按預算法第4條第1項第2款：「…歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左…(五)有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。…。」暨財政紀律法第8條第4項：「中央政府非營業特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，應裁撤之。裁撤機制由行政院另定之。」經查：
(一)部分特別收入基金無獨立特定收入財源，高度仰賴國庫撥款，與特別收入基金規範未盡相符
111年度中央政府總預算案計編列26個特別收入基金(詳表1)，基金來源總計3,190億8,719萬1千元，基金用途總計3,090億5,164萬7千元，收支相抵賸餘100億3,554萬4千元，如扣除當年度政府撥入收入1,160億1,154萬6千元(占特別收入基金總來源比率36.36%)，則短絀1,059億7,600萬2千元。其中行政院國家科學技術發展基金、行政院公營事業民營化基金、促進轉型正義基金、新住民發展基金、國土永續發展基金、毒品防制基金等基金，因欠缺獨立特定收入財源，多仰賴國庫撥款，111年度政府撥入收入占各該基金來源比率均逾90%，與特別收入基金精神未盡相符，容有檢討空間。行政院允宜針對缺乏獨立特定財源且性質類屬普通基金之特別收入基金進行改列或裁撤，俾符前揭法令規範。
(二)特別收入基金宜研酌建立隨收隨付制度，俾健全基金財務
前述26個特別收入基金之111年度預算案收支相抵後為短絀者計15個，短絀數合計高達227億2,195萬9千元。該等基金長期累積龐大之短絀，未來極可能須由國庫資金撥補，恐成為政府財政負擔。允宜參考美國部分信託基金設置精神，視基金性質研酌採取「隨收隨付制」（pay-as-you-go system），加強費用控管與使用者付費徵收，以健全基金財源。如以經濟特別收入基金為例，111年度基金來源138億1,796萬7元，基金用途144億9,718萬4千元，收支相抵短絀6億7,921萬7千元，若依該精神，則須調高使用者徵收費率或減少支出，以維持財務健全。另91年行政院財政改革委員會委託研究報告指出，應力求特別收入基金自償率之推動，建議基金設立之初即需估算各年度自償率並定期評估其達成率，當其嚴重偏離時，應追究相關責任，如無法自償者，則裁撤該基金；且自償率高低亦為基金設立與否之憑藉，因自償率高低將攸關國庫之最終負擔額度。
綜上，部分特別收入基金缺乏獨立特定收入財源而多仰賴國庫撥款，且性質偏屬公務功能，與預算法第4條特別收入基金相關規定未盡相符，允宜檢討改編列單位預算或予以裁撤；另基金管理機制宜研酌建立隨收隨付制，強化使用者付費徵收與費用控管，以健全基金財務。
（分機：1929 吳昀雲）
表1 111年度特別收入基金來源分析表 單位：新台幣千元
基金別
基金來源
徵收及依法分配收入
政府撥入收入
政府撥入款占基金來源比重
中央研究院科學研究基金
4,133,471
0
1,288,395
31.17%
行政院國家科學技術發展基金
44,764,341
0
42,894,933
95.82%
離島建設基金
6,824
0
0
-
行政院公營事業民營化基金
9,142,188
0
8,800,000
96.26%
花東地區永續發展基金
6,000
0
0
-
促進轉型正義基金
5,000
0
5,000
100.00%
新住民發展基金
501,145
0
500,000
99.77%
研發及產業訓儲替代役基金
415,664
411,929
0
-
警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
1,952
0
0
-
國土永續發展基金
9,481,405
9,413
9,471,992
99.90%
學產基金
798,385
0
0
-
運動發展基金
3,834,100
3,800,000
0
-
大專校院轉型及退場基金
1,690
0
0
-
毒品防制基金
424,633
0
424,621
100.00%
經濟特別收入基金
13,817,967
13,169,795
0
-
核能發電後端營運基金
26,260,471
21,669,200
0
-
航港建設基金
8,888,687
6,404,618
0
-
核子事故緊急應變基金
115,838
114,000
0
-
農業特別收入基金
43,296,849
1,142,535
34,590,613
79.89%
就業安定基金
27,188,391
25,700,011
214,831
0.79%
衛生福利特別收入基金
86,611,719
70,537,892
15,286,161
17.65%
環境保護基金
11,335,251
8,586,627
2,535,000
22.36%
金融監督管理基金
27,476,850
26,459,849
0
-
通訊傳播監督管理基金
221,637
218,064
0
-
有線廣播電視事業發展基金
308,652
308,208
0
-
反托拉斯基金
48,081
46,694
0
-
合計
319,087,191
178,578,835
116,011,546
36.36%
資料來源：111度中央政府總預算案「附屬單位預算及綜計表-非營業部分」。