「行政院活化閒置公共設施推動方案」規定，由主管機關清查各機關已停工，但未依原計畫使用、使用率偏低或長期停工具潛在閒置情形之公共設施，納入列管；「行政院活化閒置公共設施續處作法」規定，主管機關對於轄管或歷年補助地方興建之公共設施，應適時清查並掌握其使用現況，如有低度使用或閒置情形，應持續輔導協助完成活化，工程會並發函及於督導會議請各主管機關、縣市政府清查後納入列管。惟查：
(一)部分機關發現設施有閒置或低度利用情形卻未通報
1.依據審計部96年至97年間查核發現，內政部及原民會等目的事業主管機關，請縣市政府協助清查閒置設施，其中「梅山村文化聚落所」、「花蓮縣新城鄉原住民文化館」有閒置情形，主管機關卻未提報專案小組列管（詳附表3-7-1）；另審計部及所屬調查發現「臺西鄉牛厝公有零售市場」、「臺西鄉臺西公有零售市場」及「臺西鄉崙豐公有零售市場」、「綠島南寮漁港交通船專用港」、「臺東藝術村（美濃）」、「海巡署第63大隊鵝鑾鼻哨」等屬低度利用或完全閒置情形，相關機關亦未依規定通報工程會（詳附表3-7-2）。
其中「花蓮縣新城鄉原住民文化館」、「綠島南寮漁港交通船專用港」、「臺東藝術村（美濃）」、「海巡署第63大隊鵝鑾鼻哨」等案，設施完工數年均未啟用，經工程會一再函請主管機關清查，均稱設施正常使用中，無閒置或低度使用情形，惟專案小組至現場查核後發現確有低度利用或完全閒置情形，顯示主管機關及設施管理機關清查及通報未盡確實。
附表3-7-1：經主管機關清查後卻未提報專案小組列管之閒置設施
單位：新臺幣千元
公共設施名稱
目的
事業主管機關
設施
管理機關
總建造經費
梅山村文化聚落所（梅山活動中心）
內政部
高雄縣政府
8,000
花蓮縣新城鄉原住民文化館
原住民族委員會
花蓮縣政府
9,000
※註：1.資料來源，整理自審計部105年3月專案審計報告「行政院辦理閒置公共設施活化執行情形」及工程會提供資料。
2.表列資料僅列出經確認確有閒置情形者；另「梅山村文化聚落所（沒梅山文化中心）」一案，工程會表示：因內政部說明尚在施工中，故未納入列管。
附表3-7-2：經審計機關調查發現之閒置或低度利用設施卻未依規定提報列管 單位：新臺幣千元
公共設施名稱
目的
事業主管機關
設施
管理機關
總建造經費
臺西鄉牛厝公有零售市場
經濟部
雲林縣政府
33,060
臺西鄉臺西公有零售市場
經濟部
雲林縣政府
23,400
臺西鄉崙豐公有零售市場
經濟部
雲林縣政府
5,560
綠島南寮漁港交通船專用港
交通部
臺東縣政府農業處
400,700
臺東藝術村（美濃）
文化部
(原文建會)
臺東縣政府
10,500
海巡署第63大隊鵝鑾鼻哨
海洋委員會
(原海巡署)
海洋委員會
(原海巡署)
7,674
※註：1.資料來源，整理自審計部105年3月專案審計報告「行政院辦理閒置公共設施活化執行情形」及工程會提供資料。
2.表列資料僅列出經確認確有閒置情形者。
2.另審計部及所屬101年查核發現，中央機關補助興建之「彰化縣臺灣葡萄產業文化園區」、「雲林縣四湖鄉農漁村生活文化館」、「將軍漁港觀光漁市漁貨直銷中心」、「屏東縣琉球鄉漁村生活文物館」、「花蓮縣環保科技園區」、「花蓮多功能漁港漁業場館」及「花蓮無毒農業園區」等7件有閒置或低度利用情形，主管機關或未詳予清查，或決議由各主管機關自行列管，清查、提報列管作業有欠積極。
(二)部分案件發生閒置或低度利用情形已有相當時日，經媒體書籍報導或監察院調查後始納入列管
目前列管閒置設施中，部分設施實際發生閒置情形已有相當時日，主管機關或設施管理機關卻未發現或通報，直至報章雜誌刊登或監察院調查後，始納入列管，以近年案例而言，如臺鐵新烏日站自101年1月1日啟用後，地上3至5層空間設施即有閒置情形，臺鐵局卻未確實清查、提報，經媒體報導後遲至104年10月底納入列管，迄107年3月底尚在進行裝修工程；澎湖縣白沙鄉水族館自103年11月與廠商解約，無法繼續經營而閒置，經由「海市蜃樓V」於105年5月揭露，直至105年11月行政院活化閒置公共設施105年第3季督導會議始納入列管；東埔原住民活動中心自102年3月即因硬體設施老舊、效能降低而停止營運，105年3次委外營運未果，經媒體報導後至106年6月納入列管；桃園航空客運園區污水處理廠自94年9月底完工後，即因桃園市政府拒絕接管營運，及人口未如預期，污水量不足，迄今仍未啟用運作，經監察院調查關切，至107年2月召開之行政院活化閒置公共設施106年第4季督導會議始納入列管(詳3-7-3)。
附表3-7-3：設施閒置或低度利用已有相當時日經媒體報導或監察機關調查始納入列管 單位：新臺幣千元
公共設施名稱
目的
事業主管機關
設施
管理機關
總建造經費
臺鐵新烏日站3-5樓
交通部
交通部臺灣鐵路管理局
1,342,000
澎湖縣白沙鄉水族館
行政院農業委員會
行政院農業委員會水產試驗所
680,000
東埔活動中心
原住民族委員會
原住民族委員會
8,419
桃園航空客運園區（污水處理廠）
交通部
交通部民用航空局
466,430
※註：1.資料來源，整理自工程會提供資料及歷年行政院活化閒置公共設施督導會議紀錄。
(三)部分設施雖有閒置或低度利用，惟迄至107年3月底仍未納入列管
另依審計部專案報告及監察院糾正案文，亦可發現部分設施閒置或低度利用情形事證明確，且發生迄今已有相當時日，惟迄未納入工程會列管，如臺南大學七股校區公共設施工程自98年至103年陸續完工，師生未能進駐使用，長期閒置；環保署補助澎湖縣政府設置垃圾分選廠103年3月竣工後，試運轉期間效能與預期目標相距甚遠，加上規劃不善，難以運作，（詳附表3-7-4）。
附表3-7-4：監察院糾正案提出閒置情形，惟未曾納入列管之設施
閒置設施名稱
閒置或低度利用情形
資料來源
臺南大學七股校區
臺南大學耗資5.8億元辦理七股校區公共設施工程，於98年至103年陸續完工，惟因未能完成校區設置計畫之修定，致尚無師生進駐使用，長期閒置，每年尚須耗費4百萬元管理費
監察院107年5月10日107教正0006號糾正案文
澎湖低碳島垃圾分選廠
環保署補助澎湖縣政府4,809萬餘元設置垃圾分選廠，惟自103年3月完工後，試運轉期間實際平均分選量僅3.59%，與預期30%相去甚遠，逾九成六垃圾仍須轉運回臺處理，加上配置、動線規劃不善，肇致民眾抗爭不斷及員工離職頻繁，使該廠分選作業無法正常運作
監察院106年10月11日106財正0021
雖審計部96年至101年陸續查核發現部分機關之設施有閒置或低度利用，惟主管機關未通報或未確實清查，甚至一再復稱正常使用，經專案小組現場查核卻發現確有閒置情形；部分案件則存有發生甚久，直至媒體、書籍揭露或監察院調查，始通報列管；部分設施閒置或低度利用已有相當時日，卻迄今尚未納入列管，均顯示該等機關對於閒置設施之清查、通報有欠積極，甚或存有隱匿情形，允宜改善。