近年度教育部、退輔會、衛福部支應公立醫院經費主要包括相關建設經費(如：臺大生醫園區分院之建設經費64%係由衛福部及教育部公務預算編列資本門經費支應)及補助經費2類，其中每年均支應項目為補助經費，該3部會106年度決算數分別為10.6億元、32億元及37.8億元，在教育部主要補助項目為教學研究項目；而在退輔會體系則主要補助人事支出、臨床教學與研究計畫、榮民養護補助、相關醫學發展及公衛計畫支出等；另醫政主管機關對26家部屬醫院人事補助支出高達總額之92.9%，相對退輔會編列情形，實有排擠執行公衛政策經費情形；復查該部各醫院未含補助之年度短絀數額龐鉅，顯示部立醫院須仰賴鉅額公務預算以維持營運；復據前揭部會回覆，由於前揭補助經費多呈減少趨勢(除107年度衛福部因應防治藥癮及新南向業務之增撥數外)，爰規劃減少各醫院對政府補助經費之依賴應為重要未來改善方向，亟須加強規劃提升有關醫院營運彈性及效能等。

經前揭鉅額補助後，教育部表示未有任何考核指標監督，實難謂允當；查退輔會對有關作業設有審核規範，惟實務上對各醫院自訂標準之允當性監督尚屬不足，須予檢討改善；另衛福部主管醫院多有經營績效亟待改善，惟其監督指標常非屬主要指標(如：品質監督指標常分結構面、過程面及結果面檢討，惟其卻僅為非每年辦理之醫院評鑑等級、用藥比例、異常事件改善專案、參與外部競賽、媒體曝光率、異常事件通報目標達成率、滿意度等)，難謂積極有效管控，爰醫院經營成效難以有效提升，致於醫療重疊地區多陷經營劣勢，部分受新增醫院影響之公立醫院未來績效恐下降。