非營業特種基金債務均屬自償性債務，103年度起自償性債務之舉借，需先經公共債務管理委員會審議通過後始得編列預算，債務舉借審查程序正式法制化；以下說明非營業特種基金103年度以來債務舉借及償還預算編列及執行情形：
(一)近年各基金債務舉借及償還預決算情形
非營業特種基金長短期債務之舉借及償還雖係資金運用計畫重要環節，惟僅長期債務資訊揭露較完整；本研究長期債務部分係彙整審計部審核報告之中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分)之長期債務舉借與償還彙總表(103年度至105年度)、行政院編製之中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分)之長期債務增減明細表(103年度至106年度)及107年度中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表之長期債務舉借及償還明細表，短期債務部分則由各基金提供各年度決算數。
觀察近年度各基金債務之舉借，其中校務基金及經濟作業基金係於預算額度內(含以前年度保留數及奉准先行辦理數)辦理舉債；而營建建設基金、行政院國家發展基金、農業作業基金及國立文化機構作業基金或因自有資金尚敷支應或因增資台銀、土銀之計畫未執行，雖編有舉債預算實際未舉借債務；至眷改基金、交通作業基金、科工基金及安置基金則發生原編列長期債務舉借額度內以舉借短期債務支應之情形；另特別收入基金中民營化基金因釋股作業未能順利執行，賡續舉借短期債務以支應需負擔之民營化前已退休員工退休金等支出(詳附表2-2)。
附表2-2：近年度非營業特種基金債務舉借及償還預決算情形
單位：新台幣千元
基金名稱
103年度
104年度
105年度
106年度
107年度
作業基金部分：
營建建設基金
長債舉借預算數
15,990,819
14,791,667
850,000
850,000
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
長債償還預算數
300,157
800,500
900
1,027
-
長債償還決算數
50
10
900
1,005
-
國軍老舊眷村改建基金
長債舉借預算數
-
11,000,000
-
-
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
長債償還預算數
26,000,000
11,000,000
-
-
-
長債償還決算數
-
5,000,000
-
-
-
短債增減數
(與上年度相較)
-11,500,000
-8,300,000
-14,100,000
-13,200,000
-300,000
國立大學校院校務基金
長債舉借預算數
975,612
1,547,812
1,276,499
1,147,451
750,498
長債舉借決算數
-
294,355
413,142
100,000
-
長債償還預算數
178,926
20,762
810
24,500
77,161
長債償還決算數
173,545
20,762
806
24,500
-
經濟作業基金
長債舉借預算數
409,644
8,440,007
13,444,220
17,750,989
-
長債舉借決算數
117,940
4,250,000
-
5,600,000
-
長債償還預算數
-
17,776,986
5,720,990
100,000
520,278
長債償還決算數
-
17,776,986
5,720,990
100,000
-
交通作業基金
長債舉借預算數
36,109,659
31,109,659
47,004,000
32,139,000
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
長債償還預算數
--
-
-
-
長債償還決算數
-
-
-
-
-
短債增減數
(與上年度相較)
-11,849,350
13,145,450
-8,536,200
-5,207,690
-3,621,000
科學工業園區管理局作業基金
長債舉借預算數
104,913,737
107,664,893
108,858,027
108,872,933
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
長債償還預算數
-
-
-
-
-
長債償還決算數
-
-
-
-
-
短債增減數
(與上年度相較)
683,000
-4,760,000
-4,609,000
-6,420,000
-1,450,000
國軍退除役官兵安置基金
長債舉借預算數
-
9,000,000
9,000,000
2,100,000
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
長債償還預算數
-
-
-
-
-
長債償還決算數
-
-
-
-
-
短債增減數
(與上年度相較)
-
-
-
2,100,000
-600,000
行政院國家發展基金
長債舉借預算數
-
-
12,600,000
11,200,000
11,000,000
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
農業作業基金
長債舉借預算數
-
-
129,000
196,000
219,500
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
國立文化機構作業基金
長債舉借預算數
-
-
152,700
127,530
-
長債舉借決算數
-
-
-
-
-
特別收入基金部分：
行政院公營事業民營化基金
短債增減數
(與上年度相較)
2,020,000
616,000
517,000
-158,000
-403,000
※註：1.資料來源，長債舉借及償還預決算數由行政院編製之各年度中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分)之長期債務增減明細表、審計部各年度審核報告之中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分)之長期債務舉借與償還彙總表及107年度中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表之長期債務舉借及償還明細表所彙整；短債增減數由各基金提供。
2.長債舉借及償還預算數103年度至106年度含當年度預算數、以前年度保留數及奉准先行辦理數，107年度預算數係當年度預算案數，107年決算數至107年3月底。
3.國立大學校院校務基金及經濟作業基金歷年短期債務均係長期債務所轉列，因未涉及現金流入，本表未予列示。
4.中央都市更新基金103年度及104年度舉借預算8.5億元，均未執行，年底亦未有借款餘額，105年度起併入營建建設基金。
(二)近年各基金債務預算執行概況
近年作業基金中眷改基金、交通作業基金、科工基金及安置基金預算編列與執行差異較明顯，而特別收入基金中民營化基金債務金額龐鉅且連年虧損。以下簡述各該基金近年債務預算執行概況：
1.眷改基金：國軍老舊眷村改建工作實際執行與原計畫落差甚大，爰行政院於101年8月間修正計畫期程及核定「國軍老舊眷村改建融資計畫」，改建業務部分至102年度、眷改土地則於124年度完成活化處分作業，至整體融資額度控管於747億元內，並依計畫期程分年償還借款，預計108年度全數償還完畢；該基金償債執行進度105年度以前雖稍有落後，惟106年底債務餘額降為74億元，已與融資計畫所訂目標值72億元相近。
2.交通作業基金：該基金近年雖未舉借長期債務，惟高速鐵路相關建設基金(交通作業基金之分基金，以下簡稱高鐵基金)104年度為辦理高鐵永續經營投資計畫，配合台灣高鐵公司增資時程，認購普通股242億元；高鐵基金考量市場短期利率較長期借款及公債利率低，以短期借款241.14億元支應增資所需資金，迄107年3月底該筆借款餘額為67.56億元。
3.科工基金：行政院97年間核定「科學工業園區管理局作業基金財務計畫(93年-106年)」，自償率為91.67%，係部分自償計畫之自償財源為園區營運收入，近年該基金所屬園區陸續興建擴充，籌建初期需投入巨額資金，除基金自有資金及國庫增資外，資金缺口多以舉債支應；然園區開發乃長期性計畫，該基金歷年多編列長期債務預算，惟為降低資金成本，102年度起已全數以短期借款支應建設計畫資金需求，致迄107年3月底短期借款餘額達1,094.6億元。
4.安置基金：該基金為辦理榮民公司之清理及紓解該公司資金調度危機，97年間舉借短期借款73.517億元承接榮民公司土地，99年間前述土地悉數轉回該公司統籌處分，惟為減輕其財務壓力，經行政院核准仍由安置基金代為舉借債款，每年以借新還舊方式續辦至今。104年度安置基金編列120億元承接榮民公司新店及林口土地，其中90億元係舉借長期債務，106年間實際承接價格111.6億元，債務舉借金額調整為21億元，並以短期債務方式籌措資金。
5.民營化基金：該基金係特別收入基金，主要財源為釋股收入，惟所編釋股收入因缺乏合理性頻遭本院反對，且因行政院民營化政策方向轉變而停擺，無法實質挹注民營化相關支出；爰此，該基金依行政院公營事業民營化基金提撥運用辦法第6條規定，在當年度釋股收入預算及以前年度釋股收入預算保留合計數額內，以舉借短期債務方式支付相關法定支出，導致債務快速增加，迄107年3月底高達617.62億元。