科學技術基本法第3條規定，政府應致力推動全國研究發展經費逐年成長，使其占國內生產毛額至適當之比例。我國88年度研發經費1,905.2億元，之後逐年成長，至105年度為5,413.6億元，成長約2.84倍。而研發經費占國內生產毛額比率於88年度為1.94%，逐年成長至105年度為3.16%（詳圖3-1）。倘與其他國家相較，我國105年度研發經費占國內生產毛額比率3.16%，低於以色列（4.25%）、韓國（4.24%）及瑞典（3.26%），而高於日本、德國、美國、法國、中國大陸、英國及加拿大等國（介於1.60%至3.14%間）（詳圖3-2）。
圖3-1：我國歷年研發經費投入情形
※註：1.資料來源：科技部提供，本報告整理製圖。
圖3-2：各國2016年研發經費占GDP比率
※註：1.資料來源：OECD網站，本報告整理製圖。
我國研發經費主要來自企業部門，約占6成至7成，比重及金額均呈逐年成長；研發經費來自政府部門比重則呈逐年下降趨勢，由88年度之32.5%，至105年度減為21.3%，惟金額仍呈成長趨勢，由88年度之619億餘元，至105年度增為1,154億餘元（詳附表3-1）。
附表3-1：歷年全國研發經費來源 單位：新台幣百萬元
年度
總計
企業部門
政府部門
高等教育部門
私人非營利
國外
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
88
190,520
100.0
125,712
66.0
61,989
32.5
1,749
0.9
959
0.5
110
0.1
89
197,631
100.0
128,386
65.0
65,980
33.4
2,193
1.1
999
0.5
74
0.0
90
204,974
100.0
132,950
64.9
68,339
33.3
2,719
1.3
931
0.5
35
0.0
91
224,428
100.0
141,695
63.1
79,004
35.2
2,762
1.2
930
0.4
38
0.0
92
242,942
100.0
153,664
63.3
85,587
35.2
2,777
1.1
854
0.4
60
0.0
93
263,271
100.0
170,469
64.8
88,499
33.6
3,130
1.2
1,113
0.4
60
0.0
94
280,980
100.0
187,853
66.9
88,633
31.5
3,147
1.1
1,204
0.4
144
0.1
95
307,037
100.0
206,177
67.2
96,443
31.4
3,257
1.1
1,071
0.3
91
0.0
96
331,777
100.0
228,464
68.9
98,966
29.8
3,158
1.0
1,051
0.3
137
0.0
97
351,911
100.0
247,913
70.4
99,260
28.2
3,441
1.0
1,144
0.3
153
0.0
98
367,808
100.0
256,633
69.8
106,153
28.9
3,683
1.0
1,191
0.3
149
0.0
99
395,835
100.0
282,169
71.3
108,615
27.4
3,797
1.0
1,093
0.3
161
0.0
100
414,412
100.0
300,874
72.6
108,464
26.2
3,918
0.9
1,007
0.2
148
0.0
101
433,502
100.0
321,423
74.1
106,758
24.6
3,965
0.9
791
0.2
565
0.1
102
457,641
100.0
345,624
75.5
106,692
23.3
3,912
0.9
777
0.2
636
0.1
103
483,492
100.0
373,444
77.2
104,776
21.7
3,844
0.8
860
0.2
569
0.1
104
510,443
100.0
397,865
77.9
107,563
21.1
3,718
0.7
907
0.2
389
0.1
105
541,360
100.0
420,873
77.7
115,435
21.3
3,590
0.7
995
0.2
466
0.1
※註：1.資料來源：科技部提供。
我國中央政府科技經費預算102年度至106年度分別為910.71億元、938.21億元、984.32億元、1,021.48億元及1,027.90億元，顯示在近年財政拮据下，中央政府科技預算仍逐年遞增。
我國政府科技發展經費概分為基礎科學研究、應用科技研究、技術發展及產業化等三類。其中前二者經費由科技部編列，技術發展及產業化經費則由其他科技相關部會自行編列。三類科技經費主要申請對象以公私立大專校院、政府所屬研究機構及法人與公民營企業為主，申請者須視經費所屬類別向負責之部會提出申請。
102年度至105年度各部會編列科技預算超逾10億元者計有科技部、經濟部、國家科學技術發展基金會（跨部會署計畫）、中央研究院、衛生福利部、農業委員會及教育部等，合計約占各年度中央政府科技預算之94%以上（詳附表3-2）。
附表3-2：近年中央政府科技預算 單位：新台幣百萬元
機關
102年度
103年度
104年度
105年度
106年度
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
科技部
38,357
42.1
38,876
41.4
38,608
39.2
39,262
38.4
36,171
35.2
經濟部
25,594
28.1
26,347
28.1
26,024
26.4
29,973
29.3
27,743
27.0
國家科學技術發展基金管理會
5,105
5.6
3,079
3.3
8,305
8.4
5,446
5.3
11,847
11.5
中央研究院
10,737
11.8
11,268
12.0
11,185
11.4
11,532
11.3
11,411
11.1
衛生福利部
3,899
4.3
4,027
4.3
4,193
4.3
4,656
4.6
4,778
4.6
農業委員會
3,356
3.7
3,624
3.9
3,742
3.8
4,087
4.0
4,293
4.2
教育部
1,348
1.5
1,631
1.7
1,598
1.6
1,680
1.6
1,608
1.6
小計
88,395
97.1
88,852
94.7
93,655
95.1
96,635
94.6
97,851
95.2
其他部會
2,675
2.9
4,968
5.3
4,777
4.9
5,512
5.4
4,939
4.8
合計
91,071
100.0
93,821
100.0
98,432
100.0
102,148
100.0
102,790
100.0
※註：1.資料來源：科技部提供，本報告整理。
2.上表所列國家科學技術發展基金管理會屬跨部會署科技發展計畫部分。
我國88年度至105年度政府研發經費依投入研發類型細分，以投入技術發展經費最高，約占全部政府研發經費之4成；其次為應用研究經費，由88年度之4成，下滑至105年度約3成；投入基礎研究經費則由88年度之未及2成，成長至105年度約2成5左右（詳附表3-3）。
附表3-3：近年政府研發經費依研發類型細分表單位：新台幣百萬元；%
年度
基礎研究
應用研究
技術發展
總計
金額
%
金額
%
金額
%
88
7,744
17.35
18,152
40.67
18,740
41.98
44,636
89
7,921
17.04
19,297
41.50
19,276
41.46
46,494
90
8,635
18.09
21,193
44.40
17,905
37.51
47,732
91
8,901
15.98
22,527
40.45
24,265
43.57
55,693
92
11,967
19.97
22,663
37.82
25,298
42.21
59,928
93
12,859
21.03
22,778
37.25
25,507
41.72
61,144
94
12,110
20.48
22,887
38.70
24,146
40.83
59,143
95
12,421
20.37
23,605
38.72
24,938
40.91
60,965
96
12,150
20.03
23,749
39.16
24,744
40.80
60,643
97
13,496
22.90
23,195
39.36
22,237
37.74
58,928
98
13,791
22.39
23,233
37.72
24,564
39.88
61,587
99
14,626
23.21
21,956
34.84
26,437
41.95
63,020
100
14,726
23.54
18,394
29.41
29,427
47.05
62,546
101
15,486
25.32
17,965
29.37
27,721
45.32
61,172
102
16,433
26.94
18,180
29.81
26,380
43.25
60,993
103
17,316
28.51
18,795
30.95
24,622
40.54
60,734
104
18,391
28.92
20,452
32.16
24,760
38.93
63,603
105
18,014
25.35
22,105
31.11
30,932
43.53
71,051
※註：1.資料來源：科技部提供。