農委會111年度預算案「農業發展」計畫編列補助農業特別收入基金(以下簡稱農業特收基金)342億4,061萬3千元，較110年度預算數增加60億2,180萬元(增幅21.34%)。經查：
(一)農業特收基金下設6個分基金，107至109年度國庫平均每年撥款補助496.76億元
農業特收基金下設農業發展基金(以下簡稱農發基金)、林務發展及造林基金、農業天然災害救助基金(以下簡稱天災救助基金)、漁業發展基金、農產品受進口損害救助基金(以下簡稱農損基金)及農村再生基金(以下簡稱農再基金)等6個分基金，其中農發基金、天災救助基金及農損基金分別依農業發展條例第54條第1項、第60條、第52條第3項及第4項設置；農再基金依農村再生條例第7條第1項設置，爰國庫依法每年撥款挹注該等基金；迄109年底國庫累計撥予農發基金2,916.62億元、農損基金1,818.13億元、農再基金1,500.02億元，均已依各該條例撥足法定撥補金額。
以國庫撥充農業特收基金概況觀之(詳表1)，107至109年度國庫撥款決算數介於446.86億元至588.02億元間，3年合計撥款1,490.27億元，平均每年約496.76億元，金額頗鉅，且每年度決算數均較預算數增加，107及108年度主要係因農業受災情況嚴重，由農委會公務預算依災害防救法移緩濟急支應及由行政院動支災害準備金撥付天災救助基金所需救助經費不足數，109年度則因對地綠色環境給付計畫新增實施環境基本給付措施及因應109年度旱災辦理停灌補償等，動支第二預備金支應農損基金所需經費，致國庫撥款增加。
表1 107至111年度國庫撥充農業特收基金概況表 單位：新臺幣千元
基金別
107年度
108年度
109年度
110年度
預算數
111年度
預算案
預算數
決算數
預算數
決算數
預算數
決算數
農業發展基金
8,839,694
8,839,694
9,295,127
9,295,127
15,324,517
15,802,730
16,784,694
18,913,959
林務發展及造林基金
0
0
0
0
0
0
0
0
農業天然災害救助基金
4,014,500
5,160,783
1,620,349
2,511,168
1,804,516
1,804,516
1,804,516
1,710,762
漁業發展基金
0
0
0
0
0
0
0
0
農產品受進口損害救助基金
7,788,969
7,788,969
8,615,930
8,615,930
10,037,937
13,548,947
9,629,603
13,615,892
農村再生基金
22,896,582
22,896,582
25,114,206
25,116,162
27,646,181
27,646,180
0
0
合 計
43,539,745
44,686,028
44,645,612
45,538,387
54,813,151
58,802,373
28,218,813
34,240,613
資料來源：農委會110及111年度預算書及農業特收基金歷年預、決算書。
(二)國庫111年度撥補農業特收基金342.41億元，較110年度增加60.22億元
農委會111年度預算案編列補助農業特收基金342.41億元，包含撥予農發基金189.14億元、天災救助基金17.11億元及農損基金136.16億元，總計較110年度預算282.19億元增加60.22億元，其中農發基金因糧政業務計畫參照109年度執行情形提高收購糧食預算數及調降糧食銷售收入，增加國庫撥補21.29億元，農損基金則因111年度「調整產業或防範措施計畫」項下新增辦理「因應貿易開放養豬產業轉型升級計畫」，及「綠色環境給付計畫」項下辦理農業環境基本給付措施等，致增加經費需求39.86億元，至於天災救助基金則因預期補助天然災害救助費用減少而降低國庫撥補0.94億元。
綜上，國庫依農業發展條例及農村再生條例規定設置農發基金、農損基金及農再基金，107至109年度平均每年國庫撥款補助496.76億元，109年度農再基金撥足法定撥補金額後，110及111年度仍賡續編列預算撥補農發基金、天災救助基金及農損基金推動各項農業措施，期達調整農業產業結構、穩定農業產銷、確保農業永續發展、增進農民所得及福利等目標；惟農發基金「糧政業務計畫」因辦理稻穀保價收購，連年負擔百億餘元公糧收購支出，排擠其他計畫預算額度，而農損基金自107年度起全面實施「對地綠色環境給付計畫」，平均每年支出70億元獎勵稻農轉作，期可減輕政府辦理稻穀保價收購之財政負擔並提升國內雜糧之自給率，惟稻米產量不減反增，公糧收購連年超支且庫存遠逾安全存量，推展成效未如預期。鑑於我國已申請加入跨太平洋夥伴全面進步協定(Comprehensive and Progressive Agreement for Trans-Pacific Partnership，簡稱CPTPP)，未來恐因開放市場對國內農業造成衝擊，農委會允宜審慎檢視農業特收基金各計畫之妥適性，秉零基預算精神妥為編製預算，以有限資源做最有效率之配置，落實辦理各項對應工作以降低衝擊，俾利達成基金設置目標。