政府對公股投資事業之管理依國營事業管理法第3條第1項規定，以持股50%為分界門檻；超過者屬國營事業範疇，反之為公私合營事業，由主管機關透過派任之公股代表依循公司法或證券交易法等為必要管理，與國營事業之監督密度有別。然查目前各主管機關對公股代表之選派、監督考核機制落實、公股持股最適比率檢討及公股權益維護等，均尚待強化。謹說明如次：
(一)部分公私合營事業之鉅額投資，囿於公股比率略低於50%，受監督管理程度未如國營事業
截至106年底止，中央政府轉投資民營事業公股比率達40%以上者計30家，期末投資金額450億3,175萬4千元(詳附表7)。以交通部透過「高速鐵路相關建設基金」投資台灣高鐵公司254億7,907萬3千元規模居冠，目前持股43.00%為最大股東；及經濟部所屬國營事業中油公司再轉投資環能海運公司及國光電力公司等，金額皆超過20億元；此外，退輔會主管國軍退除役官兵安置基金投資之國華海洋企業(股)公司及各天然氣公司、國發基金投資台翔航太公司及財政部所屬國營事業台灣菸酒公司再轉投資亞洲物流公司等，公股比率達49%，近同國營事業及政府從屬公司者不在少數。惟囿於公股股權略低於50%，卻未能對之採以國營事業範疇之管理規範，監督密度遠不及國營事業。
附表7：中央政府各主管機關(含所屬)轉投資公私合營事業公股比率接近50％之事業一覽表 單位：新台幣千元，%
主管
機關
參加投資機關/基金
轉投資事業名稱
106年度
期末投資金額
持股比率
行政院國發基金
台翔航太公司
1,121,732
49.00%
財政部
台灣菸酒公司
亞洲物流(股)公司
49,000
49.00%
經濟部
中油公司
中殼潤滑油(股)公司
61,894
49.00%
淳品實業(股)公司
382,566
49.00%
台耀石化材料科技(股)公司
252,720
49.00%
環能海運(股)公司
2,441,196
48.00%
曄揚(股)公司
385,716
47.00%
國光電力(股)公司
2,836,327
45.00%
尼米克船東控股(股)公司
2,852,494
45.00%
尼米克船舶管理(股)公司
51,034
45.00%
國光石化科技(股)公司
20,151
43.00%
華威天然氣(股)公司
1,963,226
40.00%
宏越責任有限公司
580,293
40.00%
台糖公司
輝瑞生技(股)公司
9,613
45.00%
中美嘉吉(股)公司
56,000
40.00%
越台糖業有限責任公司
282,776
40.00%
加工出口區作業基金
台灣絲織開發(股)公司
150,000
45.24%
交通部
直接投資
桃園航勤(股)公司
600,708
45.00%
中華郵政(股)公司
中華快遞(股)公司
40,000
40.00%
臺灣港務(股)公司
臺灣港務國際物流(股)公司
74,504
40.00%
高速鐵路相關建設基金
台灣高速鐵路(股)公司
25,479,073
43.00%
退輔會
國軍退除役官兵安置基金
國華海洋企業(股)公司
51,500
49.68%
欣欣客運(股)公司
343,709
49.07%
泛亞工程建設(股)公司
745,523
47.91%
欣欣大眾市場(股)公司
375,073
43.16%
欣林天然氣(股)公司
677,956
42.37%
欣隆天然氣(股)公司
433,930
42.00%
欣桃天然氣(股)公司
1,008,990
41.45%
欣中天然氣(股)公司
1,201,178
40.06%
欣欣水泥(股)公司
502,872
40.04%
合計：30家
45,031,754
-
※註：1.資料來源，整理自各部會提供資料。
(二)部分公私合營事業之公股持股比率頗高，恐失卻引進優良營運績效事業之合作機會
依據中央政府特種基金參加民營事業投資管理要點第2點規定：「各基金參加民營事業投資，尋求合作對象時，應以優先選擇能協助投資事業健全發展，且具有下列條件之一之企業作為主要投資股東為原則：(一)在國內公開上市，且營運績效優良。(二)國際知名，且營運績效優良。(三)對於計畫投入之產業，具有專業經營能力。」旨在透過國內或國際間營運績效良好企業之參與，協助公私合營事業更健全發展。惟如前述，部分公私合營事業之公股比率逼近5成，營運近同國營事業，恐失卻引進其他營運績效良善企業加入參與經營之機會。允可篩選如關貿網路公司、財金資訊公司、桃園航勤公司等政府高持股、然近年績效表現停滯或衰退者，分析診斷適合委外任務，以漸進策略方式，引進適合之長期合作或委外績優機構參與營運，並定期滾動評估成效。
(三)部分事業最適公股持股比率與現況存有落差，允有檢視空間
查部分政府投資事業基於政策考量，經過參與事業增資認股或出脫持股後，公股比率與最適持股比率已存有相當落差，惟未見主管機關參酌實況適時檢討修訂。如交通部投資台航公司之公股持股比率於100年以前即降為26.46%，另陽明海運公司近年來因國發基金及台航公司等公股參與該公司增資認股，股權逐步由36%提高至45%，惟最適公股持股比率仍依據行政院99年及101年公營事業民營化推動及監督管理委員會議決議及再檢討結果皆維持為34%，與公股股權管理及處分要點第11點第1項：「各國營事業移轉民營後，公股股權管理機關應規劃政府中長期最適持股比率，報請行政院核定；該最適持股比率，並應定期檢討。」規定未合。主管機關允宜就政策任務、行業別及事業長遠發展需求等綜合考量，適時檢討修訂投資事業之最適公股股權比率，以符實況。
(四)公股為最大股東，卻由民股擔任董事長，其妥適性及公股權益維護值予檢討
依據國營事業管理法第3條第3項規定：「政府資本未超過50%，但由政府指派公股代表擔任董事長或總經理者，立法院得要求該公司董事長或總經理至立法院報告股東大會通過之預算及營運狀況，並備詢。」
惟查截至107年3月底止，各部會轉投資事業官股持股比率最高，惟卻未指派公股代表擔任董事長計有30家(詳附表8)，其中以國發基金13家最多，次為退輔會主管8家。就個別事業觀之，如國發基金轉投資之台杉水牛投資(股)公司(持股34.41%)、全球創業投資(股)公司(持股30.52%)，交通部主管台灣港務(股)公司轉投資之臺灣港務國際物流(股)公司(持股40.00%)，經濟部主管中油公司轉投資之尼米克船東控股(股)公司(持股45.00%)、台糖公司轉投資之越台糖業有限責任公司(持股40.00%)、加工出口區作業基金轉投資之台灣絲織開發(股)公司(持股45.24%)；及退輔會主管國軍退除役官兵安置基金轉投資之欣中天然氣(股)公司(持股40.06%)等，主管機關皆未發揮最大股權優勢派任公股董事長，妥適性待酌；且亦無法按上開國營事業管理法第3條第3項規定要求公司董事長或經理人至國會報告事業營運狀況或重大決策，如何完善維護公股權益容待檢討。
附表8：中央政府各主管機關(含所屬)轉投資公私合營事業持股高卻非由官股派任董事長之一覽表
主管機關
轉投資事業名稱
官股持股比率
最大股東持股比率
行政院-國發基金
全球創業投資(股)公司
30.52%
30.52%
健亞生物科技(股)公司
26.54%
26.54%
台安生物科技(股)公司
30.00%
30.00%
波若威科技(股)公司
4.08%
4.08%國光生物科技(股)公司
13.37%
13.37%
太景醫藥研發控股(股)公司
21.79%註3
12.35%
中裕新藥(股)公司
15.98%
15.98%
利翔航太電子(股)公司
14.84%
14.84%
信東生技(股)公司
10.76%
10.76%
藥華醫藥(股)公司
10.09%
10.09%
太極影音科技(股)公司
18.22%
18.22%
晶心科技(股)公司
14.67%
14.67%
台杉水牛投資(股)公司
34.41%
34.41%
交通部
臺灣港務國際物流(股)公司
40.00%
40.00%
台灣高速鐵路(股)公司
48.68%
43.00%
財政部
台灣產物保險(股)公司
20.67%註4
17.84%
經濟部
越南台海石油(股)公司
35.00%
35.00%
尼米克船東控股(股)公司
45.00%
45.00%
台灣花卉生物技術(股)公司
24.31%註5
20.24%
越台糖業有限責任公司
40.00%
40.00%
台灣絲織開發(股)公司
45.24%
45.24%
台灣育成中小企業開發(股)公司
14.53%
14.53%
退輔會
欣欣天然氣(股)公司
25.79%
25.79%
欣泰石油氣(股)公司
24.62%
24.62%
欣中天然氣(股)公司
40.06%
40.06%
欣彰天然氣(股)公司
34.08%
34.08%
欣雲天然氣(股)公司
28.80%
28.80%
欣南天然氣(股)公司
26.07%
26.07%
大台南區天然氣(股)公司
28.80%
28.80%
遠榮氣體工業(股)公司
39.82%
39.82%
※註：1.各主管機關提供至107年3月底止統計資料。
2.台灣高速鐵路公司官股比率48.68%，包括交通部43.00%、台糖公司3.55%及行政院國發基金2.13%。太景醫藥研發控股公司官股比率21.79%，包括國發基金12.35%及台糖公司9.44%。台灣產物保險公司公股比率20.67%，包括台灣銀行17.84%及台灣土地銀行2.83%。台灣花卉生物科技公司公股比率24.31%，包括台糖公司17.74%及國發基金6.57%。
(五)對公股代表之考核尚待精進
為加強公股股權管理，依據公股股權管理及處分要點第12點規定：「…公股代表之遴選、考核及解職，由公股股權管理機關參照相關法規，訂定管理考核要點辦理。」查各部會雖訂有公股代表考核規定並每年辦理考核作業，並依據考核結果作為繼續遴派公股代表之參據。惟：
1.農委會主管台灣肥料(股)公司及台北農產運銷(股)公司105年考核公股代表計8人，皆評為適任。查台肥公司所產肥料約占國內7成市場，具獨占地位，然部分再轉投資事業發生嚴重虧損，連帶影響母公司須認列鉅額損失；台北農產運銷公司亦引發休市導致蔬果產銷調節問題及公股代表有無善盡監督責任之爭議。
2.財政部主管之兆豐金控及第一金控105年評核公股代表16名，有15名評為適任(80分以上)，僅1名評為待加強，無評列為不適任應予撤換（60分以下）。惟查105年間兆豐銀行總行及紐約分行因爆發內控及法令遵循等嚴重疏失，遭美重罰1億8千萬美元，並經監察院106年6月糾正公股代表管理失靈之違失；另家公股行庫第一銀行為海軍獵雷艦聯貸案主辦銀行，卻於106年間爆發該公司詐貸、不實增資等弊案，造成整體公股銀行團損失粗估逾百億元，主管機關於事後撤換公股董事長，凸顯公股代表事前考核作業未盡落實。
3.交通部主管陽明海運公司虧損多年，104年度各季皆為虧損，全年虧損達77億餘元，當年度交通部考核官派董事長卻評為「成效卓著」，105年度虧損再擴大。按所訂派任公民營事業機構負責人經理人及董監事績效考核表，將事業經營績效及股東權益報酬率列為考評重要指標項目，歷年考核之客觀性及能否確實評列公股代表之適任性及能力，遂引發質疑。