經統計非營業特種基金各年債務餘額，近年度係呈逐年遞減趨勢，由103年底之5,500億元減為107年3月底之4,577億元，主要係眷改基金、經濟作業基金及科工基金等債務餘額減少所致(詳附表2-4)。其中眷改基金債務減少數額達469億元，主要係依「國軍老舊眷村改建融資計畫」所訂還款時程，以處分土地及標售自有資產所得款項陸續償還借款；經濟作業基金雖於104年度辦理40億元專案融資以終止榮工公司之委託開發契約，惟103年度以來債務減少超過266億元，主要係債務陸續到期並以工業區租售土地收入償還所致；至科工基金短期債務減少超過172億元，且104年度以來債務償還數均超過舉借數，主要係近年度大型之園區土地徵收案件減少，融資需求隨之減少所致。
近年非營業特種基金債務總額雖減少近千億元，惟校務基金、安置基金及民營化基金債務仍持續增加。其中清華大學、陽明大學、台北藝術大學等校務基金為辦理興建宿舍、育成中心等工程而增加舉債；安置基金則為承接榮民公司新店鐵工廠及林口南勢埔段土地，106年度再舉借短期債務21億元；至民營化基金因釋股預算無法執行，僅能仰賴舉債支應民營化前已退休員工退休金等支出，致債務持續增加。
附表2-4：近年度非營業特種基金長、短期借款餘額明細表
單位：新台幣千元
基金名稱
103年度
104年度
105年度
106年度
107年度
作業基金小計
短期借款
190,072,565
191,937,873
167,847,848
138,782,209
132,427,376
長期借款
298,827,421
270,802,869
258,567,103
263,547,861
263,537,866
營建建設基金
短期借款
-
-
-
-
-
長期借款
1,683
1,673
1,027
-
-
國軍老舊眷村改建基金
短期借款
43,000,000
34,700,000
20,600,000
7,400,000
7,100,000
長期借款
11,000,000
-
-
-
-
國立大學校院校務基金
短期借款
128,787
105,795
109,290
123,021
121,846
長期借款
974,093
1,196,815
1,554,643
1,556,706
1,546,711
經濟作業基金
短期借款
1,917,428
3,720,278
6,871,958
520,278
137,620
長期借款
40,351,645
23,104,381
10,511,433
15,491,155
15,491,155
交通作業基金
短期借款
10,975,650
24,121,100
15,584,900
10,377,210
6,756,210
長期借款
246,500,000
246,500,000
246,500,000
246,500,000
246,500,000
科學工業園區管理局作業基金
短期借款
126,699,000
121,939,000
117,330,000
110,910,000
109,460,000
長期借款
-
-
-
-
-
國軍退除役官兵安置基金
短期借款
7,351,700
7,351,700
7,351,700
9,451,700
8,851,700
長期借款
-
-
-
-
-
特別收入基金小計
短期借款
61,190,000
61,806,000
62,323,000
62,165,000
61,762,000
長期借款
-
-
-
-
-
行政院公營事業民營化基金
短期借款
61,190,000
61,806,000
62,323,000
62,165,000
61,762,000
長期借款
-
-
-
-
-
合計
短期借款
251,262,565
253,743,873
230,170,848
200,947,209
194,189,376
長期借款
298,827,421
270,802,869
258,567,103
263,547,861
263,537,866
借款總額
550,089,986
524,546,742
488,737,951
464,495,070
457,727,242
※註：1.資料來源，審計部編製之中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分，103年度至105年度)、行政院編製之中央政府總決算附屬單位決算及綜計表(非營業部分，106年度)、107年3月各基金會計月報。
2.103年度至105年度係決算審定數，106年度係行政院核定決算數，107年度係迄3月底執行數。
3.農業特別收入基金之短期債務，係基金間之調度，本表未列入。