科技部投入巨額經費支援學術研究，惟近年來重大違反學術倫理事件接連由國外期刊媒體揭露，已使我國學術形象蒙塵。在媒體輿論之督促下，科技部逐步修正相關規範，並持續透過跨部協商平台與教育部研議提升大學教師學術倫理相關措施，然處理及審議違反學術倫理行為，仍有待改進之處，說明如下：
(一)違反學術倫理行為類型之判定標準未明確界定
科技部對研究人員違反學術倫理之定義，僅原則性列出各違反行為類型有嚴重影響該部審查判斷或資源分配公正之虞者，即為違反學術倫理，然違反行為或影響效果到達何種程度才認定違反學術倫理，其判定標準並未明確界定。
以違反最多之「抄襲」案件為例，科技部規定「抄襲：援用他人之申請資料、研究資料或研究成果未註明出處。註明出處『不當情節重大者』，以抄襲論」，提供資料時並將抄襲案件分為2類，分別是較不嚴重之未註明出處(附圖3-1「抄襲1」)及較嚴重之抄襲(附圖3-1「抄襲2」)，然如何判定則由學術倫理審議會決定，未明文訴諸規範。
(二)未針對違反學術倫理之各行為類型明定處分標準，恐給予過多裁量空間
科技部對各類型違反學術倫理行為之處分規定皆相同，為書面告誡、停權1年至10年或終身、追回部分或全部補助經費，不若教育部處理大專校院教師聘任升等違反學術倫理案件，針對不同違反情事明定停權期間。
100年度至104年度，科技部處分抄襲行為，除部分情節較輕僅書面告誡外，屬於較不嚴重之未註明出處行為(「抄襲1」)及屬於較嚴重之抄襲行為(「抄襲2」)，二者之停權處分差異並不明顯，多落在停權1年至3年間，且集中在停權1年(詳附表4-6)，實際處分停權期間明顯低於教育部規定之抄襲停權5年至7年。由科技部規範及處分結果觀之，未針對違反學術倫理之各行為類型明定處分標準，恐給予過多裁量空間。
附表4-6：100年度至104年度抄襲行為之處分結果
單位：件數
情節
書面
告誡
停權
1年
停權
2年
停權
3年
停權
4年
停權
8年
追回
經費
抄襲1
8
11
1
1
0
0
0
抄襲2
0
16
6
2
1
1
3
※註：1.資料來源，科技部提供，本報告整理。
2.「抄襲1」(未註明出處)：援用他人之申請資料、研究資料或研究成果未註明出處。「抄襲2」(嚴重抄襲)：援用他人之申請資料、研究資料或研究成果未註明出處。註明出處不當情節重大者，以抄襲論。
3.處分停權4 年之案件同時違反變造及抄襲，處分停權8年之案件同時違反造假、抄襲及以違法或不當手段影響論文審查。
4.部分涉及抄襲行為之案件，除停權外同時處分追回經費，亦有僅處分追回經費者。
(三)違反學術倫理之處分，允應訂定一致性之判定原則及建立系統性之資料庫，以消弭行政處分寬嚴不一之疑慮
科技部對違反學術倫理行為類型及處分等判定標準未明確界定，恐有行政處分寬嚴不一之疑慮。以科技部提供審議認定造假之案件為例(詳附表4-7)，說明如下：
1.案例 A、B及C本質皆係不實表達過去成果績效，藉以誤導計畫審查以提高通過之機率。案例A及案例B分別補助273萬餘元及1,278萬元，乍看之下，案例B因補助費用為案例A之4.7倍，且多次專題計畫申請案之過去成果績效登載不實，其情節似較案例A嚴重，卻同樣處分停權5年，似有可議之處；案例C似因政府未予補助且違反情節較輕，處以書面告誡。
2.詢據科技部表示，案例A以往多次申請計畫所列成果績效亦有表達不實之情事，惟摘錄案件內容時未明確表達，案例A及案例B違反情節應屬類似。然外界並無法知悉相關細節，縱使案例A與案例B違反情節類似，2案補助經費差距甚大，卻有相同處分，行政處分仍有寬嚴不一之疑慮。
違反學術倫理各案情況雖不盡相同，仍應就處分訂定一致性之判定原則，如政府補助與否、補助金額多寡、初次違反或連續數次違反、違反情節嚴重程度及對學術界之影響等，並應建立系統性之資料庫，將各項考量因素列明，若有特殊因素，更應註明減輕或加重處分之原因，以消弭行政處分寬嚴不一之疑慮。
附表4-7：審議認定造假案例
單位：新台幣千元
案例
補助費用
案件簡述
處分
A
2,732
計畫申請人之近5年成果績效表所列期刊論文，經查有作者列名不實及查詢不到該篇論文之情形。
停權5年
B
12,780
94至100年度專題計畫申請案之個人著作目錄所列英文期刊論文皆登打不實，有誤導審查之虞。
停權5年
C
0
偽造個人著作目錄，請其本人提供論文接受函或相關證明文件未果，著作目錄表達不實，確屬不當。
書面告誡
※註：1.資料來源，科技部提供，本報告整理。
2.為利比較，本表排除不只違反造假1種行為類型之案件。
(四)處分結果僅少數人知悉，未臻透明而有礙外界檢視，亦難達杜絕違反學術倫理之成效
科技部對於違反學術倫理案件之處分，係以書面通知檢舉人、受處分人及其所屬學校或機關(構)，並視情況副知相關權責單位(例如：涉教師升等即副知教育部)，該部表示基於個資保護及相關保密原則均不予公布，如涉公共利益(嚴重影響我國國際聲譽、違反學術社群秩序情節重大、及具有社會重大影響且有警惕之作用)，始適切對外說明。100年度至104年度審議認定違反學術倫理73件，科技部僅有1件對外說明。
然而碩博士學生論文有抄襲或舞弊情事，學校依法撤銷其學位並公告註銷學位證書，政府對學生違反學術倫理之處分以公告方式為之，而對受政府補助之學術研究人員(教授)之處分卻僅通知該案檢舉人、受處分人及其所屬學校或機關(構)等少數人，其寬嚴差距猶若天壤之別。且歷次處分結果未臻透明，僅科技部內部及學術倫理審議會委員知悉，任憑媒體揣測報導，有礙外界檢視處分之公平性，亦難藉處分以杜絕違反學術倫理之成效。
綜上，違反學術倫理之處分攸關學術研究人員清譽與權益及政府補助公平性，然違反學術倫理行為類型及處分等判定標準未明確界定，恐給予過多裁量空間。科技部允應明確界定違反學術倫理之行為類型及處分標準，訂定一致性之判定原則及建立系統性之資料庫平台，在不違反個人資料保護法相關規定之前提下，將審議認定之各案案情、處分考量因素及處分結果透明化，俾供外界檢視，以消弭行政處分寬嚴不一之疑慮，並遏止研究不當情事之發生。