董事會為財團法人重要決策中心，其組成攸關職能發揮及忠實義務可達成程度。惟查部分政府捐助財團法人董事會之組成，未盡妥洽，謹分述如下：
(一)部分政府捐助金額累計逾50%之財團法人官派董事未達半數以上
以政府捐助比率累計超過50%之111家財團法人而言，截至107年4月底止，官派董事未達半數以上者計18家（詳附表3.1.1）。
附表3.1.1：政府累計捐助逾50%財團法人官派董事席次未達半數情形彙總表
主管機關
財團法人
內政部
臺灣營建研究院
陸委會
海峽交流基金會
臺港經濟文化合作策進會
經濟部
自行車暨健康科技工業研究發展中心
中國生產力中心
衛福部
病理發展基金會
惠眾醫療救濟基金會
農委會
中正農業科技社會公益基金會
桃園農田水利研究發展基金會
農業工程研究中心
臺中環境綠化基金會
曹公農業水利研究發展基金會
維謙基金會
七星農業發展基金會
七星環境綠化基金會
水利研究發展中心
文化部
金門酒廠胡璉文化藝術基金會
外交部
太平洋經濟合作理事會中華民國委員會
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
(二)部分財團法人捐助章程董事選舉制度高度內部化，致無官派董事制衡，衍生爭議情事
部分政府捐助逾50%之財團法人囿於捐助章程選舉制度，致官派董事與捐助比率不相當，衍生爭議情事。茲以醫療財團法人病理發展基金會及財團法人臺灣營建研究院為例，說明如下：
1.醫療財團法人病理發展基金會
政府捐助比率100%，106年度政府補助收入1,434萬2千元及依「勞工健康保護規則」辦理勞工健檢特定項目之檢驗收入165萬8千元，占當年度總收入之5.46%。據衛福部提供資料顯示：
(1)依其捐助章程，第2屆以後董事由董事、監察人提名委員會提名，核與衛生福利部主管由政府捐助之財團法人業務監督要點第24點第1項規定未合（詳附表3.1.2），致該基金會截至107年4月底止，尚無官派董事（更有1名董事連任9次，1名董事連任7次，1名董事連任5次），政府難以透過官派董事發揮制衡效用。
(2)該基金會曾援引所屬台北病理中心工作規則，經董事會決議核發董事長退職酬勞金80個基數，擬於董事長職務卸任（106年11月30日）後1次發給1,440萬元並函報衛福部，經該部於103年及104年函復略以，法人董事長不屬該中心員工，不得以其工作規則作為支領依據，且董事長與該基金會為委任關係，非勞動僱傭關係，爰其所得為報酬，無退職酬勞金之適用，未予核准；惟107年6月28日經洽詢衛福部醫事司表示，該基金會已於106年底如數發給董事長陳○○退職酬勞金。
2.財團法人臺灣營建研究院：政府捐助比率100%，依其捐助章程，第2屆以後董事由董事會遴聘，核與內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點第5點第1項規定未合（詳附表3.1.2），致該院截至107年4月底止，尚無官派董事（且有2名董事連任4次，1名董事更連任高達8次），難以促其配合政府監理需求，如自103年起，內政部已多次函請該院儘速將獎金發給規範納入其管理規定，惟迄至107年5月止，尚未配合改善。
附表3.1.2：部分財團法人捐助章程董事選舉制度與主管機關規定對照表
財團法人
捐助章程條文
主管機關規定
醫療財團法人病理發展基金會
其捐助章程第9條：「本法人董事會及監察人之組織、職權、董事、董事長、監察人之遴選資格、選聘與解聘程序、會議召開與決議程序及其他有關事項等，由本法人另以章則定之，並報中央衛生主管機關核准。」該條文授權之組織及議事章則第5條第1項、第2項及第4項：「本法人首屆董事，由捐助人選聘之。」、「後屆董事、監察人之候選人，由董事、監察人提名委員會提名之。」、「董事會應就董事、監察人提名委員會提名之候選人，選聘董事與監察人。」
衛生福利部主管由政府捐助之財團法人業務監督要點第24點第1項：「財團法人應依捐助章程置董事，董事總人數二分之一以上，應由本部就下列人員遴聘之：一、中央或地方政府機關（構）有關業務人員。二、國內外對捐助目的富有研究之專家學者。三、社會公正人士。四、原捐助或捐贈之政府機關（構）、公法人、公營事業或財團法人推薦（派）之人員。」
財團法人臺灣營建研究院
其捐助章程第6條：「本院設董事會，…。第2屆以後之董事，由董事會遴聘之。」
內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點第5點第1項：「政府捐助之財團法人，捐助機關應指派若干董事；其所占全體董事名額之比例，依捐助機關捐助基金占第1次登記財產總額時之基金總額比例為之，並不得少於全體董事名額1/2。」
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
綜上，部分政府捐助金額累計逾50%之財團法人官派董事席次未達半數，其中更有部分財團法人捐助章程所訂現任選舉制度高度內部化，尚無政府置喙參與餘地，無從派任董事，難以代表監督重要行為決策，甚而發生董事長支領退職酬勞金與主管機關意見殊異，所訂規章與政策未合等爭議情事。爰此，相關部會允宜依民法第62條、第63條及未來施行後財團法人法第48條等規定研處，進而使政府派任董事得達成合理比率，俾杜絕政府捐助財團法人財產面臨私有化之可能性，並落實本院決議及公益原則。