按財團法人法為健全財團法人制度，防止發生逃漏稅或其他舞弊，參酌「上市上櫃公司誠信經營守則」1之精神，引進內部控制、稽核制度以及會計師查核簽證機制2，並規定政府捐助之財團法人(以下簡稱財團法人)應建立內部控制、稽核制度及會計制度。茲就財團法人相關制度之建立及落實情形，說明如下：
(一)財團法人法最後補正期限已於110年1月底屆期，部分財團法人內部控制及稽核制度仍未完備
1.依財團法人法第61條第1項規定，政府捐助之財團法人應建立人事、會計、內部控制及稽核制度，報主管機關核定。爰政府捐助之財團法人，無論基金規模或年度收入金額大小均應建立內部控制及稽核制度3，並報主管機關核定，以強化管理。另本院審查110年度中央政府總預算案曾作決議略以4，部分財團法人截至109年4月底尚未依財團法人法規定完備內部控制及稽核制度，鑒於財團法人法賦予主管機關對政府捐助之財團法人採高密度監督之權力，請法務部督促各主管機關依財團法人法相關規定辦理。
2.依財團法人法第67條第1項及第2項規定5，財團法人與該法規定不符者，應自該法施行後1年內補正，但情形特殊未能如期辦理，並報經主管機關核准延長者，不在此限，延長期間以1年為限。該法於107年8月1日制定公布，並自108年2月1日施行，最後補正期限已於110年1月底屆期。
3.截至110年4月底止，尚有少數財團法人未完成內部控制及稽核制度之建立（詳表1）。詢據該等財團法人尚未完備原因包括刻正研訂制度或依主管機關意見修正或尚待主管機關核定中或已訂內部稽核作業手冊，因未符財團法人法規範而刻於補正中。
表1 迄110年4月底財團法人尚未完備內部控制及稽核制度表
主管
機關
財團法人
政府捐助基金比率(%)
內部控制
稽核制度
內政部
台灣省義勇人員安全濟助基金會
100.00
無
109/10/05
內政部
警察學術研究基金會
85.00
無
無
退輔會
榮民榮眷基金會
100.00
無
無
衛福部
鄒濟勳醫學研究發展基金會
97.88
尚未備查
尚未備查
農委會
農業工程研究中心
100.00
無
無
農委會
桃園農田水利研究發展基金會
100.00
無
無
農委會
曹公農業水利研究發展基金會
100.00
無
無
司法院
法律扶助基金會
100.00
重新修訂
重新修訂
說 明：警察學術研究基金會於77年經教育部准予設立，109年11月17日經教育部認定為政府捐助財團法人，同年移由內政部管轄。
資料來源：彙整各部會110年6月3日至7月20日陸續提供資料。
(二)部分財團法人內部控制及稽核制度未盡確切落實
1.按財團法人建立之內部控制制度允應有效推動落實，始能發揮提升營運效能與防弊之功能，而內部稽核之任務係為協助董事會及經理人檢查及覆核內部控制制度之缺失，以確保內部控制制度得以持續有效實施，並作為檢討修正內部控制制度之依據6。截至110年4月底止，部分財團法人已建立內部控制及稽核制度，惟制度之落實有待加強，例如：
(1)尚未進行內部控制制度遵行情形之稽核：部分財團法人迄110年4月底尚未進行內部控制遵行情形之稽核，例舉詳如表2，其中內部控制及稽核制度經主管機關核定已逾1年者不在少數。詢據回覆尚未落實稽核制度原因主要包括刻正訂定內部稽核計畫而預計110年度下半年執行稽核；財團法人性質屬非營利機構，且主管機關已辦理實地查核；工作人員皆非專職；缺乏人力；財務報表業經會計師查核簽證及其查核時已針對內部控制進行查核，若有顯著缺失於查核報告自會揭露等。
(2)稽核工作之落實與制度規範未盡一致：部分財團法人稽核制度規範應設置內部稽核隸屬董事會並執行年度稽核，實際卻未設置稽核人員亦未執行稽核。例如，台灣糖業協會及中法文化教育基金會。
(3)內部稽核頻率過低：財團法人建立之稽核制度係為確保適當有效之內部控制制度持續運作，並適時提出改善建議。惟部分財團法人內部稽核頻率過低，恐難以適時發揮稽核功能。例如，農委會主管之台灣養殖漁業發展基金會及臺灣兩岸漁業合作發展基金會稽核頻率為3年1次。
2.部分財團法人以主管機關已執行查核或財務報表簽證會計師業查核內部控制，若有顯著缺失於查核報告自會揭露等理由而未落實稽核制度。核前開理由難謂合理，主管機關及財務報表簽證會計師之查核均無法取代內部稽核功能，財團法人允應落實稽核制度，謹說明如下：
(1)主管機關之查核無法取代內部稽核功能：按內部控制制度主要目的係為合理確保營運效果與效率、法令規章之遵循，而內部稽核制度目的在於協助董事會及經理人檢查及覆核內部控制制度之缺失及衡量營運效果及效率，並適時提供改進建議，以確保內部控制制度得以持續有效實施及作為檢討修正內部控制制度之依據。主管機關之查核係基於財團法人法7規定或職權監督需要，查核所管財團法人業務與財務狀況及投資情形，有別於內部稽核之範圍與目標，無法取代稽核制度之落實。是以，部分財團法人以主管機關已有查核而未落實稽核制度，妥適性恐有待商榷。
(2)財務報表簽證會計師之查核無法取代內部稽核功能：依會計師法第47條8及會計師職業道德規範公報第10號第9條及附錄施行細則第2部分規範9，會計師有涉及影響獨立性之情事，不得承辦財務報告之簽證工作，而會計師於獨立性自我評估時，應確認其審計客戶瞭解內部稽核工作為審計客戶之職責，須負責建立、維護與監督內部控制系統及指派適任人員擔任內部稽核工作，爰會計師辦理財務報告簽證之查核工作(包括對受查客戶內部控制之評估)，與受查客戶內部稽核之職能，二者不得相互取代。部分財團法人以財務報表經會計師查核而未落實稽核制度，恐非妥適。
3.揆諸前述，部分財團法人雖已建立內部控制及稽核制度，惟仍存有未進行內部控制制度遵行情形之稽核、稽核工作之落實與制度規範未盡一致、內部稽核頻率過低等未盡完善之處，且部分財團法人以主管機關已執行查核或財務報表業經會計師查核等理由而未落實稽核制度，與相關規範未盡相合，二者均無法取代內部稽核功能，鑒於財團法人法賦予主管機關對政府捐助之財團法人採高密度監督之權力，各主管機關允宜持續督促所轄財團法人落實內部控制及稽核制度。
表2 部分財團法人迄110年4月底尚未進行內部控制遵行情形之稽核一覽表
主管
機關
財團法人
政府捐助基金比率(%)
內部控制
稽核制度
內政部
中央營建技術顧問技術社
76.19
109/01
109/01
內政部
台灣省義勇人員安全濟助基金會
100.00
無
109/10
內政部
台灣建築中心
60.85
109/04
109/04
內政部
二二八事件紀念基金會
100.00
110/01
110/01
文化部
文化台灣基金會
100.00
110/01
110/01
文化部
中法文化教育基金會
100.00
109/03
109/03
文化部
中華民國電影事業發展基金會
80.00
108/12
108/12
文化部
台灣美術基金會
88.45
110/02
110/02
文化部
台灣生活美學基金會
100.00
109/03
109/03
文化部
台灣博物館文教基金會
100.00
109/11
109/11
文化部
蒙藏基金會
89.03
109/05
109/05
法務部
財團法人臺灣更生保護會
0.00
109/11
109/11
法務部
犯罪被害人保護協會
100.00
109/11
109/11
原能會
中華民國輻射防護協會
85.20
109/05
109/05
原能會
核能資訊中心
78.06
109/05
109/05
教育部
私立學校興學基金會
65.57
108/12
108/12
教育部
中華幼兒教育發展基金會
100.00
109/10
109/10
教育部
社教文化基金會
100.00
109/02
109/02
教育部
台灣省童軍文教基金會
100.00
109/02
109/02
教育部
台灣省中小學校教職員福利文教基金會
100.00
109/02
109/02
陸委會
台港經濟文化合作策進會
50.88
110/05
104/07
衛福部
醫院評鑑暨醫療品質策進會
81.64
109/09
109/09
衛福部
鄒濟勳醫學研究發展基金會
97.88
尚未核定
尚未核定
環保署
環境資源研究發展基金會
100.00
86/03
86/03
環保署
環境權保障基金會
100.00
110/02
110/02
環保署
大嵙崁環境永續發展基金會
100.00
109/04
109/04
經濟部
台灣糖業協會
100.00
109/02
109/02
農委會
中華民國對外漁業合作發展協會
96.92
109/08
109/08
農委會
台灣養殖漁業發展基金會
91.05
109/04
109/04
農委會
台灣區鰻魚發展基金會
98.86
109/02
109/02
農委會
豐年社
97.64
108/08
108/08
農委會
維謙基金會
100.00
109/08
109/08
農委會
七星農業發展基金會
100.00
109/08
109/08
農委會
七星環境綠化基金會
100.00
109/04
109/04
農委會
台灣海洋保育與漁業永續基金會
86.13
109/05
109/05
說 明：1.上表內部控制及稽核制度欄位載示日期為內部控制及稽核制度經主管機關核定日期。
2.財團法人臺灣更生保護會為日本撤退台灣接收其所遺留財產而成立之財團法人。
資料來源：彙總各部會110年6月3日至7月20日陸續提供資料。
(三)部分財團法人規模過小，依財團法人法落實制度恐有窒礙，主管機關容宜全盤檢視效益，衡酌解散或整併之可行性
1.部分財團法人規模甚小，例如，內政部主管義勇人員安全濟助基金會、文化部主管之台灣美術基金會與中法文化教育基金會、教育部主管中華幼兒教育發展基金會、社教文化基金會與臺灣省童軍文教基金會，以及衛福部主管之鄒濟勳醫學研究發展基金會等107年度至109年度總收入及總支出多低於5百萬元，甚有僅數十萬元或5千元者(詳表3)。且上開財團法人多無專職員工，部分由公務機關或學校醫院人員兼辦相關業務，租用或無償使用兼辦人員所屬機構辦公室(詳表4)。
2.前開小規模財團法人除鄒濟勳醫學研究發展基金會內部控制及稽核制度尚未獲核定及義勇人員安全濟助基金會尚未建立內部控制制度，其餘已建立內部控制及稽核制度者，卻未確切落實，詢據渠等多因業務單純及無專職人員或人力過少之故。
3.鑒於部分財團法人規模過小，業務單純，且無專職人員而由公務機關或學校醫院人員兼辦，落實內部控制及稽核制度恐有窒礙。復以主管機關依財團法人法對是類財團法人仍負監督查核之責，若為主管機關人員兼辦財團法人業務，亦有球員兼裁判疑慮。再細究未確切落實內部控制及稽核制度之財團法人(詳表2)，部分財團法人容同屬類似領域範圍，或可斟酌整併之可行性，例如農委會主管中華民國對外漁業合作發展協會、台灣養殖漁業發展基金會、台灣區鰻魚發展基金會、台灣海洋保育與漁業永續基金會及台灣兩岸漁業合作發展基金會等。據上，各主管機關允宜全盤檢視所轄財團法人，衡酌其規模經濟、效益及業務性質相近性等，研謀整併之可行性或應否依財團法人法第58條規定10予以解散。
綜上，財團法人法最後補正期限已於110年1月底屆期，部分財團法人仍未依規定完備內部控制及稽核制度，另部分財團法人雖已完備制度，惟存有未進行內部控制制度遵行情形之稽核、稽核工作之落實與制度規範未盡一致、內部稽核頻率過低等未盡完善之處。鑒於財團法人法賦予主管機關對政府捐助之財團法人採高密度監督之權力，各主管機關允宜督促所轄財團法人確切落實制度。此外，部分財團法人規模過小，依財團法人法落實制度恐有窒礙，各主管機關容宜全盤檢視所轄政府捐助之財團法人規模經濟與效益，研謀解散或整併之可行性，以利政府監督資源效率運用，並增進財團法人效益。
表3 部分小規模政府捐助之財團法人收支情形摘錄表
單位：新台幣千元
主管機關
財團法人
107年度
108年度
109年度
總收入
總支出
總收入
總支出
總收入
總支出
內政部
義勇人員安全濟助基金會
1,849
1,370
1,849
3,388
1,597
1,465
文化部
臺灣美術基金會
2,337
2,974
5,137
5,069
3,136
3,363
中法文化教育基金會
216
211
216
175
210
169
教育部
中華幼兒教育發展基金會
313
394
389
496
396
440
社教文化基金會
2,208
5,102
2,809
5,461
2,027
4,763
臺灣省童軍文教基金會
12
5
12
5
12
12
農委會
維謙基金會
3,616
3,399
3,643
3,279
6,081
6,791
衛福部
鄒濟勳醫學研究發展基金會
1,383
1,295
1,397
1,255
1,194
881
資料來源：彙總各部會110年6月3日至7月20日陸續提供資料。
表4 部分小規模政府捐助之財團法人專職員工、辦公處所面積摘錄表 單位：人；坪
主管機關
財團法人
109年底專職員工人數
辦公處所
權屬
面積(坪)
內政部
義勇人員安全濟助基金會
0
註1
註1
文化部
臺灣美術基金會
1
無償借用
註2
中法文化教育基金會
0
承租
4.19
教育部
中華幼兒教育發展基金會
0
自有
36.7
社教文化基金會
2
承租
57
臺灣省童軍文教基金會
0
無償借用國有不動產
10
農委會
維謙基金會
3
自有
95
衛福部
鄒濟勳醫學研究發展基金會
0
承租
7.67
說 明：1.義勇人員安全濟助基金會由警政署現職人員兼辦該財團法人業務，無專屬辦公室。
2.臺灣美術基金會表示於國立台灣美術館內辦公，無法估算實際辦公面積。
資料來源：彙總各部會110年6月3日至7月20日陸續提供資料。
（分機：8653 江穗美）