(一)補助研究計畫經費放寬運用彈性
101年3月間部分教授涉及以假發票浮報、虛報經費，引起社會高度關切，科技部與主計總處等相關機關檢討經費報支相關規定後，自101年7月30日修正相關規定，放寬科研經費之流用及支用彈性。修正重點包括：
1.放寬運用彈性：放寬補助項目間之流用授權範圍，由原本流入20％、流出30％放寬至流入流出皆50％，超過此比例才須事先報科技部核准；各項目內細項變更與經費調整，授權由學校或機關(構)認定其合理性，並逕依其內部行政程序辦理即可等。
2.增加追回學校或機關(構)管理費之處分選項：科技部查核時充分尊重學校或機關(構)對於研究經費支用之認定，如屬法令模糊空間，經科技部認屬認定浮濫者，將扣回學校或機關(構) 浮報虛報總額1 倍至3 倍之管理費，使計畫執行得以權責相符，並可提升經費執行效率。
(二)放寬經費運用彈性後，罕有浮報、虛報情事發生
100年度至104年度間，科技部審議認定浮報、虛報案件各年度依序為4件、9件、7件、3件及0件，共計23件，浮報、虛報總額為766萬8千元，全數追回，多數案件並對計畫主持人處以書面告誡或停權1年至3年之處分(詳附表4-10)。然浮報、虛報案件於101年7月放寬經費運用彈性後，罕有浮報、虛報情事發生，迄今僅有1案件(執行期間為101年8月至102年7月)被認定浮報、虛報，處分年度為103年度。
附表4-10：100年度至104年度審議認定浮報、虛報及處分情形
單位：新臺幣千元
處分年度
計畫
件數
計畫補助經費
浮報虛報金額
處分方式
書面告誡/停權
追回研究經費
追回管理費
備註
100
4
6,498
1,018
停權1年3件
1,018
53
均請檢討改進
101
9
90,807
3,806
停權1年5件，停權2年3件，停權3年1件
3,806
-
102
7
20,044
721
書面告誡3件，停權1年6件
721
-
103
3
84,357
2,124
書面告誡3件，停權2年2件
2,124
-
104
0
-
-
-
-
-
合計
23
201,707
7,668
7,668
53
※註：1.資料來源，科技部提供，本報告整理。
2.本表各金額係四捨五入至千元，故可能產生尾差。
3.部分案件超過1件計畫，故有案件同時處分書面告誡及停權。
(三)允宜反思檢討經費運用彈性是否過於寬鬆
監察院於103年6月12日糾正科技部補助研究計畫審查欠嚴謹，虛報、浮報情況嚴重，經費報銷屢有不實等情事，科技部放寬經費運用彈性後，虛報、浮報情況看似立即改善，然經費流用逕由原本流入20％、流出30％放寬至流入流出皆50％，授權範圍有無過於寬鬆，允宜反思檢討。科技部大幅授權學校或機關(構)自行認定處理經費之流用，卻未於科技部資訊系統建置各計畫經費流用後之各用途項目執行金額，則審查核定補助研究計畫之用途項目有無實質意義，亦待商榷。
(四)允應確實課責學校或機關(構)負起監督責任
科技部100年度曾對1件浮報、虛報案件處分追回管理費5萬3千元，當時規定之處分方式並無追回管理費之選項，經洽科技部表示處分原因係該部「前已舉辦多場業務宣導，也多次發函，還是發生這種情形，學校也要檢討，所以扣執行中計畫管理費」。科技部101年7月放寬經費運用彈性之同時，亦就浮報、虛報案件之處分方式，增加追回學校或機關(構)管理費，課責學校或機關(構)善盡監督之責，然101年7月以後處分之浮報、虛報案件均無追回管理費(詳附表4-10)，學校或機關(構)有權無責，允應檢討改善。
綜上，科技部放寬補助研究計畫之經費運用彈性後，罕有浮報、虛報情事發生，允宜反思檢討修正後之經費流用授權範圍有無過於寬鬆；另大幅授權學校或機關(構)認定經費之流用，允應課以相對監督之責任，俾權責相符。