(一)教育部主管
教育部105至107年度公務預算主要補助各醫院作業基金項目為教學醫院學生臨床教學研究與輔助計畫經費。查該科目(不含107年度新增之補助軍公教人員待遇調整數)105及106年度決算數分別為10億5,243萬7千元及10億5,906萬1千元，107年度預算數為9億9,099萬3千元；復檢視該3年度核給各醫院經費之趨勢，臺大醫院(含各分預算) 106及107年度獲配經費分別較上年度減少6%及9%，成大醫院則係於107年度減少10%，陽明醫院則分別較上年度增加58.7%及13.6%（詳附表3），恐係酌量陽明醫院營運狀況而予調增補助數等。
據該部說明，目前對前揭補助尚無成效考核指標，主要係因臨床教學研究補助收入係配合國家公共衛生醫療政策，以醫院投入之醫事人力等成本加以設算，而人事費補助款則係依據相關改制協議書辦理，並視醫院營運狀況及該部預算獲核額度酌予補助等，惟對臨床教學研究補助成效全未管控，實難謂允當。
附表3：教育部公務預算對各醫院主要補助明細表 單位：新台幣千元
業務-工作計畫
分支計畫
105年度
決算數
106年度
自編決算數
107年度
預算數
高等教育-國立大學校院教學與研究補助
教學醫院學生臨床教學研究與輔助-
國立臺灣大學醫學院附設醫院
(補助部分醫院投入與醫學教學研究相關人力及耗材等成本)
705,898
663,302
603,481
同上-
國立成功大學醫學院附設醫院
(同上)
262,759
262,759
236,480
同上-
國立陽明大學醫學院附設醫院
(同上)
83,780
133,000
151,032
同上-
(補助軍公教人員待遇調整所需經費)
-
-
28,269
合計
1,052,437
1,059,061
1,019,262
※註：1.資料來源，教育部提供。
2.以上未含新竹生物醫學園區醫院新建工程，總經費67億447萬3千元，教育部公共建設經費支應19億5,223萬6千元，科技預算支應9億920萬元，合計28億6,143萬6千元。
(二)退輔會主管
退輔會公務預算主要補助各醫院作業基金業務，105至106年度決算及107年度預算分別為32億1,504萬1千元、31億9,829萬6千元及32億3,586萬6千元，107年度預算較105及106年度決算分別略成長0.6%及1.2%，復依106年度自編決算項目檢視，主要補助內容分別為補助相關人事支出 (包括相關優存利差及退撫金，2項合計占38.9%)、臨床教學與研究計畫(占32%)、榮民養護公務病床支出(占18%)、高齡醫學發展及照護支出(占3.7%)、公共衛生計畫(占3.6%)、社區醫療服務支出(占3.4%)及安寧緩和醫療照護與推廣支出(占0.3%)等（詳附表4）。
依退輔會提供資料，在臨床教學與研究上，該會僅提供相關審核規範，而未說明該會已依規範辦理；而於榮民養護公務預算病床上則未見相關考評指標及結果；至高齡醫學發展與照護計畫、安寧緩和醫療照護與推廣計畫、及社區醫療服務計畫3項，該會表示係依相關計畫書所列工作指標及目標值規範，由各院自訂標準自評，惟未符目標值者鮮少，該會亦未確切說明各醫院自設目標值之適當性等，相關監督考評作業核有不足，尚待加強辦理。復查該會於公共衛生計畫項目提供較詳細之考評結果，主要分為通過健康促進機構認證、傳染病防治、非傳染病防治、營造健康社區、健康傳播及行銷等5大項考評，後4項主要係依自設目標考評且目標值多屬簡單產出結果，應請該會加強對各醫院自設目標值之允當性進行監督及管理；而通過健康促進機構認證部分，所屬醫院中具3項未(申請)認證者為北榮鳳林分院，有5項未(申請)認證者，為高榮臺南分院及屏東分院，前揭分院辦理成效欠佳，允宜加強改善並申請認證辦理。
附表4：退輔會公務預算對各醫院主要補助明細表 單位：新台幣千元
業務-工作計畫
分支計畫
105年度
決算數
106年度
自編決算數
107年度
預算數
醫學臨床教學研究
各榮總及其分院臨床教學與研究
(補助教學研究、臨床訓練及國際研討會等)
1,025,034
1,025,034
1,025,034
一般行政
人員維持
(補助退撫新制實施前任職年資優存利差)
294,219
294,219
294,219
榮民醫療照護
對榮民及特定醫療體系之補助
-公務預算病床養護作業
(補助開設榮民養護公務預算病床所需成本費用)
567,600
574,846
591,591
對榮民及特定醫療體系之補助
-公共衛生計畫
(補助執行公共衛生政策等經費)
116,504
116,504
237,780
對榮民及特定醫療體系之補助
-舊制退休及撫卹金
(補助基金舊制人員新制前年資之退撫金)
1,052,294
948,606
715,007
社區醫療服務
(補助辦理榮家住民健康管理等社區醫療及保健服務)
109,018
109,018
152,389
高齡醫學發展與照護
(補助辦理高齡整合照護、榮家失智症者優質整合照護、相關研究與訓練及國際合作等)
42,151
119,151
150,667
安寧緩和醫療照護與推廣
(補助辦理相關安寧緩和醫療、榮民預立醫療自主計畫宣導及相關療護人員培訓等)
8,221
10,918
69,179
合計
3,215,041
3,198,296
3,235,866
※註：1.資料來源，退輔會提供。
(三)衛福部主管
衛福部公務預算主要補助各醫院作業基金業務，105至106年度決算及107年度預算分別為37億9,012萬3千元、37億7,917萬8千元及41億9,056萬5千元，107年度預算較105及106年度決算分別成長10.6%及10.9%，主要係心理及口腔健康業務項下新增建置整合性藥癮醫療示範中心、增設治療性社區及擴大補助中途之家、相關成癮治療方案與有關推廣業務及新增補助新南向相關醫衛合作發展業務等。復依106年度自編決算項目檢視，主要補助內容分別為補助相關人事支出 (包括補助部立醫師人事費、相關優存利差及退撫金等合計占92.9%)、其他第八期醫療網業務(占2.9%)、推動健康醫藥生技轉譯臨床業務 (占2.9%)，其餘主要為補助促進心理健康業務及樂生療養院業務等。顯示衛福部雖為醫政主管機關，惟囿於須對該部部立醫院補助鉅額人事支出以維持營運，致所餘經費額度有限，爰對第八期醫療網業務及推動其他公共衛生計畫之辦理量能甚有限(詳附表5)。
依衛福部提供之考評結果，其係分3組醫院進行評鑑，指標分類則包括醫療服務品質、研發及教學成效、財務指標、生產力指標及其他指標(主要為對部立醫院及其他醫療資源缺乏與偏遠地區支援情形、部交辦事項、大眾陳情及風紀事件等)。而該3年評鑑中成效較不足者，104年度為金門醫院及臺東醫院，105年度為彰化醫院、臺東醫院及花蓮醫院，106年度則為基隆醫院、苗栗醫院及花蓮醫院等。
附表5：衛福部公務預算對各醫院主要補助明細表 單位：新台幣千元
業務-工作計畫
分支計畫
說明
105年度決算數
106年度自編決算數
107年度預算數
醫政業務
第八期醫療網計畫
補助醫院辦理整合醫學與臨床技能評估計畫及辦理緊急醫療救護等業務
105,114
67,399
100,260
醫政業務
新南向醫衛合作與產業鏈發展中長程計畫
辦理全球手術外科種子醫師培訓計畫
0
0
6,000
心理及口腔健康業務
國民心理健康計畫及強化藥癮治療服務
辦理心理健康促進、藥酒癮戒治服務、病人社區照顧、建置整合性藥癮醫療示範中心、增設治療性社區及擴大補助中途之家、補助強化治療便利性方案及成癮治療模式開發及試辦推廣
13,533
23,046
332,893
新南向醫衛合作與產業鏈發展中長程計畫
辦理新南向心理及口腔醫療保健等補助經費
0
0
4,253
護理及健康照護業務
第八期醫療網計畫
辦理離島及偏遠地區醫院營運維持費及本部所屬醫院辦理偏鄉醫療影像判讀整合計畫
54,177
43,516
43,161
推動身心障礙醫療復健網絡
補助醫療復健輔具中心
1,119
1,030
1,050
國際衛生業務
雙邊國際衛生合作與交流
辦理雙邊國際衛生合作與交流
2,302
974
1,130
第八期醫療網計畫
辦理國際急難援助、人員培訓等相關活動
552
264
新南向醫術合作與產業鏈發展中長程計畫
辦理相關產官學研合作論壇、研討會等活動
0
0
3,000
科技發展工作
推動衛生福利科技發展與管理
辦理國際或區域性科技研討會等及科研先驅規劃暨實證創新研究
2,200
2,072
3,300
健康醫藥生技轉譯臨床推動計畫
辦理精進臨床試驗能量與國際躍升計畫
88,615
109,102
108,530
推動中醫藥科技發展計畫
兩岸或國際中醫藥研與交流等相關研究會等、建置中醫臨床技能測驗模式及中醫臨床測驗藍圖規範作業
2,006
663
3,592
保護服務業務
推展兒少保護及處遇輔導
補助醫療機構辦理強化社會安全網計畫之兒少保護區域醫療整合中心
0
0
9,419
醫院營運業務
醫院營運輔導
補助所屬偏遠離島地區醫院建置醫療設施及設備
4,889
2,904
2,160
補助所屬樂生療養院辦理漢生病巡迴檢診與漢生病防治管理業務
4,000
4,000
2,000
補助所屬樂生療養院辦理樂生園區整體發展計畫之歷史建築調查研究、修復計畫擬定及籌備處等所需相關經費
0
13,207
12,000
補助所屬胸腔病院辦理結核及胸腔病防治業務
3,198
1,176
1,166
補助所屬醫院營運所需人事費
2,404,597
2,382,661
2,473,956
補助所屬醫院原由銓敘部統籌科目支出之早期退休公務人員照護金、公務人員殮葬補助、公務人員舊制年資退休撫卹金及優惠存款利息差額
1,089,205
1,111,042
1,064,121
補助國立臺灣大學醫學院附設醫院雲林分院改制基準日前已退離職員之舊制退休、撫卹金及優惠存款利息補貼
7,475
7,514
7,808
第八期醫療網計畫
補助所屬偏遠地區醫院充實醫師人力計畫(105年為補助所屬偏遠地區醫院重整服務效能計畫)
7,693
8,320
10,502
合計
3,790,123
3,779,178
4,190,565
※註：1.資料來源，衛福部提供。
2.未含括衛福部編列於「醫療藥品基金」計畫之「投資」項目(樂生園區整體發展計畫106至111年度公務預算預計總數10.3億元[占該計畫總經費96%]、恆春旅遊醫院重建醫療大樓工程計畫107至109年度預計總經費3.39億元)，另「國立臺灣大學附設醫院作業基金」科目之「投資」項目(係新竹生醫工程經費，103至106年度衛福部公務預算編列14億元)。