(一)未依公共建設計畫特性設計整合性運用法規或指引，且以個案計畫進行評核，未以次類別整體性角度進行分析
國發會為提升重大公共建設計畫績效管理，將公共建設計畫相關法規按作業階段分類，彙編「全生命週期績效管理手冊（法規篇）（以下稱績效管理手冊）」，惟法令數多達36項，內容繁雜，卻未依公共建設計畫特性以計畫擬編、預算編列、執行、結案及營運等階段做整合性之執行規範或指引，運用不易，恐因人員更迭，實務經驗傳承不易，發生引用法令錯誤問題。
依績效管理手冊說明，公共建設計畫管制及績效評估主要依據「行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點（以下稱管制評核要點）」辦理，惟該要點係個案計畫通案性之規定，未針對公共建設計畫執行期程較長、金額重大、影響範圍寬廣且久遠等特性設立專章，亦未考量公共建設年度預算以公路、交通運輸等17項次類別匡列額度，且未以整體性角度就各次類別項目執行成效進行評估，再回饋至預算審查，實有欠妥；另「行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點」第13點規定，中長程個案計畫執行完成後，應就其實施成效作成總結評估報告。惟管制評核要點未就評核方式作相關規定，該會雖訂有「屆期重大公共建設計畫成效評估機制」，但該機制並未訂定明確法規，亦缺乏屆期後計畫管理及評核相關規範。
此外，工程會雖列管1億元以上公共建設計畫，惟其選定列管計畫範圍、計畫執行率或進度偏低者之定義、管制處理及追蹤方法、不定期實地查訪之範圍及方式等未訂定明確規範可資遵循，且公布於網頁供各機關人員參照之「公共建設計畫執行作業手冊」自102年5月後即未更新，亦有欠當。
(二)公共建設類由院管制計畫之管控評核範圍較寬且嚴謹，惟選案占比數量偏低且逐年下降
目前管控公共建設計畫機關包括國發會及工程會，國發會負責公共建設類院管制計畫之管考，控管範圍除計畫執行外，尚包含計畫目標、效益評估等，範圍較寬，且與部會管制計畫及自行管制計畫相較，控管評核程序較為嚴謹，如定期檢討作業，院管制計畫係每月辦理，部會管制計畫及自行管制計畫則授權部會自行訂定管考標準，惟各部會所訂標準寬嚴不一，如文化部104年度「北部流行音樂中心計畫」及「海洋文化及流行音樂中心計畫」可支用預算數均逾10億元，超過院管制計畫，惟自訂規範係按季管考，控管較寬鬆，預算執行率亦欠佳。
另機關為考評及以後年度爭取預算考量，自行評核結果多較寬鬆，院管制計畫可透過複核程序調整(詳附表3-4-1)，部會列管計畫及自行列管計畫則欠缺該機制，如104年度列優等之自行列管計畫，5項中有2項預算執行率或年執行進度未達7成，難謂合理，甚至如國發會「國家建設總合評估規劃中程計畫」104年度預算執行率僅36％，自行評核卻為甲等，均顯示部會自行評核結果不易真實反映公共建設計畫執行成效，回饋至預算編審有欠公允。
又101年度至104年度公共建設類院管制計畫僅23至40件，與重大公共建設計畫先期作業審查件數208件至259件相較，數量偏低且逐年下降，尤其104年度僅23件，占比11％，為歷年最低(詳附表3-4-2)，且如交通部「高雄港洲際貨櫃中心第二期工程計畫」，係重大公共建設計畫「高雄港(含安平港)101-105年實質建設計畫」之子計畫，非就整體計畫進行列管，院管制計畫範圍益形縮減。相較公共建設預算先期作業審議，國發會就各計畫逐項審核，由初審、複審、會審至陳報行政院核定，規範詳盡且處理嚴謹，惟對計畫後續執行之管理考核似過於輕忽。
附表3-4-1：101度年至104年度行政院管制公共建設計畫主管部會初核及行政院複核結果比較表 單位：件數
等第
101年度
102年度
103年度
104年度
部會初核
院複核
部會初核
院複核
部會初核
院複核
部會初核
院複核
優等
9
0
10
2
7
0
7
0
甲等
21
18
16
13
19
14
11
12
乙等
5
17
7
18
7
18
4
10
丙等
0
0
0
0
0
1
0
0
※註：1.資料來源，國發會網頁101年度至104年度行政院管制計畫評核報告。
附表3-4-2：101年度至104年度重大公共建設計畫及公共建設類院管制計畫件數比較表
年度
重大公共建設計畫
先期作業審查件數
公共建設類
院管制計畫件數
公共建設類院管制計畫占
先期作業審查計畫件數比率(％)101
259
40
15.44
102
254
38
14.96
103
202
37
18.31
104
208
23
11.06
※註：1.資料來源，101年度至104年度政府公共建設先期作業辦理情形及行政院列管案件進度年報。
(三)工程會與國發會管考作業部分重疊又未能互補，且管理系統各自獨立，預算執行之數據逾4成不合
工程會負責監督1億元以上公共建設計畫之執行及工程品質控管，其對公共建設類院管制計畫之預算執行、進度控管與國發會管考功能重疊，惟該會又非監督全部重大公共建設計畫，如104年度編列預算之198件重大公共建設計畫，工程會僅管制其中115件，約58％(詳附表3-4-3)，逾4成重大公共建設計畫係由主管部會或主辦機關自行管制，其中不乏金額重大且執行率偏低或進度遲延需加強監督者（詳附表3-4-4），且工程會控管計畫數量雖較多，惟未涉及效益評估，無法彌補國發會計畫管考數量偏低問題；此外，兩會實地查證（核）數量均不多，但重複比率不低（詳參附表2-3-1），顯示兩會工作內容部分重疊卻又無法互補，控管機制設計欠妥。
此外，檢視工程會及國發會公布之104年度公共建設計畫執行情形，23件院管制計畫除5件計畫工程會未列管，其餘18件計畫中有8件可支用預算數、預算達成率之數據不同（詳附表3-4-5），相異比率44％，經查主要係各部會分別填報工程會「重大公共建設計畫管理系統」與國發會「行政院政府計畫管理資訊網」系統，或因計算基準不同，或預算調整設定寬嚴不一，或錯誤等所致，兩會管理系統各自獨立，除耗費系統建置與維護經費及各機關作業人力外，且系統間缺乏校對機制，公開資訊亦無明確說明，不僅難以達成政府資訊公開「增進人民對公共事務之瞭解、信賴及監督」目的，反造成資訊使用者混淆不明。
附表3-4-3：104年度重大公共建設計畫分級管制及工程會列管情形
次類別
計畫件數
分級管制件數
工程會列管
件數
政院管制
部會管制
自行管制
未分級
農業建設
14
2
11
0
1
13
下水道
1
1
0
0
0
1
都市開發
22
2
14
3
3
7
公路
16
3
9
4
0
14
軌道
33
5
21
4
3
21
航空
4
0
2
1
1
2
港埠
13
1
11
1
0
2
觀光
15
0
9
4
2
0
水利建設
20
1
9
9
1
13
工商設施
8
2
2
2
2
5
油電
2
0
2
0
0
1
教育
7
0
7
0
0
4
文化
18
4
14
0
0
12
體育
4
0
3
1
0
4
環境保護
5
1
4
0
0
2
國家公園
10
0
10
0
0
9
衛生福利
6
0
5
0
1
5
合計
198
22
133
29
14
115
※註：1.資料來源，整理各單位提供資料。
2.本表係以104年度重大公共建設計畫先期作業辦理情形表內208項計畫為基礎，其中「移民發展及工程建設計畫」等6件計畫未核定亦未編列預算，「國際木雕藝術暨林業文化園區計畫」改為促參案件，均不計入；「無障礙設施改善第一期計畫」等6件計畫整併為3件計畫；「整備觀光遊憩設施建設計畫」刪除；「國家文化設施升級計畫」後續分成2件計畫，故表列為198件計畫。
3.高雄港（含安平港）101-105實質建設計畫-港務公司辦理部分及航港基金辦理部分拆成6件細項計畫，其中1件屬院管制計畫，以院管制計畫計算。本表院管制計畫與附表3-2-2件數不同係因基隆火車站都市更新站區遷移計畫104年度未辦理先期作業審查。
附表3-4-4：104年度重大公共建設計畫可支用預算數金額逾10億元且執行情形欠佳，惟國發會及工程會均未列管明細表
計畫名稱
可支用預算數(千元)
預算執行率(％)
執行進度（％）
列管層級
考評
預計
實際
淡海及高雄新市鎮開發計畫
1,669,020
60.50
100.00
100.00
自行列管
優
林口新市鎮機場捷運A7站區開發計畫
2,599,839
32.39
100.00
100.00
-
-
公路公共運輸提昇計畫
5,302,958
61.25
100.00
98.00
部會列管
甲
臺鐵整體購置及汰換車輛計畫(2001-2015年)
5,257,378
62.44
100.00
98.56
部會列管
甲
高雄機場北側都市計畫劃定為機場用地取得計畫
1,069,535
57.97
100.00
100.00
自行列管
甲
桃園航空城機場園區用地取得計畫
1,556,053
5.01
100.00
100.00
-
-
高雄港(含安平港)101-105年實質建設計畫-港務公司辦理部分
2,632,748
61.90
高雄港及安平港港區碼頭及相關設施整建工程計畫
100.00
98.92
部會列管
乙
高雄港聯外高架道路計畫
100.00
89.40
部會列管
乙
高雄港(含安平港)101-105年實質建設計畫-航港基金辦理部分
3,336,578
85.04
高雄港客運專區建設計畫
100.00
40.88
自行列管
甲
高雄港聯外高架道路計畫
100.00
89.40
部會列管
乙
高雄港及安平港港區碼頭及相關設施整建工程計畫
100.00
98.92
部會列管
乙
高雄港中島商港區倉庫改建工程計畫(第一期)
100.00
23.00
自行列管
甲
南星土地開發計畫
100.00
84.00
自行列管
甲
基隆港(含臺北港、蘇澳港)
101-105年實質建設計畫-港務公司辦理部分
1,734,113
39.28
臺北港物流倉儲區填海造地計畫-第一期造地工程及第二期圍堤工程計畫
100.00
98.08
部會列管
甲
基隆港、臺北港及蘇澳港之港區碼頭及相關設施整建工程計畫
100.00
95.93
部會列管
乙
基隆港區整體發展計畫-基隆港西岸客運專區港務大樓興建工程
100.00
60.40
部會列管
乙
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)-馬祖港埠建設計畫
1,234,018
71.47
100.00
90.36
部會列管
乙
臺灣國內商港未來發展及建設計畫(101-105年)－澎湖港埠建設計畫
1,203,911
34.09
100.00
58.97
部會列管
乙
※註：1.資料來源，整理自各單位提供資料。因未列管且執行欠佳計畫眾多，本表僅列104年度可支用預算數10億元以上，且預算執行率或年執行進度未達8成者；高雄港跟基隆港101-105年實質建設計畫劃分成港務公司辦理部分及航港基金辦理部分，且子計畫分別考評，因其金額重大，為完整表達，故將非院管制之子計畫全部列出。
2.預算執行率＝(實現數+應付數)/可支用預算數。
3.林口新市鎮機場捷運A7站區開發計畫據內政部表示，因係基金支應計畫，故選項列管未納入；桃園航空城機廠園區用地取得計畫尚未奉院核定，故未納入選項列管及考評。
附表3-4-5：104年度院列管計畫國發會與工程會公布之預算執行情形差異一覽表 單位：新臺幣千元、％
計畫名稱
國發會公布數據
工程會公布數據
可支用
預算數
預算
達成率
可支用
預算數
預算
達成率
污水下水道建設計畫
12,551,820
99.86
12,551,816
99.53
重要河川環境營造計畫(104-109年)
7,760,455
99.30
7,549,455
98.75
臺灣桃園國際機場聯外捷運系統建設計畫
8,226,634
90.31
8,201,025
90.27
西濱快速公路後續建設計畫
7,699,266
88.83
7,299,666
93.70
基隆火車站都市更新站區遷移計畫
1,062,785
81.24
993,836
79.94
台9線蘇花公路山區路段改善計畫
7,742,289
88.94
7,496,209
91.86
故宮南部院區籌建
2,999,112
91.08
2,999,112
80.02
客家文化生活環境營造計畫
732,127
98.82
732,127
99.99
※註：1.資料來源，整理自工程會「104年度1億元以上公共建設計畫各計畫執行情形一覽表」及國發會「104年度行政院列管案件進度年報」。
綜上，公共建設績效評估規範未盡完善，國發會管考公共建設類由院管制計畫之控管範圍較寬且嚴謹，惟數量占比偏低且逐年遞減，而工程會列管1億元以上公共建設計畫，數量雖多，惟未涉及效益評估，且部分金額重大、執行情形欠佳計畫兩會均未列管，兩會管考功能部分重疊又無法互補，管控機制設計欠妥，另兩會管理系統各自獨立，部分由院管制計畫所公開資訊數據不一，易造成民眾混淆，均有待改善。