金融科技發展基金係金管會函請臺灣金融服務業聯合總會成立，並由政府周邊單位及金融機構同業公會集資捐助而成。依該基金收支管理及運用辦法第1條，設立目的包括加速協助金融科技之創新創業及培育金融科技人才，協助金融業轉型創新，惟臺灣金融研訓院、證基會及保發中心已開辦金融科技類課程，亦屬人才培育事務，與該基金所辦事項難謂無重複之慮。再者，該基金簡介雖訂有育成60家以上金融科技創新事業及培育2千名以上學生及4千名以上相關產業人員等指標，卻未有產值及影響等效益性目標，未與對產業貢獻之價值連結，容有檢討空間。

另該基金係依公權力及公眾資源募集而成，資金運用及補助後衍生收取之育成業務回饋金，除應接受政府或相關單位積極監督以落實公益性外，為避免嗣後衍生如部分政府捐助財團法人之資源重疊及存續問題，允宜於收支管理及運用辦法內明訂階段性任務目標及完成後之退場機制，以提升資源運用效益，尚不無進一步衡酌檢討與深究餘地。