衛福部建立跨部會食品雲，期將有限人力、物力投注於具風險疑慮食品之稽查，惟實際稽查作為卻反而趨於消極。經查：
(一)30萬餘家食品業者，勾稽跨部會食品雲5千餘家資料後，應可縮小有風險疑慮之食品業者範圍
迄105年5月12日，衛福部食品業者登錄系統已登錄業者33萬餘家，倘再勾稽農委會飼料用油申報管理系統100餘家業者、環保署毒化性化學物質申報系統4千餘家業者、事業廢棄物申報管理系統2千餘家業者及經濟部生產選定化學物質工廠申報系統之80餘家業者資料後(詳附表10)，則可從上開跨部會系統與33萬餘家食品業者重疊之名單，尋找有風險疑慮之食品業者，爰藉由跨部會之大數據資料，可縮小稽查對象及範圍。
(二)100年度至103年度，進口食品輸入查驗批數成長46％，同期間後市場查驗批數減少33％，104年度更減少為31萬餘件，後市場管理趨於弱化
依衛福部食品輸入查驗統計資料，100年度至103年度申請查驗批數分別為42萬0,602批、46萬1,665批、51萬4,710批及61萬6,286批，其中103年度較100年度成長46.52％，至於同期間檢驗比率則介於7.09％至8.40％(詳附表11)。而產品進入銷售市場之後市場稽查(含國產及進口)，100年度至103年度查驗件數分別為84萬8,696件、72萬5,912件、67萬6,019件及56萬4,130件(詳附表12)，103年度較100年度減少33％，同期間送實驗室檢驗案件介於4萬0,898件至4萬2,600件，占全部查驗件數比率分別為4.99％、5.78％、6.05％及7.28％，雖逐年提高，惟此係總查驗件數銳減所致，104年度查驗件數更減少為31萬4,661件，相較於進口食品輸入查驗批數大增而檢驗比率持平，惟後市場查驗總批數大減致查驗比率提高之現象，反而凸顯我國對食品之後市場管理有弱化情形。
(三)市售食品不符規定比率偏高，且食品雲尚未完整建置，大幅減少查驗件數尚有欠妥
建構跨部會食品雲既可協助衛生人員善用科學方法，鎖定有食安疑慮之業者及產品，以將節省之人力物力妥謀管理制度之精進，惟市售食品100年度至104年度查驗不符規定比率分別為1.39％、1.24％、1.35％、1.40％及4.12％，呈逐年增加之趨勢，且食品雲判讀風險之資訊系統尚建置中、溯源業者比率偏低，該部卻大幅減少後市場查驗件數，恐難讓民眾信服政府在保障民眾食安有採取積極作為。
綜上，衛福部雖積極介接跨部會食品雲，找尋風險因子，惟市售食品查驗不符規定之比率偏高，且食品雲系統尚未完整建置，卻大幅減少後市場稽查件數，恐令業者有恃無恐，目標與作為落差過大，允宜檢討改進。
附表10：預防非食用原料流入食品之食品雲系統申報家數表
單位：家
跨部會食品雲名稱
103年度
104年度
105年度
農委會飼料用油申報管理系統
44
115
104
環保署毒性化學物質申報系統
4,944
5,126
4,903
環保署事業廢棄物申報管理系統
-
3,160
2,892
經濟部生產選定化學物質工廠申報系統
62
75
82
※註：1.資料來源，農委會、環保署及經濟部提供，本研究製表。
2.105年度統計至5月18日。
附表11：100年度至103年度食品輸入查驗統計
年度
查驗批數
總淨重(萬公噸)
檢驗批數
檢驗比率(％)
檢驗不合格批數
檢驗不合格比率(％)
100
420,602
717.7
29,801
7.09
289
0.97
101
461,665
754.5
38,793
8.40
467
1.20
102
514,710
713.3
38,460
7.47
557
1.45
103
616,286
796.6
48,704
7.90
664
1.36
※註：1.資料來源，衛福部食藥署2015年年報。
附表12：衛福部就市售食品(含國產及進口)查驗件數統計表單位：件；％
年度
查驗件數
不符規定件數
不符規定比率
(C/B)
檢驗占查驗件數比率
(A/B)
檢查件數
檢驗件數(A)
小計(B)
檢查不符規定
檢驗不合規定
小計
(C)
100
806,324
42,372
848,696
9,529
2,240
11,769
1.39
4.99
101
683,956
41,956
725,912
7,026
1,958
8,984
1.24
5.78
102
635,121
40,898
676,019
6,855
2,290
9,145
1.35
6.05
103
523,045
41,085
564,130
5,994
1,879
7,873
1.40
7.28
104
270,955
42,600
314,661
(詳表註2)
11,199
1,752
12,951
4.12
13.54
※註：1.資料來源，衛福部網站-統計資料-公務統計報表-衛生類公務統計。最後一欄為本研究自行增列。
2.104年度查驗件數計算方式改為加總檢查、檢驗件數及辦理中件數。