按規費法並未對規費予以明確定義，乃將規費分類後，一一列出其樣態，藉此反推形成規費之概念，惟是否能完全涵蓋所有規費類型與內涵，容有疑問。復以中央政府規費徵收項目，散諸各業務主管機關法令，態樣及數量繁多，除納入公務預算統收統支外，亦納入非營業基金專款專用，致規費定義、分類及規費法適用範圍仍存歧異，說明如下：

(一)規費分類相關爭議

按規費法將規費分為行政規費及使用規費，排除一般學理上所稱第三種規費類型「特許規費」，並將其納入行政規費(規費法第7條第5款及第6款)，然特許規費收取係「權利授與」之對價，不適用「費用填補」及「成本回收」收費原則，規費法第10條第2項規定，屬於辦理管制、許可、設定權利、提供教育文化設施或有其他特殊情形者，得併考量其特性或目的定之。部分學者認為特許規費本質與計算方式與行政規費不同，納入行政規費分類並非適當。

截至106年6月底財政部網站公告有關規費法之26項規費收入解釋函中，有9項涉及規費法第6、7、8條有規費之分類及徵收範圍；而前述行政院主計總處102年函令，致103年度起「場地設施使用費」及「資料使用費」金額大幅減少；此外，據司法院提供資料顯示，法院辦理刑事案件、少年事件訴訟文書之影印、攝影、抄錄費用徵收標準係適用規費法規定納入使用規費，然民事及非訟案件等訴訟文書之影印、攝影、抄錄費用則納入司法規費。以上皆顯示，實務上規費在定義及分類上仍存有疑義與問題。

（二）規費與特別公課之爭議

按財政收支劃分法及中央政府總預算皆無特別公課之收入分類，故特別公課並非我國成文法中對國家強制收入所設之專有名詞。學理上規費與特別公課之課徵對象皆為特定，二者不易釐清(詳附表7)。據財政部國庫署報告，行政院前於審核規費法草案時，因行政院環保署主張污染防治(制)費係屬特別公課而未納入規費法。因此，空氣污染防制法中空氣污染防制費、水污染防治法中之水污染防治費、貿易法中之推廣貿易服務費、自來水法中之水資源保育與回饋費及區域計畫法中之開發影響費等(屬各相關機關專款專用之財源，皆納基金辦理)均未納入規費法之範疇。此外，財政部於103年12月4日同意國科會各科學工業園區管理局收取之管理費(納入科學工業園區管理局作業基金)性質屬特別公課，免適用規費法相關規定。

附表7：學理上規費與特別公課之定義、特徵、收取原則對照表

項次

規費

特別公課

定義

國家或地方自治團體為獲取收入，以支應因對特定之行政給付所發生之費用，而對該特定人所課以金錢為內容之法定給付義務

不明

特徵

國家或地方自治團體所課徵。

有特定對待給付。

為獲取收入以支應行政給付費用。

向獲得行政給付之人半強制課徵。

以金錢為內容。

法定之給付義務。

不明，但至少具有如下特徵：

1. 國家或地方自治團體所課徵。

2. 強制課徵。

3. 以金錢為內容。

4. 法定之給付義務。

收取原因決定原則

受益者付費原則

原因者付費原則

收取額度決定原則

應益原則

不一定

※註：1.資料來源，鄧為元，公課理論之研究-以收取原則為中心，國立臺灣大學法律學研究所碩士論文，97年1月。第98頁附表三。

1.航港建設基金與產業園區開發管理基金所收取之服務費等是否屬規費收入，而採專款專用列非營業基金之財源，仍存有歧異

據交通部航港建設基金表示，其商港服務費為特別公課；而經濟部之產業園區開發管理基金主張向園區內各使用人收取一般公共設施維護費、污水處理系統使用費、其他使用費及管理費收入，係依產業創新條例第53條及第62條規定計徵，非屬規費法範疇，與財政部認定存有歧異。

2.科學工業園區管理局作業基金、產業園區開發管理基金與農業生物科技園區作業基金性質相近，惟在規費法適用上存有明顯差異

科學工業園區管理局作業基金、產業園區開發管理基金與農業生物科技園區作業基金皆向園區廠商收取管理費、污水處理收入等作為基金收入，性質相近，然農業生物科技園區依規費法第10條規定程序訂定「農業科技園區管理費服務費及必要費用收費標準」；而科學工業園區管理局作業基金已經財政部同意免適用規費法相關規定；產業園區開發管理基金則自行主張係非屬適用規費法之收入，三基金在規費法適用上存有明顯差異。