為整治河川流域改善水體水質，環保署採分期分階段方式推動水質改善計畫，94-96年推動「河川及海洋水質維護改善計畫(第1期)」；97-100年推動「河川及海洋水質維護改善計畫(第2期)」。由於河川及海洋水質維護改善第2 期計畫係以15 處中度污染河段改善至輕度污染、完成整治5 條都會型河川，以及保育4 座水庫為主，但仍有11條河川中度污染以上河段超過50%，爰賡續推動「水體環境水質改善及經營管理計畫(101-108年)」。
惟查：
(一)嚴重污染河段較10年前增加者有6條，中度污染河段則有13條
觀察106年度全國50條重要河川中，有6條河川之嚴重污染河段 (RPI>6)較10年前增加，分別為中港溪、老街溪、社子溪、林邊溪、新虎尾溪、南崁溪(詳圖2)；另中度污染河段(3.1≦RPI≦6.0)較10年前增加者則有13條河川，包括港口溪、磺溪、烏溪、鳳山溪、南澳溪、新城溪、福興溪、知本溪、阿公店溪、東港溪、社子溪、秀姑巒溪、立霧溪 (詳圖3)，是以，歷經多年河川污染整治，仍有部分河川之中度及嚴重污染河段較10年前增加，河川污染防治成效容待提升。
圖2：嚴重污染河段(RPI>6)較10年前增加之河川
※註：1.資料來源，行政院環境保護署環保統計查詢網，本報告製圖(資料產生時間:107/07/02，以下各圖表同)。
圖3：中度污染河段(3.1≦RPI≦6.0)較10年前增加之河川
※註：1.資料來源，環保署環保統計查詢網，本報告製圖。
(二)最近1年度(105-106年)嚴重污染河段上升者有11條河川，其中南崁溪及新虎尾溪於1年間驟增20.68%及19.87%
另查106年度50條重點河川之嚴重污染河段(RIP>6)總計數較105年度上升28.22公里(增加0.96%)，其中嚴重污染河段較105年度上升者有11條河川，分別為朴子溪、淡水河系、中港溪、老街溪、社子溪、林邊溪、鹽水溪、急水溪、北港溪、新虎尾溪、南崁溪 (詳附表6、圖4)，其中淡水河、南崁溪、老街溪、新虎尾溪、北港溪、急水溪、鹽水溪等7條河川均為環保署現行水體環境水質改善及經營管理計畫之重點整治河川，且南崁溪及新虎尾溪嚴重污染河段百分比於1年間驟增20.68%及19.87%，顯見部分河川污染整治未逐年好轉，亟待檢討改善。
附表6：106年度嚴重污染河段較去(105)年增加情形
河川名稱
105年度
106年度
增減情形
公里
%
公里
%
公里
%
50條重要河川總計
73.66
2.51
101.88
3.47
28.22
0.96
淡水河系
9.32
2.88
11.73
3.63
2.41
0.75
北港溪
20.36
24.86
22.54
27.52
2.18
2.66
朴子溪
0.85
1.12
1.34
1.77
0.49
0.65
急水溪
9.04
13.89
10.09
15.50
1.05
1.61
鹽水溪
1.78
4.30
4.88
11.80
3.10
7.50
中港溪
2.23
4.13
2.25
4.16
0.02
0.03
林邊溪
0.00
0.00
3.18
7.54
3.18
7.54
南崁溪
2.37
7.71
8.72
28.39
6.35
20.68
老街溪
0.53
1.44
1.65
4.45
1.12
3.01
社子溪
0.24
1.00
1.56
6.44
1.32
5.44
新虎尾溪
3.87
7.76
13.76
27.63
9.89
19.87
※註：1.資料來源，行政院環境保護署環保統計查詢網，本報告整理。
圖4：106年度嚴重污染河段較去(105)年增加情形
※註：1.資料來源，行政院環境保護署環保統計查詢網，本報告製圖。