二代健保自102年度開始實施，截至104年底已實施3年，104年度保險收入決算數6,450億元（詳附表1），主要包括：一般保險費收入4,799億元、補充保險費收入475億元、政府應負擔健保總經費不足36％部分417億元以及菸捐收入209億元等；保險成本5,421億元，主要係保險給付5,381億元等；收支相抵後，104年度保險收支賸餘1,029億元，用以提存安全準備，加計103年底安全準備累計餘額1,260億元（詳附表2），截至104年底安全準備累計餘額2,289億元。
附表1：二代健保收支餘絀表
單位：新台幣千元
項目
102年度決算數
103年度決算數
104年度決算數
105年度預算數
105年截至6月底累計實際數
106年度預算數
一、保險收入
559,484,721
573,289,585
644,963,555
584,027,514
281,887,615
564,596,162
1.保費收入
530,079,572
545,103,065
569,434,852
559,411,514
271,750,835
546,465,941
(1)一般保險費
466,293,678
476,942,315
479,852,757
478,239,292
233,874,774
466,681,819
(2)補充保險費
39,809,711
46,616,829
47,495,488
44,579,222
19,535,728
38,957,422
（3）政府應負擔健 保總經費不足
36％部分
23,741,659
21,256,197
41,725,448
36,300,000
18,150,000
40,500,000
(4)滯納金
234,524
287,724
361,159
293,000
190,333
326,700
2.依法分配收入
26,588,421
24,531,014
22,619,175
22,233,821
8,580,853
16,109,347
(1)社會公益彩券盈餘分配收入
1,813,341
1,607,233
1,693,162
883,821
595,947
1,109,347
(2)菸捐提存安全準備
24,775,080
22,923,781
20,926,013
21,350,000
7,984,906
15,000,000
3.利息收入
882,746
1,016,938
1,405,061
1,462,803
672,263
1,109,849
4.收回呆帳
1,077,871
1,143,317
1,168,590
895,400
461,395
886,470
5.雜項收入(雜項業務收入+其他業務外收入)
856,111
1,495,251
50,335,877
23,976
422,269
24,555
二、保險成本
505,903,870
521,895,779
542,068,541
576,131,177
280,984,996
610,574,207
1.保險給付
502,127,056
518,143,568
538,075,822
572,191,219
278,881,799
606,491,320
2.呆帳
3,741,307
3,750,197
3,990,684
3,908,371
2,093,742
3,906,681
3.業務費用
-
-
-
29,295
8,410
173,992
4.利息費用
33,611
-
-
-
-
-
5.雜項費用
1,896
2,014
2,035
2,292
1,045
2,214
三、保險收支淨餘絀(-)
53,580,851
51,393,806
102,895,014
7,896,337
902,619
-45,978,045
※註：1.資料來源，健保署於105年8月4日提供。
2.本表不含菸品健康福利捐挹注罕見疾病用藥費收支。
3.茲因全民健康保險基金，係採權責基礎列帳，爰「105年度截至6月底累計實際數」，係以帳列數填列(含預估數)，非實際收繳數。
4.102-104年度為審定決算數、105年度為立法院社會福利及衛生環境委員會分組審查結果之預算數、106年度為預算案數。
5.補充保險費之預、決算數均以總數表達，並未區分細項金額。
6.雜項收入：
(1)104年度決算數包含依104年5月15日行政院協商結論核算原則計算之「政府應負擔健保總經費不足36％部分」102及103年度差額489億9,351萬6千元(102年度為192億5,749萬元、103年度為297億3,602萬6千元)，因屬以前年度保費收入，以雜項收入列帳。
(2)餘102-104年度決算數及105年度截至6月底累計實際數，主要係藥品價量協議返還金收入，分別為8億3,332萬9千元、14億6,918萬6千元、13億1,730萬4千元及4億0,948萬4千元。
附表2：二代健保收支及累計餘絀表
單位：新台幣億元、％
年 度
保費收入
(含滯納金收入)
保險給付
呆帳
其他收支
保險收支餘絀(-)
保險累計餘絀(-)
金額
成長率
金額
成長率
金額
成長率
金額
成長率
金 額
金 額
102
5,300.80
9.78
5,021.27
4.51
37.41
21.98
293.69
8.01
535.81
745.82
103
5,451.03
2.83
5,181.44
3.19
37.5
0.24
281.85
-4.03
513.94
1,259.76
104
5,694.35
4.46
5,380.76
3.85
39.91
6.43
755.27
167.97
1,028.95
2,288.71
105
5,594.12
-1.76
5,721.91
6.34
39.08
-2.08
245.83
-67.45
78.96
2,367.67
106
5,464.66
-2.31
6,064.91
5.99
39.07
-0.03
179.54
-26.97
-459.78
1,907.89
※註：1.資料來源，健保署於105年8月4日提供。
2.100-104年度為審定決算數、105年度為立法院社會福利及衛生環境委員會分組審查結果之預算數、106年度為預算案數。
3.其他收支=彩券及菸捐分配收入+雜項業務收入+利息收入+收回呆帳+雜項收入-業務費用-利息費用-雜項費用，其中104年度決算數包含依104年5月15日行政院協商結論核算原則計算之「政府應負擔健保總經費不足36％部分」102及103年度差額489億9,351萬6千元(102年度為192億5,749萬元、103年度為297億3,602萬6千元)，因屬以前年度保費收入，以雜項收入列帳。
4.保險收支餘絀=保費收入(含滯納金收入)-保險給付-呆帳+其他收支。