依民法第61條第2項、第62條及第64條規定，捐助章程定有財團法人之組織及其管理方法，並為財團法人設立登記必備文件及法院宣告董事行為無效之準據。各主管機關對政府捐助之財團法人捐助章程內容及修正，允應予以適度監理，俾使財團法人之運作符合原設立公益目的，並避免財團法人藉由修改捐助章程而規避政府監督或適用較寬鬆之主管機關監理。惟經查部分財團法人捐助章程存有未盡妥適之處，謹例舉說明如下：
(一)部分政府捐助金額累計逾50％之財團法人官派董事未達半數以上，且未依本院決議修改捐助章程
1.本院審議98年度中央政府總預算案通案決議（十一）：「為免政府捐助金額累計超過50％之財團法人及日本撤退台灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，其財產由『公共性』變為『私有性』，並避免逃避政府及立法院監督之可能。建請主管之各機關，應要求上述財團法人於半年內修改章程，明訂董監事人員必須有半數以上人員由政府特定公務人員擔任之。」
2.詢據各部會於105年5月及6月提供資料顯示，部分政府捐助金額累計超過50％之財團法人官派董事未達半數以上，以農委會主管之財團法人計有15家官派董事未達半數最多（詳附表3.10.1），不利政府發揮該等財團法人重大決策之影響力，且由官派董事未及半數之財團法人家數有集中極少數部會現象觀之，各主管機關之監理容有寬嚴不一，易衍生財團法人變更捐助章程以更換主管機關而規避監督之弊。復查上開財團法人捐助章程，除台灣動物科技研究所已於104年間修正章程規定董事應有半數以上由政府特定公務人員擔任外，其餘捐助章程均尚未依本院決議修改。
附表3.10.1：政府捐助逾50％財團法人官派董事席次未達半數表
主管機關
財團法人
主管機關
財團法人
內政部
臺灣營建研究院
農委會
中華民國對外漁業合作發展基金會
經濟部
自行車暨健康科技工業研究發展中心
台灣區遠洋魷魚類產銷發展基金會
教育部
中興工程科技研究發展基金會（註2）
台灣區遠洋鮪魚類產銷發展基金會
衛福部
國家衛生研究院
台灣區鰻魚發展基金會
惠眾醫療救濟基金會
台灣動物科技研究所
農委會
台灣漁業及海洋技術顧問社
中央畜產會
臺中環境綠化基金會
農村發展基金會
曹公農業水利研究發展基金會
中正農業科技社會公益基金會
台灣區蠶業發展基金會
維謙基金會
七星環境綠化基金會
桃園農田水利研究發展基金會
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
2.據媒體報導，財團法人中興工程科技研究發展基金會試圖規避主管機關教育部「政府捐助財團法人須符合官派董事過半」規定，遂申請將主管機關改隸經濟部（無前述規定）。詢據教育部表示，該財團法人基於其未來宗旨業務方向將調向工程專業與經濟發展層面，申請改隸經濟部主管，且其修正之捐助章程草案業符合經濟部相關規範。
(二)部分財團法人解散後之賸餘財產歸屬於捐助章程未明確規範，恐衍生未來執行之爭議
民法第44條規定，財團法人解散後之賸餘財產歸屬依章程之規定；章程未規定者，則歸屬地方自治團體。政府捐助之財團法人以國家資源捐助成立，其解散後之財產允應有明確規範，以杜賸餘財產歸屬爭議或淪有私有。經查部分財團法人捐助章程對於解散後賸餘財產歸屬之規定未盡明確，例如章程僅規定賸餘財產歸屬於政府，未言明係中央政府抑或地方政府；章程規定賸餘財產之歸屬為地方政府或主管機關指定，恐衍生未來執行之爭議。類此捐助章程規範未盡明確之財團法人，經統計以農委會所轄財團法人14家最多，其中12家之政府捐助比率達50％以上；衛福部所轄財團法人8家次之，其中4家之政府捐助比率達50％以上（詳附表3.10.2）。
綜上，政府捐助之財團法人捐助章程對其設立公益宗旨之落實及政府之監理密度，至關重要。惟部分財團法人官派董事席次未達半數，且未依本院決議修改章程規定董事半數以上由政府特定公務人員擔任。另有部分財團法人捐助章程對未來解散之賸餘財產歸屬未盡明確，未來執行恐生爭議。建議各主管機關全盤檢視所轄財團法人捐助章程內容，要求章程規範未符本院決議、未盡明確或欠妥者為適切修正，並研議一致之監理密度機制，以杜財團法人為規避政府監督或適用較寬鬆之主管機關監理而修改捐助章程。
附表3.10.2：部分財團法人捐助章程規定解散後賸餘財產歸屬未盡明確一覽表
主管機關
最近一次調查政府捐助比率
財團法人
捐助章程所載賸餘財產歸屬
經濟部
50%以下
鞋類暨運動休閒科技研發中心
地方自治團體或政府主管機關指定
農委會
50%-100%
中華民國對外漁業合作發展基金會、台灣養殖漁業發展基金會、台灣區遠洋魷魚類產銷發展基金會、台灣區遠洋鮪魚類產銷發展基金會、台灣漁業及海洋技術顧問社、台灣區鰻魚發展基金會、台灣動物科技研究所、維謙基金會、水利研究發展中心、臺中環境綠化基金會、兩岸漁業合作發展基金會、七星環境綠化基金會
政府或政府指定單位；地方自治團體或政府主管機關指定；捐獻政府或其他財（社）團法人
50%以下
農業工程研究中心、農業機械化研究發展中心
捐獻政府；捐贈政府有關機構或公立學校
內政部
50%-100%
台灣建築中心
地方自治團體或政府主管機關指定
文化部
50%-100%
台灣美術基金會
地方政府或政府主管機關指定
金管會
0%
保險事業發展中心
地方自治團體或目的事業主管機關指定
教育部
50%-100%
臺灣省童軍文教基金會、教育部接受捐助獎學基金會
臺灣省童軍會或政府指定自治團體；同性質財團法人或教育部指定
0%
中華民國私立學校教職員退休撫卹離職資遣儲金管理委員會
地方自治團體或教育部指定
衛福部
50%-100%
醫院評鑑暨醫療品質策進會、病理發展基金會、鄒濟勳醫學研究發展基金會、惠眾醫療救濟基金會
地方自治團體或政府主管機關指定
50%以下
兼善醫學基金會、毒藥物防治發展基金會、鄭德齡醫學發展基金會、寄生蟲防治會
地方自治團體或政府主管機關指定
※註：1.資料來源，各部會提供財團法人捐助章程，本研究彙整。