目前農委會負責國產農產品農藥殘留及國產畜禽水產品動物用藥殘留檢測，而衛福部則把關國產暨進口農產品上市後農藥殘留檢測及國產暨進口畜禽水產品上市後動物用藥殘留檢測。農委會蔬果農藥殘留資訊雖未介接食品雲，惟已按月函送該等資訊予衛福部，至畜禽水產品上市前檢測，因不合格產品需經複驗合格才可上市，屬源頭管理，爰亦未納入食品雲介接。

雖農業及動物用藥殘留經過一定期限後可自然分解代謝，然檢驗僅採抽驗，無法全面檢測，且農委會96年度至99年度抽驗田間蔬果農藥殘留不合格率前5名品項多為生食類蔬菜，包括萵苣、甜椒、小黃瓜等，經監察院要求改善後雖提高抽驗件數，惟105年5、6月仍有小黃瓜、甜椒檢驗不合格情形，爰似可研議增列農藥殘留為衛福部食品雲之介接項目或以其他方式改善。至動物用藥殘留雖屬源頭管理，惟檢驗比率非百分之百，爰104年4月發生明泉公司出售活鰻被檢出禁藥遭退回，該公司卻將遭退鰻魚製成蒲燒鰻後販售、同年6月發生雲林鰻魚養殖業者疑似使用含禁藥「孔雀綠」之飼料，致鰻魚含有「孔雀綠」之案件，恐非絕響，顯見該二機關對動物用藥殘留資訊之交換，容有強化空間。