竹科、中科與南科111年度預算案「營建行政」計畫分別編列178萬4千元、418萬4千元及85萬6千元，辦理園區公共設施開發及維護等營建管理業務所需經費，以及竹科於「地政及規劃」計畫編列627萬2千元、中科與南科於「建管行政」計畫分別編列364萬2千元、171萬4千元，辦理園區開發及營運管理事項。茲說明如下：
(一)竹科管理局放棄徵收之原竹科3期用地經新竹縣政府規劃區段徵收辦理開發，經媒體披露污水排放問題影響民眾用水
1.據媒體報導，新竹縣政府積極重啟在高鐵站附近之「竹東鎮（工研院暨附近地區）特定區」（竹科三期），惟竹科三期預計將污水排入新竹主要水源頭前溪，若不慎造成水質惡化，將影響使用頭前溪之75萬新竹人用水與健康。
2.詢據科技部回覆略以，竹科已於84年因民眾嚴重抗爭而放棄徵收三期土地，新竹縣政府辦理之「變更竹東鎮（工研院暨附近地區）特定區主要計畫（第二次通盤檢討）案」(俗稱「科三期」或「縣三期」)規劃區段徵收範圍所含之原竹科三期部分，目前非屬竹科開發範圍。
(二)竹科三期用地目前雖非竹科開發範圍，惟經行政院同意於109年間核定之竹科寶山用地第2期擴建計畫載明將該案鄰近園區之完整街廓產業專用區納為未來擴建需求用地
詢據科技部表示，考量新竹園區土地仍供不應求，且因應未來產業轉型發展及引進創新能量，確實需預留擴充用地，爰為使園區與地方共榮雙贏，待新竹縣政府完成該案區段徵收程序後，將該案鄰近園區之完整街廓產業專用區(縣府取得之配售地)，納入未來擴建需求，另案陳報行政院核定後納入科學園區，並業依108年12月2日國發會召開「新竹科學園區(寶山用地)第2期擴建計畫」進度督導會議結論，將上開同意納入未來擴建需求之相關內容載明於109年5月22日奉行政院核定之「新竹科學園區(寶山用地)第2期擴建計畫」內。
(三)科學園區尚有多件刻正進行之擴建或籌設計畫
1.三園區自107至109年間陸續進行之擴建或籌設計畫計有竹科寶山第1、2期擴建計畫、X基地籌設計畫及南科台南園區擴建計畫與高雄橋頭園區籌設計畫(詳表1)。
2.110年度為建構南台灣科技廊帶，擴散南科既有產業聚落效應，帶動地區發展，進行屏東及嘉義科學園區之評估規劃。預計屏東園區面積為73.83公頃，採租用台灣糖業股份有限公司(下稱台糖)土地方式，預計園區主要產業為智慧農醫、綠色材料、太空科技；預計嘉義園區面積為88公頃，土地大部分為台糖所有，將採租用方式，預計園區主要產業為精準健康、智慧載具、智慧農業(詳表1)。
(四)園區擴建與籌設，允宜殷鑑過往開發屢因環評及原土地所有人或使用者權益爭議延宕進度及營運後衍生交通壅塞等問題，預為綢繆因應
科學園區設立以來，已帶動高科技產業發展，對我國經濟具相當貢獻，並使台灣在國際高科技產業占有一席之地。惟科學園區之開發屢因環評或用水等因素引發爭議，例如南科高雄橋頭園區橋科案一級保育類動物草鴞棲地保育與中崎有機園區農民權益、中科后里園區排擠農業用水、二林園區因用水及廢水排放等爭議，均影響科學園區之開發進度及社會對科學園區之觀感。另竹科、中科及南科等園區發展聚集大量就業人口，惟過度交通負荷量衍生園區鄰近地區交通壅塞，致民眾通勤時間增加。揆諸前述，各園區就刻正進行之擴建或新設園區籌設計畫，允宜周妥規劃與建立溝通平台，避免環評與土地使用爭議影響開發進度，及過度交通負荷量造成交通壅塞。
綜上，科學園區刻正進行之擴建或新設籌設計畫包括竹科寶山第1、2期擴建計畫、X基地籌設計畫、南科高雄橋頭園區籌設計畫、屏東及嘉義科學園區籌設計畫等，而竹科放棄徵收之竹科三期用地議將待縣政府完成區段徵收後納入未來擴建需求。衡酌科學園區之開發過往屢因環評與原土地使用者或所有人權益等爭議，致開發進度延宕，且營運後聚集大量就業人口，衍生過度交通負荷量，導致交通壅塞問題，為利於後續科學園區之開發與營運順遂，各園區允宜籌設計畫階段，妥為縝密規劃，並建立良善溝通機制，俾科技發展、環保、民眾需求與經濟發展兼籌並顧。
表1 科學園區預計111年度進行園區擴建及籌設一覽表
單位：公頃；新台幣千元
工程名稱
預計總面積
主要產業
辦理期程
總經費
土地
權屬
取得方式
新竹科學工業園區第1期(寶山用地)擴建計畫
32.73
半導體
107
-113
8,132,930
大部分為私有
協議價購/徵收
新竹科學園區(寶山用地)第2期擴建計畫
91.35
半導體
109
-11229,499,393
大部分為私有
協議價購/徵收
新竹科學園區(X基地)籌設計畫
3.74
研發設計、資訊軟體及服務、軟硬整合、智慧應用相關產業
109
-114
18,235,704
大部分為台灣肥料股份有限公司
暫定為設定地上權
南部科學園區臺南園區擴建計畫
93.62
半導體、智慧機械、精準健康、產業創新
109
-115
16,244,820
大部分為台灣糖業股份有限公司所有
租用
南部科學園區高雄第二園區(橋頭)籌設計畫
262.39
半導體、航太、智慧機械、精準健康、產業創新
108
-129
42,503,360
大部分為台灣糖業股份有限公司及私有土地(區段徵收以前)
租用(台糖)/專案讓售(營建署)
南部科學園區新設屏東園區籌設計畫
73.83
智慧農醫、綠色材料、太空科技
110
-118
籌設中
台灣糖業股份有限公司所有
租用
南部科學園區新設嘉義園區籌設計畫
88
精準健康、智慧載具、智慧農業
110
-118
籌設中
大部分為台灣糖業股份有限公司所有
租用
資料來源：彙總自科技部提供資料。