(一)相較中長程個案計畫效益評估方式，重大公共建設計畫屆期執行成效檢討過於簡化
行政院為有效推動政府施政，明訂中長程個案計畫之研擬及審議程序與原則，且為落實各項計畫執行，除年終辦理計畫評核，評量各項個案計畫執行績效外，並自98年度起推動「中長程個案計畫效益評估」，針對重要計畫自規劃、執行至完成之整體效益，提出策略面及執行面建議，以回饋至後續相關計畫執行參考；效益評估作法係由國發會主導評估作業，採合作研究模式，藉由「強化評估團隊組成」、「採用評估方法」及「納入領域專家與利害團體」等方式，進行個案計畫之目標、過程及結果面向之深度評估，並將評估結果回饋提供重要計畫先期作業審議參考。
惟該項效益評估推動7年，目前評估主要以「計畫期程3年以上，且執行逾1年」、「年度經費達1億元以上」及「社會關注」之社會發展類個案計畫為對象，而重大公共建設計畫期程多在4年以上、總經費10億元以上，影響經濟發展深遠，卻僅於104年度委外辦理「整備觀光遊憩設施建設計畫」效益評估，且稱評估結果「係研究者個人觀點，不代表本會意見」，與中長程個案計畫效益評估由該會主導評估作業之合作研究模式有別。該會目前僅於重大公共建設計畫屆期時，辦理執行成效檢討，由各主管部會提送個案計畫檢討報告，再由國發會進行書面審核及召開會議討論後予以彙整，評估方式與中長程個案計畫效益評估相較顯過於簡化，深度不足，有欠妥適。
(二)屆期重大公共建設計畫執行成效檢討結果日趨惡化，除控管失當外，且迄未將執行成效檢討結果回饋至預算審查
國發會自98年起辦理屆期重大公共建設計畫執行成效檢討，檢討重點包括「計畫修正」、「預算執行」及「目標及效益達成」等，自98年度至103年度共檢討240項屆期計畫，可支用預算數合計2兆1,035億元，預算執行率平均達91％，惟其中逾6成計畫曾辦理修正，近7成計畫屆期時目標尚未全數達成或預算仍未執行完畢，且102年度及103年度更有惡化趨勢（詳附表3-7-1），如內政部「都市更新產業行動計畫」總經費調減50.47億元，調整比率高達71.4％，103年度屆期時「整合社區自主實施都市更新事業」僅完成12件，為目標值8％、「私有老舊公寓大廈整建、維護規劃設計及工程施作」完成40％，預算保留0.38億元；客家委員會「客家文化發展中心南北園區設施管理及擴充計畫」修正期程，103年度屆期時「園區參觀人次成長率」及「入園遊客滿意度成長率」均未達成目標，預算保留0.98億元。除顯示重大公共建設規劃及執行成效欠佳外，該會及工程會對重大公共建設計畫偏重預算執行及進度控管，對計畫目標及效益達成之控管不足，且屆期計畫評估結果及建議僅提供相關機關檢討，卻未回饋至預算審查、機關考評或獎懲，恐使機關重視度不足，檢討作業流於形式。
此外，屆期重大公共建設計畫執行成效檢討作業係於計畫屆期隔年執行，未就後續年度影響加以追蹤考核，難以確實衡量計畫成果；又僅就個案計畫評估，未考量同次類別、跨次類別、跨部會、跨地域各計畫間相互影響情形，分析資源配置合理性，提供規劃以後年度公共建設計畫之參考，顯示屆期計畫檢討作業仍有相當改進空間。
附表3-7-1：98年度至103年度屆期重大公共建設計畫執行成效檢討表
年度
件數
修正比率
(％)
可支用預算數(億元)
預算執
行率(％)
計畫目標全數完成
且無待執行預算
件數
比率(％)
98
33
63.64
1,075.69
91.05
8
24.24
99
23
65.22
762.27
84.07
7
30.43
100
80
62.50
9,726.04
94.13
49
61.25
101
52
46.15
3,914.61
92.37
25
48.08
102
23
69.57
2,394.65
90.85
2
8.70
103
29
82.76
3,111.95
93.74
6
20.69
合計
240
-
21,035.21
-
97
-
平均
-
62.50
-
91.04
-
32.23
※註：1.資料來源，國發會提供資料。104年度屆期重大公共建設計畫執行成效檢討作業正在進行中，報告預定105年9月完成。
2.預算執行率不含已有權責待執行數。
(三)試辦重大公共建設計畫營運評估，惟選定計畫項數甚少，迄無成果且無明確政策推動方向
國發會105年度試辦重大公共建設計畫營運評估，選定102年度以前屆期計畫，目前已進入營運期之桃園機場一期航廈整建工程、國道建設（國道6號及五楊高架段）等10項金額較高、影響層面較大及較受民眾關注之計畫（詳附表3-7-2），檢視計畫完成一段期間後，能否達成計畫目標及發揮預期效益，作為後續政策推動或計畫審查之參考。
惟以重大公共建設計畫每年審議200餘件相較，此次試辦僅選定10項計畫，件數過少，又未以次類別或部會別為基準進行選案，代表性不足，且逾半選定計畫為子計畫或部分工程，未就整體計畫加以衡量，另其中漁業多元化經營計畫尚未屆期，與原規劃「計畫完成一段期間後」情況不符，辦理結果作為後續推動依據恐欠妥適；此外，該會自104年6月即稱規劃推動營運評估機制，惟迄105年6月中旬，該會仍未完成初步評估作業，遑論具體成果、制度性辦理方式及未來推動方向，允應儘速妥適規劃、積極辦理。
附表3-7-2：105年度試辦計畫營運評估計畫明細表
單位: 新臺幣億元
部會別
計畫名稱
計畫起迄年月
金額
交通部
桃園機場一期航廈整建工程
96.12-102.12
28.38
交通部
高雄港洲際貨櫃中心第一期工程計畫
94.1-100.12
211.82
交通部
環島鐵路整體系統安全提升
98.1-101.12
148.30
交通部
國道建設
五楊高架段
98.2-102.9
583.93
國道6號
92.7-101.6
377.58
交通部
國家風景區建設計畫（97-100年參山國家風景區建設計畫）
97.1-100.12
8.64
農委會
漁業多元化經營建設(漁港建設)
102.1-105.12
21.59
農委會
阿里山林業村及檜意森活村(檜意森活村)
98.01-100.12
23.25
教育部
自行車道整體路網規劃建設
98.1-101.12
28.48
經濟部
區域排水整治及環境營造
台南港尾溝溪排水系統
95.5-102.12
17.40
員山仔分洪工程
91.6-94.10
39.94
客委會
臺灣客家文化中心
六堆園區
93.1-100.1
16.16
苗栗園區
95.1.-100.12
19.74
※註：1.資料來源，國發會提供資料。
綜上，屆期重大公共建設計畫執行成效檢討評估方式過於簡化，深度不足，且迄未將檢討結果回饋至預算審議，雖試辦營運評估，惟選案數甚少，尚無具體成果及明確推動方向，有待加速推動辦理。