(一)自90年度起中央政府為因應重大災害發生，及為整治基隆河、易淹水地區、石門水庫及其集水區、流域綜合治理等，以編列特別預算方式籌措所需經費；然而，截至103年底仍有中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別決算（91年－94年）等6項計畫(詳附表4-4)，原預算執行期間已逾數年，惟由於員山子分洪工程因履約爭議尚在訴訟中、縣市管區域排水治理工程計畫期程跨年度及履約爭議、中庄調整池工程及板新大漢溪水源南調桃園計畫期程跨越年度、原住民族委員會及交通部公路總局多項復建工程受豪大雨、颱風等天災影響，致執行進度落後尚未執行完竣，須於下年度繼續辦理，已延宕相關重建計畫之時程。
附表4-4 ：災害防救相關特別決算以前年度歲出保留轉入數決算審定簡表 103年度 單位：新臺幣千元
特別決算名稱/原執行期間(年度)
以前年度轉入數
決算審定數
減免數
實現數
應付保留數
中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別決算（91-94）
169,679
-
90
169,589
中央政府易淹水地區水患治理計畫第2 期特別決算（97-99）
156,787
4,945
90,860
60,981
中央政府易淹水地區水患治理計畫第3 期特別決算（100-102）
5,002,044
458,240
4,117,556
426,247
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第1 期特別決算（95-97）
280,576
-
182,305
98,270
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第2 期特別決算（98-100）
4,813,604
74,568
1,543,540
3,195,496
中央政府莫拉克颱風災後重建特別決算（98-101）
4,941,714
917,977
3,556,855
466,881
合計
15,364,404
1,455,730
9,491,206
4,417,464
※註：1.資料來源，整理自103年度中央政府總決算審核報告（附冊-總決算部分）頁丁-18。
(二)為加速推動流域整體治理，中央政府流域綜合治理計畫第1 期特別預算(103年－104年)編列歲出預算126億4,900萬元，截至103年度止，累計實現數9億4,462萬1千元，僅占累計分配預算數33億2,300萬元之28.43％ (詳附表4-5)。其中除因本特別預算於103年6月18日公布，計畫執行期程縮短外，部分工程仍處於前置作業階段或執行計畫書尚未核定，亦為導致執行進度落後之主因。
附表4-5：中央政府流域綜合治理計畫第1 期特別預算歲出部分執行情形表(103年6月18日至103年12月31日) 單位：新臺幣千元
主管機關
全部計畫預算數
累計分配預算數
累計實現數
計畫執行進度落後原因
金額
占累計分配預算數％
內政部主管
2,080,000
486,000
154,056
31.70
主要係計畫執行期程縮短，及初期審查作業費時，部分工程前置及發包作業進度落後等所致。
經濟部主管
5,835,000
1,063,000
3,049
0.29
主要係計畫執行期程縮短，及初期審查作業費時，部分工程仍處於前置作業階段等所致。
農業委員會主管
4,734,000
1,774,000
787,515
44.39
主要係計畫執行期程縮短、初期審查作業費時，部分業務計畫之執行計畫書尚未核定，或甫於103 年10 月及12 月間核定等所致。
合計
12,649,000
3,323,000
944,621
28.43
※註：1.資料來源，103年度中央政府總決算審核報告（附冊-總決算部分）頁丁-20。
2.累計實現數係指已完成結報手續作正列支之經費支出。
(三)近10餘年來中央政府以編列特別預算方式，籌措災害防救經費總計高達4,815.16億元，包括：921震災災後重建2期特別預算、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)特別預算、莫拉克颱風災後重建特別預算等。然各該特別預算之執行，經審計部查核提出多項重要審核缺失意見，其中並以計畫之規劃未臻周妥、預算編列欠覈實、工程及預算進度執行嚴重落後、補助地方政府預算執行率偏低或未核實撥款，影響財務調度，以及計畫之督導、管制及考核未臻完善等缺失居多(詳附表4-6)。
附表4-6 ：近10餘年中央政府災害防救特別預、決算概況及審計部重要審核意見彙整表 單位：新臺幣百萬元
特別預算名稱/起迄年度
歲出預算數
決算審定數
審計部重要審核缺失意見
九二一震災災後重建特別預算（含第1&2期）/90
72,759
71,101
1.震災重建融資優惠措施未發揮預期效果，災民受惠有限。
2.公共工程管理制度及復建工程用地撥用手續均待檢討改進。
3.重建區河川流域土石大量淤積、新設土資場計畫執行進度嚴重落後、土石流及崩塌地源頭處理等計畫，亟待加速辦理。
4.具有延續辦理工作，亟待積極研擬回歸各機關常態化執行之措施及對策。
27,241
27,241
基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別預算/91-94
31,616
30,276
1.部分防洪工程用地於內政部核准先行使用前即發包施作，遭部分所有權人抗爭；另部分防洪支流排水工程未依限完成，影響工程進度及治理成效。
2.河川區域之違法建物及違規種植情形，未能有效妥處；基隆河鐵路橋及周邊配合改建工程規劃欠周，執行及控管欠當。
3.員山子分洪工程變更設計遲未完成，耽延驗收結案期程。
4.補助預算執行率偏低、未核實撥款，影響財務調度；礦業權補償金額遲未定案，影響結算作業。
嚴重急呼吸道症候群防治及紓困特別預算/92-93
50,000
23,000
1.特別預算未支用數，尚待配合疫情趨緩妥為處理；撥付地方經費執行賸餘款尚待積極清理。
2.通報系統未臻完善、醫療照護津貼規定未盡明確，待研謀改善。
3.防疫物資採購管理作業未盡周延，SARS專責醫院方向未盡明確，補貼稅費辦法未能契合疫情實況等。
4.後SARS期間經費配置失衡，醫事人員訓練及成效均待改進。
中央政府易淹水地區水患治理計畫第1期特別預算/95-96
30,965
30,328
1.計畫之規劃與預算編列欠覈實、水系及事業海堤工程經費未配合計畫期程編列，致預算執行進度嚴重落後。
2.綜合治理規劃及審查遲未完成，且工作計畫未依查核項目確實審查，影響治理進度及計畫執行效率。
3.地方政府未配合籌措工程用地費及工程用地未取得，加以雨水下水道工程施工遭地方民眾抗爭及配合管線遷移，影響計畫執行進度與治水成效。
4.山坡地水土保持及治山防洪計畫、易淹水地區農田排水計畫執行進度落後，亟待加強追蹤考核，並督促積極辦理。
5.受補助機關未積極辦理工程決算及工程查核；部分機關辦理與治水無關之設施，違反水患治理特別條例附帶決議規定。
中央政府易淹水地區水患治理計畫第2期特別預算/97-99
44,500
43,502
1.計畫規劃及執行過程仍未臻周妥，經費資源未擴增卻一再擴大治理範圍，致計畫執行偏離系統性整治目標。
2.經濟部水利署治理工程堤頂高度低於治理規劃標準，致潛存洪災風險；另未覈實辦理計畫提報及審議作業、未有效督促地方政府加速執行疏濬清淤及應急工程，影響執行進度及成效。
3.農業委員會執行易淹水地區農田排水設施改善工程、山坡地水土保持及治山防洪計畫採購作業等均存有缺失，且治山防洪構造物未落實巡查及維護管理，影響計畫執行成效。
4.治水經費遭部分縣庫先行調借，應付廠商工程款項延遲撥付。
中央政府易淹水地區水患治理計畫第3期特別預算/100-102
40,455
37,621
1.流用特別預算辦理與治水無關之舊有辦公廳舍整建，違反立法院審議水患治理特別條例附帶決議規定。
2.部分水患治理工作計畫預算執行進度落後，仍未完成治理工程，且部分工程管考有欠嚴謹。
3.未依各該水系規劃之輕重緩急程度次第推動，致治水經費未充分發揮最佳效益，且部分治理應急工程進度落後，影響計畫執行成效及預期目標。
4.各類排水設施之介面及保護標準不一，地方政府經管水利設施維護管理作業欠周，亟待通盤檢討強化監督維護管理機制。
5.雨水下水道地理資訊資料庫（GIS）建置完整度偏低、各縣市雨水下水道相關維護經費差異甚鉅，且部分縣市政府已規劃完成之雨水下水道系統存有與現況不符情形。
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第1期特別預算
/95-97
13,970
13,328
1.部分計畫規劃及執行間未臻周妥致迭次變更修正，原住民保留地保育整體計畫等預算執行進度落後，影響施政效能。
2.龍潭淨水場擴建工程用地取得耽延、增設取水工程進度落後、集水區山坡地及國有林班地治理未臻完善。
3.實際施作情形與核定計畫書或執行報告書內容互異，推動小組督導及管制考核執行未臻完善。
4.石門水庫淤積益趨嚴重，預計淤泥清淤清運量與待整治淤積量顯不相當，亟待研謀改善。
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫第2期特別預算
/98-100
11,030
10,081
1.水庫整治計畫之規劃及執行未臻周妥，部分重大整治工程未盡審慎周延，導致執行進度嚴重落後，延宕計畫效益發揮。
2.整治計畫推動小組之督導及管制考核未臻完善，亟待強化及發揮功能。
3.經濟部水利署執行水庫排砂防淤措施方案治理量能不足、水庫泥砂浚渫工程未妥覓污泥最終去處、集水區保育治理工作與協調聯繫功能待加強、既有設施排砂功能改善工程採購案之審標作業未盡審慎致衍生爭議，均待檢討改善。
4.農委會所屬迄未依計畫完成石門水庫集水區特定水土保持區之劃定事宜、執行山坡地超限利用之查報取締及解除列管作業未臻健全、執行收回租地林相管理、防洪構造物巡查養護及崩塌地追蹤復育等，均待加強辦理。
中央政府莫拉克颱風災後重建特別預算/98-101
116,508
99,837
1.部分計畫執行進度落後或未盡職責及效能過低情事，致影響重建進度及整體預算執行績效。
2.災後重(復)建工程經費核定、採購及履約控管等作業存有缺失。
3.部分災後居民永久屋尚未完工，公共設施與土地徵收作業尚未完成。
4.部分機關工程施工查核小組查核重建工程比率未達規定之查核標準。
5.部分公路設施復建計畫工程履約管理欠佳、進度控管未盡覈實或進度落後。
6.臺20線及臺21線部分路段公共設施受豪雨影響一再沖毀，宜通盤檢討調整重建策略，避免公帑不經濟支出。
7.土石流潛勢資料調查及易致災因子資訊之更新及健全土石流預警機制，仍待加強，以達減少土石流災害目標。
8.莫拉克風災募得款項尚未支用金額龐鉅，主管機關監督與執行均待強化。
中央政府流域綜合治理計畫第1期特別預算/103-104
12,649
12,182
中央政府流域綜合治理計畫第2期特別預算/104-105
29,823
-
合計
481,516
398,496
※註：1.資料來源，整理自審計部歷次中央政府特別決算審核報告及行政院主計總處中央政府流域綜合治理計畫第1期及第2期預算。
2.表內中央政府流域綜合治理計畫第1期決算數為行政院自結數。