歷年非營業基金債務均歸屬為自償性債務，無需計入公共債務，惟公債法亦規定自償性財源喪失時所舉借之債務應計入。是以，如：民營化基金遭監察院糾正係政府隱藏真實債務之工具，行政院雖仍決定維持基金存續運作，然其釋股收入財源不穩定，且多數之釋股保留數近期亦不易執行，允宜研議日後運作模式及債務清償方式；另高鐵基金及科工基金近年債務數額雖逐漸減少，惟亦遭審計部質疑部分計畫及部門虧損嚴重，恐亦存有償債財源不足之虞，允宜一併研議債務清償計畫。