行政院95年8月4日曾發布以最低標為原則，最有利標為例外，惟98年4月27日已停止適用上開原則，回歸採購需求機關之專業判斷，工程會105年9月23日訂定發布「機關巨額工程採購採最有利標決標作業要點」及「機關採購審查小組設置及作業要點」，爾後機關辦理巨額工程採購，應於招標前提報機關成立採購審查小組審查，並採作有利標決標為原則，異質程度較大之工程、財物及勞務採購，均適用最有利標。經查：
(一)最有利標與最低標之決標方式不同
最低標之決標方式，係訂有底價之採購，以合於招標文件規定，且在底價以內之最低價為得標廠商；最有利標之決標方式，係以合於招標文件規定之最有利標為得標廠商，最低標係以價格為合格投標廠商之惟一競爭因素，只要廠商報價低於底價，即可宣布決標；後者不以價格為惟一因素，另需考量廠商投標標的之技術、品質、功能、商業條款及價格等。
(二)依據政府採購法之規定，採最有利標決標者應以異質之工程、財物或勞務採購且不宜以最低標辦理者為限
依據政府採購法第52條第1項規定：「機關辦理採購之決標，應依下列原則之一辦理，並應載明於招標文件中：一、訂有底價之採購，以合於招標文件規定，且在底價以內之最低標為得標廠商。二、未訂底價之採購，以合於招標文件規定，標價合理，且在預算數額以內之最低標為得標廠商。三、以合於招標文件規定之最有利標為得標廠商。…。」同條第2項復規定：「機關採前項第3款決標者，以異質之工程、財物或勞務採購而不宜以前項第1款或第2款辦理者為限。」及同法第56條第3項規定：「機關採最有利標決標者，應先報經上級機關核准。」是以，採最有利標決標者應以異質之工程、財物或勞務採購且不宜以最低標辦理者為限，並應先報經上級機關核准。
(三)近年來行政院所屬中央機關採用最有利標決標比率有逐年增加趨勢
1.中央機關採用最低標決標情形：102年度至106年度中央機關採用最低標決標之採購件數介於7萬5,446件至7萬7,428件之間、決標金額介於6,502億4,800萬元至8,195億7,700萬元之間，其占總決標件數、金額之比率呈逐年下降趨勢，由102年度之86.72%及88.74%降至106年度之84.64%及82.04%，而107年度截至4月底止決標件數及決標金額之比率分別增為81.08%及69.70%（詳如附表3-4）。
2.中央機關採用最有利標決標情形：102年度至106年度中央機關採用最有利標決標之採購件數介於1萬1,302件至1萬3,804件之間、決標金額介於844億2,700萬元至1,766億300萬元之間，其占總決標件數、金額之比率呈逐年增加趨勢，由102年度之12.82%及11.11%增為106年度之15.35%及17.91%，107年度截至4月底止決標件數及決標金額之比率分別增為18.83%及30.03%（詳如附表3-5）。
(四)監察院針對採購違失通過彈劾案，多係採購時採取最有利標方式，顯示部分機關採最有利標之採購案件，作業過程存有諸多缺失
經查監察院網站針對採購違失通過彈劾案，截至106年底止計35案，如行政院國家科學委員會（於103年3月3日經政府組織改造改名為科技部）減振工法規劃技術服務案及減振工程細部設計與施工案，另針對採購違失通過糾正案，截至106年底止計167案，如103年度國防部國防採購室及陸軍後勤指揮部辦理聯勤第302 廠委託民間經營案等多係採最有利標方式執行採購作業，顯示部分機關採最有利標之採購案件，作業程序存有諸多違失，有待積極改進。
綜上，建立政府採購制度之主要目的為在預算額度內獲得最佳之資源，主要決標方式包括最低標及最有利標。如前所述，現行政府採購法規定須為異質工程且不宜以最低價決標方式辦理者，始得採最有利標方式決標，並須先報經上級機關核准。由於政府採購以最低價格得標之方式已行之多年，低價得標衍生所採購之物品及工程施工品質不佳、工期延宕等問題，影響政府信譽及施政效率，為期提升採購品質，政府爰朝鼓勵機關以最有利標方式辦理政府採購，政府採購法部分條文修正草案已於106年10月17日送本院審議，該修正草案將刪除採最有利標須為「異質採購」及「不宜採最低標辦理」之條件(第52條)。惟監察院近年有關採購違失之彈劾案中，不乏採最有利標決者，為避免採購弊端，允宜督導各機加強最有利標之核准作業，並嚴格執行相關項目之評選，以確實提升採購品質。
附表3-4：102年度至107年度中央政府各機關辦理逾10萬元之採購案件採最低標之決標資料統計表
單位：新台幣百萬元；件；%
年度
總決標
最低標
件數
金額
件數
件數比率
金額
金額比率
102
88,170
923,57976,459
86.72
819,577
88.74
103
89,950
815,396
77,428
86.08
704,963
86.46
104
88,054
735,161
75,446
85.68
650,248
88.45
105
87,821
831,457
74,896
85.28
733,264
88.19
106
89,912
986,120
76,104
84.64
808,999
82.04
107
25,486
285,679
20,664
81.08
199,122
69.70
合計
469,393
4,577,392
400,997
85.43
3,916,174
85.55
※註：1.資料來源，工程會提供，統計日期107年5月31日。
2.表列最低標件數比率=最低標件數/總決標件數；最低標金額比率=最低標金額/總決標金額。
3.107年度數據係截至4月底止。
附表3-5：102年度至107年度中央政府各機關辦理逾10萬元之採購案件採最有利標之決標資料統計表
單位：新台幣百萬元；件；%
年度
總決標
最有利標
件數
金額
件數
件數比率
金額
金額比率
102
88,170
923,579
11,302
12.82
102,571
11.11
103
89,950
815,396
12,280
13.65
108,517
13.31
104
88,054
735,161
12,510
14.21
84,427
11.48
105
87,821
831,457
12,845
14.63
96,506
11.61
106
89,912
986,120
13,804
15.35
176,603
17.91
107
25,486
285,679
4,798
18.83
85,779
30.03
合計
469,393
4,577,392
67,539
14.39
654,403
14.30
※註：1.資料來源，工程會提供，統計日期107年5月31日。
2.表列最有利標件數比率=最有利標件數/總決標件數；最有利標金額比率=最有利標金額/總決標金額。
3.107年度數據係截至4月底止。