團法人本為公益之性質，政府捐助成立之財團法人理應受民意機關之監督，爰要求：1.99年度起，各部會依預算法第 41條規定函送立法院審議之財團法人年度預算書案時，須併同檢送各該財團法人董事長、執行首長、一級單位主管，其所負責職權之說明與個人簡歷資料（含學、經歷）、經營投資事業情形及其所領月薪、獎金及福利等各項給與資料等，以為立法院審議相關預算書案時之參考。…」
立法院審議103年度中央政府總預算案作成通案決議(二十八)：「針對行政院及所屬依預算法第 41 條規定應函送立法院審議之財團法人預算書案，各財團法人應將政府遴（核）派人員之職權說明、個人簡歷資料（學、經歷）、薪酬、福利（各名義之獎金及補貼等）等相關資料，一併函送立法院，以利國會監督。」
惟部分財團法人所送獎金及福利等資料，多以「依照年終、工作獎金或績效獎金發給規定事項」等文字表達，而未能窺知完整資訊，例如科技部所轄國家實驗研究院、國家同步輻射研究中心等、文化部所轄中央通訊社、中央廣播電臺、交通部所轄台灣敦睦聯誼會等；或薪酬資料以區間表達，但難以辨識其薪酬水準，例如經濟部所轄部分財團法人董事長或經理人薪酬以「120,250元~172,790元」、副所長「110,260元~161,690元」、主任「90,650元~137,640元」等表達。
由於部分財團法人未完整揭露支領月薪、獎金及福利等各項給與資料，與立法院決議不符，不利審議監督，主管機關允宜督促所轄財團法人檢討改進。
(四)政府捐助比率為0％，宜依「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」規定，董事長薪資超過基準上限報請核定或備查之情形
行政院訂定「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」(以下簡稱薪資處理原則)，針對政府捐助比率超過50％之財團法人，訂有董事長、經理人、新進專任顧問與專業技術人員之薪資上限，並對例外情況如稀少性、羅致不易或專長特殊等因素給予彈性規定，並授權主管機關得視實際需要訂定較嚴格之規定。若超過規定上限者，應報主管機關或行政院核定或備查。
復依薪資處理原則第9點規定，非屬第2點第1款政府捐助之財團法人，符合下列條件之一者，其從業人員屬擇領或兼領月退休金之軍公教人員退休（職、伍）轉（再）任者或擔任政府代表者，其薪資事宜，得由各主管機關視實際需要，準用該原則之規定辦理：(一)、依第2點第1款各目計算接受捐助（贈）之財產合計占財團法人財產總額20％至50％。(二)政府直接或間接控制其人事、財務或業務。(三)須將年度預算書送立法院審議。(四)財產來源係基於法律規定行使而取得。
經查交通部所轄財團法人台灣敦睦聯誼會，政府捐助比率0％，係依立法院決議函送預算書。經查該財團法人董事長薪資29萬餘元，超過部長待遇19.05萬元，依規定應報主管機關核定或備查。
惟依「交通部所屬政府捐助之財團法人103年度行政監督報告」中有關該財團法人董事長或經理人之月支薪資基準，是否符合行政院訂頒「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」第3點相關規定部分（董事長或經理人超過薪資上限應報核），該部行政監督結果說明略以，「台灣敦睦聯誼會因無政府捐助之情形，非屬上開薪資處理原則規範之適用對象。」又立法院調查政府捐助財團法人相關薪資獎金待遇資料時，該財團法人亦未提供。
由於該財團法人係依立法院決議函送年度預算書審議，又考試院銓敘部將其列為政府直接（間接）控制其人事、財務或業務之財團法人，且董事長人選係由交通部推薦，故該財團法人仍宜準用薪資處理原則之規範，以符相關規定訂定之意旨。
綜上，部分財團法人未符立法院決議或未依相關規定辦理，顯示主管機關之監督未盡周延，允宜檢討改進，確實督促所轄財團法人落實相關規定，以免政府監督管理機制流於形式，俾利提升政府整體資源運用效能。