環保署為維護水體環境品質，多年來持續推動水污染排放管制、非點源污染控制、污水截流處理及現地水質淨化等策略，亦協調營建署加速污水下水道建設，各項水質改善措施已見成效，惟欲進一步提升水質則面臨瓶頸，故環保署依水污染防治法第9條規定，將廢（污）水排放總量管制列為後續水質管理之主要策略，並於102 年辦理「水體污染總量管制方式規劃專案工作計畫」，期望透過分析、計算，先行了解河川流域在水體水質目標下之涵容能力，進而推算流域內污染源之容許污染排放量，俾藉由各式管制手段，使流域內污染源皆可在涵容能力範圍內進行法令容許之排放行為。經查：
(一)水污染防治法已訂定總量管制法源，惟推動進展緩慢
80年5月6日修正公布之水污染防治法第9條已訂定總量管制法源，現行規定為：「水體之全部或部分，有下列情形之一，直轄巿、縣(巿)主管機關應依該水體之涵容能力，以廢(污)水排放之總量管制方式管制之︰一、因事業、污水下水道系統密集，以放流水標準管制，仍未能達到該水體之水質標準者。二、經主管機關認定需特予保護者。」、「前項總量管制方式，由直轄巿、縣(巿)主管機關擬訂，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之；…。」惟環保署迄至 102 年4月3日始訂定「推動水污染總量管制作業規定」，供地方政府做為推動總量管制政策準據，我國總量管制政策之推動進展緩慢。
(二)部分總量管制清單之執行進度未如預期，且管制對象距階段性目標容有差距
依據環保署104年度水體污染總量管制推動方案顯示，該方案擬分三階段實施，第一階段(105-106年)將完成總量管制水體清單；第二階段(107-108年) 擴大實施區域排水、湖潭、水庫總量管制作為；第三階段(109-110年)則全面推動全國地面水體總量管制，希冀於110年前達成全國河川RIP污染測站均降至中度污染，各民生、灌溉、養殖用水取水口水質均符合相關標準(詳附表10)。
附表10：水體污染總量管制推動方案實施期程表
實施期程
第一階段
(105年~106年)
第二階段
(107年~108年)
第三階段
(109年~110年)
實施重點
完成總量管制水體清單並逐年檢視修訂
優先針對RPI 嚴重污染、重金屬污染河川進行管制
完成桃園、臺中、彰化農地特定保護區總量管制
完成特予保護水體總量管制示範案例
擴大實施區域排水、湖潭、水庫總量管制作為
完成全臺高污染潛勢灌溉小組農地特定保護區總量管制
完成全臺特予保護水體總量管制計畫
全面推動全國地面水體總量管制作為
實施目標
河川嚴重污染及重金屬污染測站個數減少20%
農地管制區內承受水體均符合灌溉用水標準
河川嚴重污染及重金屬污染測站個數減少50%
農地管制區內承受水體均符合灌溉用水標準
有效降低污染事件發生頻率
全國河川RPI 嚴重污染測站
均降至中度污染
各民生、灌溉、養殖用水取水口水質均符合相關標準
※註：1.資料來源，環保署委外辦理「105年度河川污染整治策略評估及總量管制整合執行計畫（北區）」。
惟有關前開第一階段完成之總量管制水體清單(詳附表11)，據環保署委外辦理「105年度河川污染整治策略評估及總量管制整合執行計畫（北區）」報告指出，除桃園市、臺中市及彰化縣等3縣市已完成農地特定保護區總量管制外，其餘包括新北市等6個縣市所列管之8項管制項目中，即有6項需再進行溝通，以致執行進度未如預期(詳附表12)；另就總量管制推動實施期程以觀，該方案預計於第二階段(107-108年)擴大實施區域排水、湖潭、水庫等總量管制作為，惟截至目前所辦理之總量管制水體僅以RPI嚴重污染河川、重金屬污染河川及農地特定保護區為管制對象，距階段性目標容有差距。
附表11：總量加嚴管制水體清單
縣市別
流域
管制對象
管制原因
標的污染物
新北市
大漢溪
塔寮坑溪
重金屬超標
重金屬銅
大安圳幹線
重金屬超標
重金屬
大安圳幹線
污染事件
真色色度
桃園市
南崁溪
全流域
重金屬超標
重金屬銅
新街溪、埔心溪
全流域(農地)
影響灌溉水源
六項重金屬
新竹市
客雅溪
全流域
污染事件
重金屬銅
新竹縣
茄苳溪
山崎橋、象鼻橋
重金屬超標
重金屬銅
臺中市
大里溪
詹厝園圳(農地)
影響灌溉水源
六項重金屬
彰化縣
東西二三圳
東西二三圳(農地)
影響灌溉水源
六項重金屬
臺南市
鹽水溪
大洲排水
嚴重污染
NH3-N
二仁溪
三爺溪
重金屬超標
重金屬銅
高雄市
阿公店溪
阿公店橋、前州橋、舊港橋
嚴重污染
NH3-N
後勁溪
全流域
污染事件
NH3-N
※註1：資料來源，環保署委外辦理「105年度河川污染整治策略評估及總量管制整合執行計畫（北區）」，第2-9頁。
附表12：總量管制執行進度管控表
縣市
項目
實施對象
預計辦理規劃/完成期程
進度符合情形
進度落後原因說明
新北市
1.加嚴放流水標準-重金屬銅
大漢溪-塔寮坑溪排水
1.污染源清查：105.7.31
2.確認管制對象及區域：105.9.30
3.草案預告：105.10.31
4.研商公聽：105.11.30
5.報署核定：105.12.31
■符合
□落後
2.加嚴放流水標準-真色色度、重金屬銅
大漢溪-大安圳幹線
1.草案預告：105.7.31
2.研商公聽：105.7.30
3.報署核定：105.8.31(已修正為105.12.31)
□符合
■落後
經公聽及預審會議草案需持續修正
桃園市
3.總量管制-重金屬銅
南崁溪-東門溪及南崁溪主流右岸各集污區
1.草案預告：105.8.31
2.研商公聽：105.8.31
3.報署核定：105.10.31(已修正為106.6.30)
□符合
■落後
管制方案內容需持續與市府討論確認
新竹市
4.加嚴放流水標準-重金屬銅
客雅溪
1.草案預告：105.12.20
■符合
□落後
新竹縣
5.總量管制-重金屬銅
茄苳溪-山崎橋、象鼻橋
1.草案預告：105.4.15
2.研商公聽：105.4.30
3.報署核定：105.7.15(已修正為106.2.28日)
□符合
■落後
第二次研商會議後，草案及標準限值因民間事業反應標準不一且過嚴，擬納入建議後重新制定
臺南市
6.總量管制-氨氮
鹽水溪-支流大洲排水
1.報署核定：106.3
□符合
■落後
優先針對三爺溪執行推動
7.總量管制-氨氮、重金屬銅
三爺溪-網寮橋−永寧橋
1.報署核定：106.3
■符合
□落後
高雄市
8.總量管制-氨氮
阿公店溪-阿公店橋、前洲橋、舊港橋
1.管制方式擬定：105.5.31
2.草案預告：105.9.30
3.研商公聽：105.10.31
4.報署核定：105.11.30(已修正為106.1.31)
□符合
■落後
管制對象修正論述方式
後勁溪-全流域
1.管制方式擬定：105.4.30
2.草案預告：105.8.31
3.研商公聽：105.9.30
4.報署核定：105.11.30(已修正為106.1.31)
□符合
■落後
管制對象修正論述方式
※註1：資料來源，環保署委外辦理「105年度河川污染整治策略評估及總量管制整合執行計畫（北區）」，第3-20、3-21頁，本報告整理。