行政院為強化政府捐助之財團法人之規劃、協調及推動等行政監督事項，設置「政府捐助之財團法人行政監督專案小組」，其幕僚作業係由國發會擔任。經查：
(一)行政院105年間即建議各主管機關設定所轄財團法人自籌財源目標值，惟歷時2年後尚乏一致之定義及未達目標之管考措施，致未能有效改善自籌率
行政院105年8月編「政府捐助之財團法人104年度行政監督總報告」建議：「為健全財政，請各主管機關督促各財團法人加速開源節流，強化財務自主，降低對政府補助之依賴，除屬性不適合自籌財源者，請設定各財團法人年度自籌財源目標，於年度終了辦理績效評估，作為董（監）事聘（派）任、人事調整及以後年度編列相關預算之參據。」另行政院106年8月編「政府捐助之財團法人105年度行政監督總報告」賡續建請各主管機關依各財團法人所定年度自籌財源目標，確實辦理執行成果績效評估，並滾動修正目標值。惟查迄今行政院尚未明定包括自籌財源定義及未達目標之因應措施等相關規範，致各主管機關及財團法人無所依循，例如：國發會及主計總處認定之自籌財源係總收入扣除來自政府之補助收入及承接政府委辦計畫收入，惟依原住民族文化事業基金會自籌收入收支管理辦法，自籌收入並未扣除政府委辦收入，科技部對於自籌財源之定義亦僅扣除政府補助收入及特種基金收入，致與國發會及主計總處認定之自籌收入定義不一致；且原住民族文化事業基金會近年來未達自籌財源目標時，主管機關及財團法人皆未能採取有效之改善措施，致105及106年度自籌收入達成率分別僅41.55%及58.69%(詳附表3.7.1)，宜予改善。
附表3.7.1：原住民族文化事業基金會自籌財源目標達成情形
單位：新台幣千元
財團法人名稱
105年度自籌收入
106年度自籌收入
107年度自籌收入目標值
策進作為
目標值
實際值
達成率%
106目標值
實際值
達成率%
原住民族文化事業基金會
7,000,000
2,908,576
41.55
7,000,000
4,108,571
58.69
7,000,000
1.積極參與國內、外影展，提升知名度與版權收入。
2.節目版權銷售將本基金會自製及委製影片列節目清單，並與MOD洽談放置網路平臺播送或與公共電視文化事業基金會交換節目版權。
3.與企業及知名藝術家合作發行文創商品，增加異業合作收益。
※註：1.資料來源，中央主管機關提供，本研究彙整。
(二)若干財團法人自籌財源率未達3成，允宜研謀提昇俾降低對政府經費之依存度
1.立法院審查經濟部財團法人102年度預算案作成決議：「鑑於財團法人工業技術研究院之年度收入主要來自政府補助及委辦經費比率高達7成以上，係屬財務高度依賴政府部門之公設財團法人，雖財團法人工業技術研究院肩負國家工業技術研發之重責大任，惟仍宜積極拓展民間業界收入，以降低對政府部門之財政依賴度。爰建請財團法人工業技術研究院提高自有財源收入之比例。」及「為減少各財團法人財務過於依賴政府，提升各財團法人自主收入及績效，特要求經濟部對各財團法人考核應列入各財團法人從民間爭取財源之能力、輔導或服務績效，…。」
2.查自上開決議作成後，迄今已歷時5年餘，工研院之自有財源收入比率仍未達3成(24.48%)，而經濟部主管之其他若干財團法人106年度自籌財源比率仍低，例如：台灣地理資訊中心26.07%、中衛發展中心25.17%及生物技術開發中心18.65%等(詳附表3.7.2)，且包括工研院之其中部分財團法人員工平均薪資不低，包括：工研院106年度員工平均月薪7.7萬元、生物技術開發中心則為6.4萬元，允宜提昇自籌財源俾降低對政府經費之依存度，並增支出效率。
附表3.7.2：經濟部主管財團法人106年度自籌財源未達3成情形表
財團法人名稱
106年度自籌率%
106年度平均每人月薪(萬元)
106年底累計政府捐助基金%
106年度餘絀(千元)
臺灣地理資訊中心
26.07
5.3
100.00%
12,299
工業技術研究院
24.48
7.7
100.00%
17,419
生物技術開發中心
18.65
6.4
86.67%
23,100
中衛發展中心
25.17
5.8
53.44%
3,745
※註：1.資料來源，經濟部提供，本研究彙整。
2.本表僅列示106年度實際自籌財源未達所設定年度目標之財團法人。
(三)若干財團法人拓展民間業界收入能力衰退，且未達年度預算及目標，允宜依本院決議精神改善
以經濟部為例，據該部說明所管財團法人之自籌財源目標，原則上政府捐助比率超過50%須送預算書至立法院之23家財團法人均須訂定，另部分財團法人因業務性質，或已無接受政府委辦或補助之經費，故不適用自籌財源目標。
查除上述提及自籌率較低之財團法人外，近2年實際自籌情形與目標大致相符或差異甚微，惟自行車暨健康科技工業研究發展中心105及106年度連續2年未達自籌收入目標(詳附表3.7.3)，且106年度自籌收入較105年度減少15.58%，衰退程度頗多，宜依本院上開決議精神謀求改善，以增進自有財源。
附表3.7.3：自行車暨健康科技工業研究發展中心自籌財源目標達成情形
單位：新台幣千元
財團法人名稱
自籌財源目標達成情形
105年度
106年度
106年度實際值較105年度增減%
目標值
實際值
達成率
目標值
實際值
達成率
自行車暨健康科技工業研究發展中心
101,918
90,741
89%
104,846
76,603
73%
-15.58%
※註：1.資料來源，經濟部提供。
(四)若干財團法人自籌財源目標過低，未能發揮激勵拓展民間收入之功能
自籌率目標之訂定原意乃希冀財團法人提高研發技轉、檢測驗證及專業服務等自籌收入，積極拓展民間收入能力，進而降低對政府經費之依存度。惟若干財團法人制定之自籌財源目標與實際可達成情況脫鉤，恐致所考核結果難具參考價值，例如：通傳會主管財團法人電信技術中心105年度實際自籌財源率68%(詳附表3.7.4)，惟其設定之106年度自籌財源目標僅30%，故縱106年度實際自籌率陡降至41%，然與上開績效評估目標相較，該中心106年度自籌率仍達標，可知其目標之訂定顯然過低且不具評量及激勵效果，允宜設定較切合實際情況之目標值，俾達績效評估參考及拓展自有財源目標。
附表3.7.4：電信技術中心自籌財源目標達成情形
財團法人名稱
自籌財源目標達成情形
105年度
106年度
107年度
目標值
實際值
目標值
實際值
目標值
電信技術中心
該年度尚未訂定目標值
自籌收入占總收入比率為68%
自籌財源占總收入比率大於30%
自籌收入占總收入比率約為41%
自籌財源占總收入比率大於30%
※註：1.資料來源，通傳會提供。
綜上，為健全財政，行政院105年間即建議各主管機關設定所轄財團法人自籌財源目標值，惟歷時2年後尚乏一致之定義及未達目標之管考措施，致未能有效改善自籌率；其中若干財團法人自籌財源率未達3成，或拓展民間業界收入能力衰退，未達年度預算及目標，或自籌財源目標過低，未能發揮鼓勵拓展民間收入之功能，允宜提昇俾降低對政府經費之依存度。