行政院所提檢討方案主要改進方向之一即為「明確區分考核獎金與績效獎金」，考核獎金以各考成面向之工作表現作為考核基準，進行全面、整體成效考核；績效獎金則以決算盈餘為基礎，依盈餘多寡提撥分配給員工，期激勵員工提升績效創造更多盈餘。

惟參據各國營事業主管機關所訂104年度國營事業工作考成細目，仍多與績效獎金所用之「決算盈餘」目標具正向直接之關聯性，所占權重甚高達3成以上，如：

(一)中央銀行所屬中央印製廠及中央造幣廠：所列「業務經營」項下之「營業收入目標達成率」、「營收成長率」、「營業外收入成長率」、「營業利益目標達成率」、「營業利益目標成長率」等5項指標，總權重23，「財務管理」項下「資產報酬率」及「權益報酬率」等2項指標，總權重7；占總評分之30％。

(二)經濟部所屬台糖公司：「業務經營」項下之「營業收入目標達成率」、「營業收入成長率」、「營業利益目標達成率」、「營業利益成長率」、「稅前淨利目標達成率」、「稅前淨利成長率」等6項指標，總權重28，及「財務管理」項下之「資產報酬率」、「權益報酬率」，總權重8，合共占總評分之36％。

(三)財政部所屬之印刷廠：「業務經營」項下「營業收入」、「營業外收入成長率」、「新業務營收成長率」、「營業利益」、「淨利成長率」、「淨利率」等6項指標，總權重35，及「財務管理」項下「權益報酬率」、「資產報酬率」等2項指標，總權重10，合共高達總評分之45％。

(四)交通部所屬港務公司：「業務經營」項下之「收益力」包含「營業利益年度預算目標達成率」及「本期淨利年度預算達成率」2項指標，總權重25，及「財務管理」項下之「獲利能力」包含「資產報酬率」及「權益報酬率」總權重10，合共占總評分之35％。

(五)另以檢討方案實施後101至103年度之經營績效獎金核發情形觀之，101年度台糖公司考成成績為「乙」，其當年度績效獎金僅1.16個月，102年度中油公司考成成績為「乙」，其績效獎金僅0.95個月，均屬當年度績效獎金較低者，亦可見考成成績顯與盈餘表現息息相關。

準此，檢討方案雖提出降低盈餘於考核獎金之比重，避免與績效獎金之考核項目重疊等改進方向，但實施以來各事業之主管機關似求簡便仍循舊制，偏重盈餘達成之考核，政策性及服務性指標不足，與績效獎金以稅前盈餘達成率之評核標準，尚未見重大區隔。是以，同一標準重複考核國營事業經績效並據以核發二種獎金之爭議，仍待積極檢討釐清。