102年度至104年度計有12個特別收入基金派員赴大陸交流，其事由以開會為主，占比逾50％，其餘事由包括：考察、視察、訪問、談判、研究及業務洽談(詳附表10及附表11)。
預算法第4條第1項第2款規定：「二、特種基金：歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左︰…(五)有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。」可知，特別收入基金係以專有之財源供作特定用途，實際運作上，特別收入基金之業務多由主管機關人員兼辦，故公務機關與所轄特別收入基金之業務應有合理之劃分，不宜重疊辦理相同之業務，兩岸間之參訪、研討及出席會議等交流事項，涉政策面之業務，理應由主管機關編列公務預算辦理。
附表10：102年度至104年度中央政府特別收入基金「大陸地區旅費」科目決算類別表 單位：新台幣千元；％
類別
102年度
103年度
104年度
金額
比率
金額
比率
金額
比率
考察
1,218
13.15
724
4.23
1,993
10.67
視察
1,599
17.26
-
-
-
-
訪問
1,139
12.29
1,322
7.72
585
3.13
開會
4,802
51.84
10,704
62.52
9,434
50.53
談判
273
2.95
-
-
-
-
研究
150
1.62
4,370
25.53
6,660
35.67
業務洽談
83
0.90
-
-
-
-
合計
9,264
100.00
17,120
100.00
18,672
100.00
※註：1.資料來源，中央政府各主管機關；本報告整理製表。
2.中央研究院科學研究基金於103年度設置。
3.本表含併決算。
4.比率加總不等於100％，係尾數4捨5入之故。
附表11：102年度至104年度中央政府特別收入基金「大陸地區旅費」科目決算數一覽表 單位：新台幣千元
年度
主管機關
總統府
行政院
教育部
經濟部
原能會
農委會
衛福部
環保署
金管會
通傳會
基金
名稱
中央研究院科學研究基金
行政院國家科學技術發展
基金
運動發展基金
經濟特別收入基金
核能發電後端營運
基金
核子事故緊急應變
基金
農村再生基金
菸害防制及衛生保健基金
環境保護基金
金融監督管理基金
通訊傳播監督管理
基金
有線廣播電視事業發展基金
102
考察
-
-
698
365
-
-
-
-
-
155
-
-
視察
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1,599
-
-
訪問
-
533
-
90
-
485
-
-
-
31
-
-
開會
-
21
-
1,537
-
-
-
-
1,617
1,006
621
-
談判
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
273
-
研究
-
-
-
-
-
-
-
-
-
150
-
-
業務
洽談
-
-
-
-
-
-
-
-
-
83
-
-
合計
-
554
698
1,992
-
485
-
-
1,617
3,024
894
-
103
考察-
188
244
218
-
-
-
-
74
-
-
-
訪問
-
483
383
-
-
417
-
-
39
-
-
-
開會
6,384
282
-
2,280
167
88
-
214
588
-
570
131
進修
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
研究
4,370
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
合計
10,754
953
627
2,498
167
505
-
214
701
-
570
131
104
考察
-
214
942
124
301
-
265
-
147
-
-
-
訪問
156
71
-
-
-
358
-
-
-
-
-
-
開會
5,726
511
-
2,189
-
-
-
32
467
-
509
-
研究
6,660
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
合計
12,542
796
942
2,313
301
358
265
32
614
-
509
-
※註：1.資料來源，中央政府各主管機關；本報告整理製表。
2.中央研究院科學研究基金於103年度設置。
3.本表含併決算。
中央政府各機關及基金102年度至104年度赴大陸計畫執行情形報告表顯示，部分主管機關與所轄特別收入基金，兩者派員赴大陸地區計畫內容相似或相同，業務似未合理劃分。茲舉例說明如下：
(一)原子能委員會(以下簡稱原能會)：
原能會主管之核子事故緊急應變基金102年度至104年度連續3年派員赴大陸地區參訪核子事故緊急應變設施與參加會議，內容包括大陸核電安全管制、核應急中心、輻射防護應變整備作業規劃、海峽兩岸核能學術交流研討會等；同期間原能會及其所屬輻射偵測中心、放射性物料管理局、核能研究所等公務預算亦派員赴大陸參加相兩岸核能及應變相關研討會、參訪等，工作內容相似甚至相同，如：原能會、放射性物料管理局、核能研究所及核子事故緊急應變基金均派員參加103年度第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會(詳附表12)。
惟核子事故應變計畫之策畫及執行事項屬原能會之法定職掌，核子事故緊急應變基金之業務由原能會人員辦理，因此，該基金派赴大陸地區交流之人員，亦以原能會人員為主，形成同一業務經費分由公務機關及基金編列與執行，欠缺完整性，不利監督，如前述103年度第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會，核子事故緊急應變基金、原能會及放射性物料管理局、核能研究共派員9人參加，所需經費由公務預算支應7人、核子事故緊急應變基金支應2人，相關經費及執行情形報告表由基金、公務機關分開表達，難窺計畫執行情形之全貌，不利監督。
原能會主管之核子事故緊急應變基金係依法設置之特別收入基金，運用核子反應器設施經營者繳交之基金辦理核子事故緊急應變之相關因應措施，業務重點為核子事故緊急應變之訓練演習及物資儲備等，而兩岸核安或緊急應變措施之交流參訪及研討等業務，返國後應提出出國報告之建議事項，屬政策範圍，由特別收入基金支應所需經費，有欠妥適。
附表12：102年度至104年度原子能委員會主管各機關及基金之赴大陸計畫執行情形報告表摘錄 單位：新台幣千元
年度
特別收入基金
公務預算
核子事故緊急應變基金
原子能委員會
原子能委員會所屬
內容
決算金額
人數及天數
內容
決算金額
人數及天數
內容
決算金額
人數及天數
機關名稱
102
瞭解福島事故後陸方核電安全管制、核應急中心、輻射防護及應變整備作業規劃
485
7人7天
2013海峽兩岸核合作研討會及參訪相關核能設施
452
6人6天
參訪核子事故應變準備作業
133
2人7天
輻射偵測中心
103
第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會
88
2人6天
第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會
184
4人6天
第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會
140
3人6天[註3]
放射性物料管理局、核能研究所
103
參訪緊急應變準備作業
417
6人7天
海峽兩岸核電安全合作第三次工作業務交流會議暨專題研討會及參訪求
617
10人7天
海峽兩岸核電安全合作協議環境輻射偵測交流研討會
123
2人7天
輻射偵測中心
104
兩岸電廠風險評估管制技術相關之學術交流及設施參訪(赴大陸者為新北市消防局技正)
64
1人6天
海峽兩岸核核電安全協議-參訪核子事故緊急應變相關部門與核電廠
288
5人6天
104
參訪核子事故緊應變設施與研討項目
294
5人7天
※註：1.資料來源，原能會；本報告整理製表。
2.102年度核子事故緊急應變基金派赴大陸地區人員共7人，其中衛生福利部及屏東縣政府各1人，原能會5人；103年度核子事故緊急應變基金派赴大陸地區人員8人，其中基隆市、新北市及屏東縣政府各1人，原能會5人；104年度核子事故緊急應變基金派赴大陸地區人員6人，其中新北市1人，原能會及所屬共5人。
3.第14屆海峽兩岸核能學術交流研討會，放射性物料管理局派員2人，決算數9萬元、核能研究所派員1人，決算數5萬元。
(二)環境保護署(以下簡稱環保署)：
102年度至104年度環保署公務預算與環境保護基金特別收入基金年年均派員赴大陸參加學術研討會及專家論壇等交流活動，其中有多項計畫以共同辦理之方式執行，分由環保署公務預算與環境保護基金支應，惟相關交流事項屬政策範圍，由特別收入基金辦理，有欠妥適。如：2013兩岸環保高層專家論壇，參加人員不乏環保署之高階人員，及與政策相關之兩岸環保相關合作架構會議等(詳附表13)
由環保署及環境保護基金赴大陸計畫執行情形報告表顯示，環境保護基金與環保署公務預算存有互補不足經費之現象，如103年度推動溫室氣體專業組交流計畫，環境保護基金執行9千元、環保署執行27萬7千元，104年度土壤及地下水合作架構協議第二次工作會議，環境保護基金執行8萬1千元、環保署執行1萬3千元，104年度江蘇省合作架構協議第三次工作會議及參訪，環境保護基金執行7萬6千元、環保署執行8千元(詳附表13)，似有因經費不足，分由環境保護基金或環保署公務預算支應之現象，而所謂之「共同辦理」，可能僅係反映經費分攤之事實所致。
附表13：102年度至104年度環境保護署及環境保護基金共同派員赴大陸地區之交流事項概況表 單位：新台幣千元
年度
交流事項
環境保護基金
環保署
決算金額
人數及
天數
決算金額
人數及
天數
102
2013兩岸環保高層專家論壇
558
7人6天
365
5人6天
103
2014兩岸大氣保護學術研討會
220
基金與公務預算共同辦理，參加人員相同
237
8人6天
推動溫室氣體專業組交流計畫
9
277
5人6天
海峽兩岸固體廢棄物清理管理及技術交流
74
103
3人5天
兩岸環境智慧景區環境教育場域行動研討會
62
53
2人6天
104
海峽兩岸第6屆標準計量檢驗驗證消費品安全研討會暨合作工作組會議
90
63
3人5天
UM EXPO第三屆中國城市礦產博覽會
89
46
3人5天
第十屆固體廢棄物清理管理與技術國際會議
46
48
2人6天
土壤及地下水合作架構協議第二次工作會議
81
13
2人5天江蘇省合作架構協議第三次工作會議及參訪
76
8
2人5天
海峽兩岸海洋論壇第二次合作推動小組會議
81
3人5天
124
3人5天
※註：1.資料來源，環保署；本報告整理製表。
2.本表僅摘錄環保署與環境保護基金共同參加之交流事項。
綜上，兩岸交流事項，涉及政策規劃，所需經費應由公務機關編列預算辦理，不宜由特別收入基金支應，允宜檢討改善。