為保障各退休基金所提撥基金之運用效益，包括軍公教退撫基金、新制私校退撫儲金、舊制勞退基金及新制勞退基金等基金設有保證收益機制。惟各退休基金之保證收益之標準略有不同，復因舊制勞退基金及新制勞退基金均設有基金內自行緩衝或撥補機制，造成基金間存在實質差異，容有公平性疑慮（詳附表38）：
(一)保證收益標準略有不同
軍公教退撫基金及舊制勞退基金為整體帳戶觀點計算保證收益，而新制私校退撫儲金及新制勞退基金之制度設計為個人帳戶制，故採個人帳戶終身平衡概念計算保證收益。其中，軍公教退撫基金之保證收益標準，係規範其3年內平均最低年收益不得低於臺灣銀行2年期定期存款利率計算之收益；而新制私校退撫儲金則是規範經儲金管理會評定風險程度最低之投資標的組合運用收益，不得低於當地銀行2年期定期存款利率；勞工退休基金(舊制)及勞工退休基金(新制)之標準則為最低收益不得低於當地銀行2年定期存款利率，規範標準略有差異。
(二)舊制勞退基金及新制勞退基金未達保證收益之撥補，設有基金內自行緩衝或撥補機制，妥適性容有爭議
舊制勞退基金另於勞工退休基金收支保管及運用辦法第10條規定，對於運用收益未達法定保證收益時，設有3道緩衝由基金自行吸收；而新制勞退基金則規定未達保證收益屬滯納金可支出之範圍，因此造成歷年來該等基金未達保證收益之額度係由基金自行吸收，未發生由政府預算撥補之情況，恐失去訂定保證收益之初衷。
(三)實際撥補狀況不一
依規定當各退休基金之實際收益低於法定收益時，即應進行撥補。近年來由於97年金融海嘯之影響，軍公教退撫基金97年度至99年度之3年平均最低已實現收益均未達法定收益，故於99年度至104年度實際撥補1.6億餘元至7.4億元不等之金額，本院並決議該基金應限期完成撥補，惟截至104年度尚有待撥補金額21.6億餘元(詳附表39)；而私立學校教職員退休撫卹離職資遣儲金自99年實施後，各年度均就其新增之撥補金額16萬餘元至1,263萬餘元足額撥補(詳附表40)。至於舊制勞退基金及新制勞退基金，因設有基金內自行緩衝或撥補機制，自成立以來均未發生由政府編列預算撥補之情況。
附表38：各退休基金保證收益之政府撥補機制彙總表
基金名稱
撥補規定
實際執行情形
軍公教退撫基金
公務人員退休撫卹基金管理條例第5條第3項：「本基金之運用，其3年內平均最低年收益不得低於臺灣銀行2年期定期存款利率計算之收益。如運用所得未達規定之最低收益者，由國庫補足其差額。」
1.已由政府編列預算進行撥補。
2.截至104年底尚有待撥補額度21.6億餘元。
3.實際撥補情形詳附表39。
新制私校退撫儲金
學校法人及其所屬私立學校教職員退休撫卹離職資遣條例第10條第3項：「儲金統一管理運用時收益，及投資標的組合選擇實施後，經儲金管理會評定風險程度最低之投資標的組合運用收益，不得低於當地銀行2年期定期存款利率，如有不足，由國庫補足之。」
教育部100年3月1日臺儲監字第1000023666A號函規範略以：
1.實際收益與法定收益每月依下列公式計算。
(一)教職員個人實際收益分配=退撫儲金每月損益x(教職員個人退撫儲金專戶當月每日結餘金額累計數/退撫儲金當月每日結餘金額累計數)
(二)教職員個人法定收益分配=當月六家行庫二年期小額定期存款固定利率之平均利率x教職員個人退撫儲金專戶當月每日結餘金額平均數
2.年度決算時分別合計實際收益與法定收益辦理分配及記錄。惟教職員選擇投資於非最低風險商品之期間不予合計。
3.法定收益撥補數依下列公式計算，於教職員退離時一次核發。
法定收益撥補數=累計歷年法定收益－累計歷年實際收益。
1.已由政府編列預算進行撥補。
2.截至104年底無待撥補金額。
3.實際撥補情形詳附表40。
舊制勞退基金
勞動基準法第56條第4項：「前項基金之收支、保管及運用，由中央主管機關會同財政部委託金融機構辦理。最低收益不得低於當地銀行2年定期存款利率之收益；如有虧損，由國庫補足之。基金之收支、保管及運用辦法，由中央主管機關擬訂，報請行政院核定之。」
勞工退休基金收支保管及運用辦法第10條：「本基金之運用，其每年決算分配之最低收益，不得低於依當地銀行2年定期存款利率計算之收益。」
同條設有未達保證收益之撥補，基金內設有3道緩衝自行吸收：
1.各年度運用收益並未全部分配予事業單位，提列部分累積賸餘以供填補不足法定保證收益數。
2.運用收益之計算排除股票等未實現跌價損失。
3.提列買賣損失準備，在累積賸餘不足補充最低收益時予以沖減抵用。
1.由基金自行緩衝吸收，截至104年底尚有累積賸餘533.43億元可供日後緩衝吸收。
2.未有政府編列預算撥補情形。
新制勞退基金
勞工退休金條例第23條第2項：「依本條例提繳之勞工退休金運用收益，不得低於當地銀行2年定期存款利率；如有不足由國庫補足之。」
勞工退休金條例施行細則第32條第1項：「本條例第23條第2項所定勞工退休金運用收益，不得低於當地銀行2年定期存款利率，由開始提繳之日起至依法領取退休金之日止期間之平均每年之年收益率，不得低於此一期間當地銀行2年定期存款利率之平均數。」
未達保證收益屬滯納金可支出之範圍：
勞工退休金條例退休基金管理運用及盈虧分配辦法第3條第2項規定，屬滯納金收入可支出之範圍，可由其補足之。
1.由滯納金補足，截至104年底尚有滯納金累積賸餘27.55億元可供日後補足。
2.未有政府編列預算撥補情形。
※註：資料來源，105年6月3日全國法規資料庫及各基金主管機關之說明，本研究整理。
附表39：軍公教退撫基金未達法定收益待撥補情形
單位：新臺幣千元；%
年度
3年內平均
最低已實現年收益
法定收益
年度新增
應撥補數
(2)-(1)
年度實際撥補數
累計待撥補年底餘額
比較收益率基準年度
報酬率
金額(1)
報酬率
金額(2)
94
2.826
6,795,788
1.636
4,238,715
0
0
0
92-94年
95
3.661
10,182,902
1.859
5,364,930
0
0
0
93-95年
96
4.681
15,103,824
2.189
7,012,942
0
0
0
94-96年
97
2.383
8,618,947
2.464
8,785,894
166,947
0
166,947
95-97年
98
1.558
6,031,823
2.025
7,789,348
1,757,525
0
1,924,472
96-98年
99
0.849
3,508,414
1.540
6,465,684
2,957,271
166,947
4,714,796
97-99年
100
2.040
8,961,969
1.121
5,046,957
0
167,000
4,547,796
98-100年
101
2.214
10,386,332
1.269
6,010,042
0
167,000
4,380,796
99-101年
102
2.586
12,726,420
1.375
6,741,983
0
740,000
3,640,796
100-102年
103
3.651
18,841,158
1.400
7,013,302
0
740,000
2,900,796
101-103年
104
3.626
19,669,685
1.393
7,048,143
0
740,000
2,160,796
102-104年
※註：1.資料來源，退撫基金管理委員會提供。
2.表內之比較收益率基準年度係指公務人員退撫基金管理條例第5條第3項所稱「3年」之比較年度；3年內平均最低已實現年收益及法定收益報酬率係採加權平均法計算。
附表40：新制私校退撫儲金未達保證收益待撥補情形
單位：新臺幣千元；%
年度
實際收益數
保證收益數
年度新增應撥補數(2)-(1)
年度實際
撥補數
實際收益(1)
收益率
法定收益(2)
收益率
99
106,886
0.5289%
107,049
1.0476%
163
163
100
510,001
-5.9672%
522,568
1.3131%
12,567
12,567
101
913,032
4.5770%
922,954
1.3916%
9,922
9,922
102
1,103,708
0.7350%
1,116,340
1.3916%
12,632
12,632
103
14,917
3.05%
20,106
1.3916%
5,189
5,189
※註：1.資料來源，財團法人中華民國私立學校教職員退休撫卹離職資遣儲金管理委員會提供。104年度資料尚在核算中。