按政府捐助之財團法人，係為因應特殊行政任務或政策目的需要，所捐助成立或依法設置，自應有妥適之監督機制，以確認業務執行是否符合公益之設立目的，進而促其有效運作。目前財團法人內部監督，係透過董監事為重要決策及監督財務業務事宜，外部監督則包括行政、立法及審計等三種監督機制，並得依民法規定由法院為必要處分。立法監督主要為預算審議，審計監督則僅針對部分財團法人予以審核，並將審核情形列於審核報告；至行政監督部分，除各主管機關依其職權監督外，行政院另已針對財團法人研擬專法。謹概述如下：

(一)行政監督機制

現行各主管機關辦理財團法人之許可設立及監督管理，主要係依據民法相關規定及各主管機關依職權所訂定之命令辦理行政監督，監督密度視檢送預算書予本院審議與否而有所差異：

1.政府捐助基金累計逾50%之財團法人、日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人及依本院決議須將年度預算書送本院審議之財團法人

依國家發展委員會107年6月21日網站資料，行政院所訂政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點及相關通案性行政規則辦理行政監督，範圍涵蓋人事管理、財務管理、績效評估、法制規範等構面，所辦事宜包括董事與監察人派任及效益評估，並審酌財團法人之存續、合併、新設及消滅等；另針對各受監督財團法人每3年至少辦理1次實地查核，查核結果列為行政監督報告內容，由主管機關每年度編製受監督財團法人前1年度行政監督報告，提送行政監督專案小組各工作分組完成執行結果及行政監督分組報告，再由行政監督專案小組於每年8月31日完成前1年度行政監督總報告提報行政院（流程詳如附圖1）。

附圖1：中央政府對政府捐助之財團法人行政監督流程圖

※註1：資料來源，國家發展委員會網站107年6月21日查詢資料。

2.政府捐助基金累計未逾50%，年度預算書無須送本院審議之財團法人

主管機關每年度將財團法人以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理，且財團法人每年須檢送業務計畫書、前1年度之執行業務報告書、經費預決算書、財產清冊及基金存款證明等書面資料報主管機關備查，主管機關並得派員進行檢查。

(二)財團法人法

行政院為建構財團法人周延之法制環境，使政府機關有效處理其設立許可及監督事宜，並強化政府捐助之財團法人管理，爰研擬財團法人法草案，區隔政府捐助及民間捐助財團法人之監督密度，並於106年4月17日將草案函請本院審議，業於107年6月27日經本院三讀（迄107年7月16日止尚未經總統公布），依該法第76條規定：「本法自公布後6個月施行。」俟其公布後各主管機關將依循專法對所轄財團法人進行管理。