我國公立醫院體系自日據時期即已發端，而於政府治理早期，因經濟尚非發達，民間醫療未能普遍興建及營運，政府為符合憲法第157條及第169條規定，其後又有憲法增修條文第10條等規定，爰於各區域設置公立醫院，並補助經費以利其等營運，期能照顧弱勢民眾、平衡地區醫療資源及配合政府政策推動各項公共衛生(含預防保健、傳染病防治及緊急醫療)業務，以洽合前揭規範意旨。其後因我國經濟成長，民間醫療力量日盛，私立醫療機構大幅增加，而全民健康保險於民國(下同)84年開始實施後，各公私立醫療機構之主要收入來源大多屬該保險支付收入，再有91年7月全民健康保險總額支付制度之實施，促使醫療市場競爭激烈等，查目前公立醫院之經營，於各文獻資料中，雖多肯認其等具有前揭功能，惟亦指出公立醫院因受行政體制限制、或囿於地處偏鄉，而多有經營績效欠佳，須仰賴政府補助經費以維持營運、醫院核心醫護人力難以維繫致影響醫療品質，及未來大型新設公立醫院運轉後，形成之區域醫療競爭，恐更不利部分公立醫院經營等問題，爰擬以中央政府對公立醫院之補助計畫與辦理績效、中央政府公立醫院之經營績效(包括醫療服務品質、人力配置、財務指標等)兩面向探討中央政府各醫院作業基金之經營績效，並綜合評述及提出改善建議，俾利檢討及改善公立醫院管理及經營績效。