近年科技發展快速，國家社會面臨問題亦趨複雜，跨學科領域研究以因應當前需求，日益受到重視。政府亦推動跨部會科技治理之科技計畫，希冀藉由跨部會整合推動方式，促進科技創新與產業發展，惟經查：

(一)部分由上而下之跨部會科技計畫宜妥為周延規劃及由各執行機關編列預算

部分跨部會科技計畫容宜強化規劃及預算籌編，例如依本院審查104年度中央政府總預算案附屬單位預算營業及非營業部分案有關行政院國家科學技術發展基金所作決議第17項，加速行動寬頻服務及產業發展方案內容就願景而言欠缺具體目標，方案中各項策略之選定因此未見明確標準，且未詳實進行成本效益分析；又該方案涉及11個部會，惟由行政院國家科學技術發展基金編列預算補助各部會，而以代收代付辦理，宜由計畫執行機關編列預算，俾利檢視收入及支出之必要性，並利合理控制。另依本院106 年度中央政府總預算案審查總報告之教育及文化委員會新增通過決議第313項，106年度中央政府總預算案送本院審議時，創新產業旗艦計畫（簡稱5+2產業政策）具體內容及經費配置闕如，且預算編列過程及方式類似於加速行動寬頻服務及產業發展方案。

(二)部分跨部會科技計畫之執行經審計部指出執行進度落後或與規劃目標有間

部分跨部會科技計畫經審計部提出計畫執行存有待改善之處，例如審計部104年度及105年度審核報告指出加速行動寬頻服務及產業發展方案補助計畫因計畫或規劃設計變更、招標作業不順、採購延誤及政策變更而致執行進度落後；生技醫藥國家型科技計畫以跨部會及跨領域模式推動多年，主要核心計畫「研究群組暨資源中心」綱要計畫補助經費配置於上游基礎研發，與規劃之中游研發目標尚屬有間。

綜上，為符合計畫預算精神，並利審議及監督，推動跨部會及跨領域科技計畫允宜於編列預算前，妥研已有詳細策略及明確目標之計畫，及由各執行機關編列預算，並強化跨部會及跨領域科技計畫之管控，以確保規劃目標之達成。