近10餘年來，由於全球暖化及氣候異常等因素，我國地震、風災或水災頻傳，為因應災害發生所造成嚴重損害、後續重建工作，以及解決基隆河沿岸水患問題、加速治理易淹水地區水患及治山防洪、提升石門水庫營運功能及其上游集水區水域環境保育、流域綜合治理等所需經費，中央政府多次提出特別預算，包括：921震災災後重建特別預算（共2期）、基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別預算、嚴重急呼吸道症候群防治及紓困特別預算、易淹水地區水患治理計畫特別決算（共3 期）、石門水庫及其集水區整治計畫特別預算（共2期）、莫拉克颱風災後重建特別預算、流域綜合治理計畫特別預算(103年度至106年度已編列2期)。近10餘年來中央政府所提之緊急救災、重建及災害防治特別預算數逾4,815億元，整體執行率雖達88.22％，然於原定預算執行期間，實現數占預算數之實支比率(2,474.76億元/4,516.93億元；不含流域綜合治理計畫第2期特別預算)僅約 54.79％，仍屬偏低(詳附表3-4)。
附表3-4：近10餘年災害防救相關特別預算之歲出決算審定表
單位：新臺幣百萬元；％
特別預算/原定執行期間(年度)
預算數
決算審定數
決算審定數與預算數比較
實現數
應付數
保留數
合計
金額
比率
中央政府921震災災後重建特別預算(90)
72,759
15,419
1,703
53,979
71,101
-1,658
2.28
中央政府921震災災後重建第2期特別預算(90)
27,241
0
0
27,241
27,241
-
-
中央政府基隆河整體治理計畫(前期計畫)特別預算（91-94）
31,616
24,374
1,825
4,078
30,276
-1,339
4.24
嚴重急呼吸道症候群防治及紓困特別預算(92-93)
50,000
22,734
0
265
23,000
-27,000
54.00
中央政府易淹水地區水患治理計畫第1 期特別預算(95-96)
30,965
11,592
1,083
17,653
30,329
-636
2.06
中央政府易淹水地區水患治理計畫第2 期特別預算(97-99)
44,500
33,219
2,888
7,395
43,502
-998
2.24
中央政府易淹水地區水患治理計畫第3 期特別決算(100-102)
40,455
32,619
2,840
2,162
37,621
-2,834
7.01
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第1期特別預算(95-97)
13,970
7,349
211
5,768
13,328
-642
4.59
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第2 期特別預算(98-100)
11,030
3,709
294
6,079
10,081
-949
8.60
中央政府莫拉克颱風災後重建特別預算(98-101)
116,508
87,286
546
12,005
99,837
-16,671
14.31
中央政府流域綜合治理計畫第1期特別預算(103-104)
12,649
9,175
1,399
1,609
12,182
-467
3.69
合計
451,693
247,476
12,789
138,234
398,498
-53,194
11.78
中央政府流域綜合治理計畫第2期特別預算(105-106)
29,823
-
-
-
-
-
-
※註：1.資料來源，整理自審計部歷次中央政府特別決算審核報告及行政院主計總處中央政府流域綜合治理計畫第1期及第2期預、決算。
2.表內中央政府流域綜合治理計畫第1期決算數為行政院自結數；部分數字尾數略有差異，係因四捨五入所致。