科技部自105年度起未依規定組成跨部會之新竹生物醫學園區指導小組及執行小組，未落實園區之督導與籌設職責，分述如下：
(一)新竹生物醫學園區計畫應由科技部組成跨部會之指導小組及執行小組
依新竹生物醫學園區指導小組設置要點規定，科技部應成立新竹生物醫學園區計畫辦公室執行該計畫，並由該部邀集相關部會首長及學者專家組成「新竹生物醫學園區指導小組」(以下簡稱指導小組)，由科技部部長擔任召集人，行政院政務委員與中央研究院院長擔任共同召集人，負責跨部會、跨領域政策之協調、執行督導等事宜；此外，為執行園區各項政策推動，指導委員會下設立「新竹生物醫學園區執行小組」(以下簡稱執行小組)，以肩負三大中心之籌設，經由垂直及水平之整合，以建立新竹生物醫學園區明確且具效率的營運模式（詳附圖2）。
附圖2：新竹生物醫學園區計畫推動組織架構圖
※註：1.資料來源，新竹生物醫學園區計畫(核定本)，頁110，105年9月。
(二)105年度起科技部未組成新竹生物醫學園區指導小組及執行小組
新竹生物醫學園區指導小組及執行小組分別自98年度起開始運作至104年度止，指導小組最後一次開會為104年12月30日(詳附表18)，執行小組最後一次開會為104年8月10日(詳附表19)。
惟新竹生醫園區分院迄105年11月始完成招標，預計109年1月完工，而執行小組負責推動三大中心之籌設，指導小組負責執行督導事宜，該部「新竹生物醫學園區計畫辦公室設置要點」卻於105年1月1日停止適用，致指導小組及執行小組自105年度起迄今(107年6月底)，皆未組成且未召開會議，未落實園區之督導及籌設職責。
附表18：新竹生物醫學園區指導小組歷次組成及會議情形
屆次
召集人
(國科會主委/科技部部長)
共同召集人
會議日期
中研院院長
主管之政務委員
1
李羅權
翁啟惠
張進福
98年07月21日
2
李羅權
翁啟惠
張進福
99年04月06日
3
李羅權
翁啟惠
張進福
99年04月28日
4
李羅權
翁啟惠
張進福
99年10月20日
5
朱敬一
翁啟惠
張善政
101年06月05日
6
朱敬一
翁啟惠
張善政
101年10月01日
7
徐爵民
翁啟惠
顏鴻森
104年02月09日
8
徐爵民
翁啟惠
顏鴻森
104年12月30日
※註：1.資料來源，科技部提供。
附表19：新竹生物醫學園區執行小組歷次組成及會議情形
召集人
共同召集人
會議日期
陳力俊副主任委員
98年08月11日、99年01月18日
張文昌副主任委員
99年03月30日、99年08月16日、99年12月06日、
100年02月09日
周景揚副主任委員
行政院衛生署林奏延副署長、行政院國家科學委員會張清風副主任委員、經濟部黃重球常務次長
100年11月30日
張清風副主任委員
行政院衛生署林奏延副署長、行政院國家科學委員會賀陳弘副主任委員
101年05月15日
孫以瀚副主任委員
行政院衛生署林奏延副署長、行政院國家科學委員會賀陳弘副主任委員、經濟部杜紫軍常務次長
101年09月05日
錢宗良政務次長
經濟部沈榮津常務次長、衛生福利部許銘能常務次長
103年09月12日
錢宗良政務次長
經濟部沈榮津常務次長、衛生福利部許銘能常務次長、教育部陳德華政務次長
104年08月10日
※註：1.資料來源，科技部提供。
(三)監察院糾正科技部未確實承擔新竹生物醫學園區計畫之主管機關職責
新竹生物醫學園區計畫由科技部部長召集成立新竹生物醫學園區指導小組，負責跨部會、跨領域政策之協調、執行督導事宜等；科技部次長召集成立新竹生物醫學園區執行小組，執行園區各項政策推動。監察院107年糾正科技部，認定該部未積極督導與協助解決新竹生物醫學園區相關問題，未確實擔負計畫主管機關職責，核有疏失。
綜上，新竹生物醫學園區之計畫主管機關自105年度起未依新竹生物醫學園區指導小組設置要點規定組成跨部會之指導小組及執行小組，未落實園區之督導及籌設職責。