於3主管機關中，教育部主管醫(分)院之政府補助收入占其業務收入比率多在5%以下，退輔會主管者本院部分亦同，分院部分則多在10%至20%間，衛福部立醫院20%以上者則有11家，顯示部立醫院對政府補助仰賴甚深。復查106年度醫學中心不含政府補助呈本期短絀者，為教育部成大醫院及退輔會高榮本院 (占33%)，區域醫院中除臺大雲林分院、新竹分院外，其餘區域醫院不含政府補助收入均為本期短絀，地區醫院部分則除臺大北護分院外，其餘不含政府補助收入均呈短絀(占區域及地區醫院總數93%)，其中該短絀數達醫療收入25%以上者，退輔會主管者為北榮新竹分院、玉里與鳳林及臺東分院、衛福部則有8家，分別為部立胸腔病院(不含政府補助短絀占醫療收入64.8%)、玉里醫院(占48.4%)、臺東醫院(占45.7%)，花蓮醫院(占39.3%)、樂生療養院(占29.4%)、嘉義醫院(占27.7%)、金門醫院(占25.7%)、新營醫院(占25.6%)，顯示部立醫院多有經營績效欠佳，允應加強改善。

106年度不含政府補助，由賸餘惡化為短絀者，為醫學中心之成大醫院；區域醫院中不含政府補助，本期短絀較上年度惡化5%以上者則為教育部陽大醫院(增加37.9%)、退輔會北榮桃園分院(增加31.5%)、衛福部臺中醫院(增加8.1%)；地區醫院不含政府補助本期短絀較上年度增加5%以上者，為教育部臺大金山分院(增加32.2%)、退輔會北榮新竹分院(增加69.1%)、高榮屏東分院(增加39.3%)、中榮埔里分院(增加7%)、衛福部嘉義醫院(增加18.4%)、花蓮醫院(增加5%)、臺東醫院(增加9.7%)，前揭11家醫院(占總數22%)經營績效鉅降，允宜檢討改善。