中央政府各機關及基金派員赴大陸地區計畫預算之編製係依「行政院及所屬各級機關因公派員赴大陸地區案件編審要點」(以下簡稱行政院編審要點)及「教育部及所屬機關(構)學校因公派員赴大陸地區案件處理要點」 (以下簡稱教育部編審要點)辦理；出差旅費之執行比照「國外出差旅費報支要點」辦理，並依行政院訂定之「中央政府各機關派赴大陸地區、香港及澳門出差人員生活費日支數額表」報支出差期間之生活費；赴大陸地區人員返臺後應依「政府機關(構)人員從事兩岸交流活動注意事項」之規定，於1個月內提出報告，除屬機密性質者外，並準用「行政院及所屬各機關出國報告綜合處理要點」之規定辦理報告登錄事宜。茲就上開規定與預算編送及執行相關部分整理如下：
一、計畫核定機關
(一)行政院所屬各機關因公派員赴大陸地區計畫報行政院核定(行政院編審要點第2點)。
(二)教育部所屬國立專科以上學校因公派員赴大陸地區計畫報教育部核定(教育部編審要點第3點)。
二、計畫編製原則(行政院及教育部編審要點第3點)
(一)確屬業務需要，且有實質效益。
(二)有助兩岸關係發展或增進人民利益。
(三)推動交流工作所必需。
(四)人數、天數應力求精簡。
(五)依業務重要性排列優先順序。
三、變更計畫或臨時派員之經費限制
(一)原則規定：有特殊原因必須變更計畫或因臨時業務需要派員前往者，所需經費在原編列大陸地區旅費項下支應，不得超支。(行政院及教育部編審要點第4點、第5點)
(二)例外規定：遇有下列情形之一時，倘原編列大陸地區旅費預算有不足，得由年度相關經費項下調整支應，其在原編列大陸地區旅費總額10％範圍內，由各部會從嚴核定；超過10％部分應專案報行政院核定(行政院及教育部編審要點第5點、第6點)：
1.臨時參加在大陸地區舉行之會議或活動，並經大陸事務主管機關或目的事業主管機關認定。
2.大陸地區突發重大事件，需緊急前往處理。
3.其他重大且具急迫性事項，經大陸事務主管機關或目的事業主管機關認定必須前往大陸地區辦理。
四、其他經費支應派員赴大陸地區所需費用之規定(行政院編審要點第6點、教育部編審要點第4點及第6點)
(一)政府經費
1.工程管理費(以下簡稱工管費)：以工管費支應派員赴大陸地區所需費用者，由各部會從嚴核定。
2.補助費或委辦費：以補助費或委辦費，支應派員赴大陸地區所需費用由受補助或受委辦機關之主管部會從嚴核定。
※補助費或委辦費支用之限制：各機關及基金不得接受由本機關或其上級機關或其所屬機關補(捐)助或委辦之機關、學校、團體、個人負擔所屬職員赴大陸地區所需費用〔即：不能利用他機關及基金給第3方之經費作為本機關及基金人員赴大陸地區經費之財源〕。
(二)民間財源：以國內(外)民間之贊助、補助及委辦費用赴大陸地區者(以下簡稱民間財源)，應由各部會從嚴核定。
五、出差旅費標準
赴大陸地區人員之出差旅費比照國外出差旅費報支要點規定辦理，並依行政院訂頒之「中央政府各機關派赴大陸地區、香港及澳門出差人員生活費日支數額表」報支出差期間之生活費，該表自90年度至104年度間歷經5次修正，同期間納入該表之大陸地區由20個增為35個，大陸地區之主要城市皆已涵蓋在內；目前最低之生活費日支標準為其他之140美元，最高者為香港308美元，而上海、澳門及北京生活費日支標準分別為267美元、255美元及251美元，其餘城市則在190美元以下(附表1)。
附表1：中央政府各機關派赴大陸地區、香港及澳門出差人員生活費日支數額表歷次修正情形 單位：美元
修正日期
城市
90.01.17
90.10.17
99.05.10
101.12.17
104.12.28
香港
295
295
295
295
308
上海
253
253
253
255
267
澳門
232
232
232
234
255
北京
207
207
207
240
251
廣州
199
199
199
190
190
南京
185
185
185
185
185
拉薩
196
196
183
180
183
重慶
-
259
182
182
182
天津
176
176
176
182
182杭州
180
180
180
180
180
深圳
142
142
142
180
180
成都
-
169
169
179
179
青島
-
-
-
176
176
大連
171
171
171
175
175
瀋陽
175
175
175
175
175
福州
145
145
145
170
170
昆明
147
147
147
170
170
武漢
-
-
-
170
170
桂林
-
-
-
170
170
海口
-
-
-
170
170
哈爾濱
209
209
166
166
166
蘇州
-
-
-
162
166
廈門
141
141
141
162
162
濟南
-
-
-
162
162
長沙
-
-
-
162
162
貴陽
-
-
-
162
162
鄭州
-
-
-
162
162
東莞
-
-
-
162
162
寧波
-
-
-
162
162
烏魯木齊
-
-
-
162
162
三亞
-
-
-
158
162
昆山
-
-
-
162
162
長春
-
-
-
155
155
西安
119
119
119
150
150
承德
169
-
-
-
-
汕頭
139
139
139
-
-
其他
136
136
136
140
140
※1.資料來源，90年度查自行政院公報第7卷第3期及第42期，其餘年度查自行政院主計總處網站；本報告整理製表。
2.內蒙古按「其他」之標準支給。
3.本表依104年12月28日修正之標準，依金額由大至小排序。
六、繳交返國報告(行政院及教育部編審要點第9點、第10點)
赴大陸地區人員回國後應繳交2種報告：
(一)回國後1個月內依「政府機關(構)人員從事兩岸交流活動注意事項」第5點規定之格式，就活動情形、遭遇問題、所採應對方法及可供參考之資料或建議繳交政府機關(構)人員從事兩岸交流活動(參加會議)報告。
(二)回國後3個月內，準用「行政院及所屬各機關出國報告綜合處理要點」第6條規定辦理赴大陸地區報告登錄事宜。