近年農委會為減少畜牧廢水排入河川，在「畜牧場永續資源管理及再利用計畫(105-108年度)」，推動畜牧場永續資源服務體系，許可畜牧場廢水施灌農作，以減少排入公共水體之廢水量；並輔導畜牧場改善廢水處理及示範推廣，以提升排放水質；且推動改建密閉高床式肉豬舍、自動化刮糞式環保牛舍及節水式自動化飲水設施，以源頭減少畜牧廢水排放量。此外，環保署於105年修正「水體環境水質改善及經營管理計畫」，新增推動畜牧糞尿沼渣沼液作為農地肥分利用工作項目(106-108年)，以優先輔導重點河川流域內(如彰化縣以南畜牧污染比例較高之縣市)之畜牧業者參與，減少畜牧糞尿排放河川水體而污染水質。惟查：
(一)受限預算額度，累計降低畜牧廢水排放量與目標值差距甚大，影響畜牧廢水源頭減量成效
為減少畜牧廢水排入河川及削減畜牧廢水污染，農委會於「畜牧場永續資源管理及再利用計畫」訂定各項工作之年度目標，其105、106年度之累計減少排入公共水體之廢水量，以及畜牧廢水之污染削減量均已達成預定目標，惟推動改建密閉高床式肉豬舍等各項節水設施，則受限預算額度遠少於核定計畫經費，使得各項節水設施僅部分辦理，故105年度累計降低畜牧廢水排放量目標值為200萬公噸，累計實際值僅28萬公噸；106年度累計降低畜牧廢水排放量目標值為400萬公噸，累計實際值僅129萬公噸，差距甚大(詳附表13)，影響畜牧廢水源頭減量成效。
附表13：105-106年度畜牧場永續資源管理及再利用計畫目標達成情形
工作內容
績效指標或評估基準
單位
105年度
106年度
目標值
實際值
目標值
實際值
推動畜牧場永續資源服務體系
累計核予畜牧廢水施灌農作個案再利用許可案
案
50
54
100
260
累計可推廣施灌農地面積
公頃
200
346
400
1,084.9
累計減少排入公共水體之廢水量
萬m3
10
25.7
20
123
提升畜牧場排放水質及改善生產環境
畜牧廢水污染削減量
萬公噸BOD5
10.0
16.7
16.0
18.3
減少畜牧廢水排放量因應水污費徵收衝擊
累計降低畜牧廢水排放量
萬m3
200
28
400
129
※註：1.資料來源，農委會，本報告整理。
2.畜牧場永續資源管理及再利用計畫之工作內容及績效指標有多項，本報告僅擷取與畜牧廢污水減少排入河川及源頭減量有關之工作項目列表評估。
(二)以畜牧場廢水施灌農作，恐有衍生其他污染之疑慮
農委會為推動畜牧場廢水施灌農作，截至106年底止已累計許可260案，累計推廣施灌農地面積達1,084.9公頃(詳附表13)；另環保署為推動畜牧糞尿厭氧發酵後沼渣沼液作為農地肥分利用，截至107年4月止已累計完成280家畜牧場投入是項工作(詳附表14)。惟將農田作為畜牧廢水最終處理場所，恐有生菌、鹽分和重金屬累積過量而衍生其它污染之疑慮。
附表14：推動畜牧糞尿沼渣沼液農地肥分利用目標達成情形
工作內容
績效指標或評估基準
單位
106年度
107年度
108年度
目標值
實際值
目標值
實際值至4月
目標值
推動畜牧糞尿沼渣沼液農地肥分利用(106-108年)
累計完成畜牧糞尿沼渣沼液施灌農地之畜牧場累計家數
家
45
211
350
280
500
※註：1.資料來源，環保署，本報告整理。