依國防部提供資料，111年度各軍種規劃委託國家中山科學研究院(以下簡稱中科院)產製、整修武器裝備之作業維持及軍事投資案件分別為141案及38案，預算編列81億9,311萬元及156億8,214萬4千元。按中科院改制行政法人後仍承接國防部眾多武器裝備之產製及整修，其是否依約依限並如期如質交貨，對國軍戰力之維持及整備有重大影響，然揆109年度及110年截至6月底，國防部與中科院簽訂契約或委製(修)協議書仍以行政罰為主，未有契約納入違約罰金之規定，妥適性容待商榷。經查：
(一)國軍各單位與中科院簽訂委製(修)協議書時，得參考「採購契約要項」規定，於契約中載明逾期違約金之罰則規定
依國防部103年4月15日令頒國防部軍備局中山科學研究院改制行政法人採購案件移轉作業原則第6點規定：「各單位依政府採購法第 105 條第 1 項第 3 款規定洽中科院簽訂委製協議書之案件，僅不適用政府採購法招標、決標之規定，其他條文仍應適用，請各單位依個案需求參考主管機關子法『採購契約要項』妥適訂定協議書內容。」另國防部104年1月28日令頒「本部與國家中山科學研究院辦理委製(修)協議書條款訂定釋疑案」亦說明，各軍種可檢討將政府採購法有關「逾期違約金」部分納入罰則。
(二)近年國防部對中科院科研案及委製(修)案進度延宕之懲處，係以行政懲處或提出檢討報告為主
按中科院自103年4月16日改制為行政法人迄 110 年底，各年度承接軍種委託計畫均逾百案，提供國軍各項武器系統產製及支援國內外武器系統裝備相關維修服務，該院能否依契約所訂如期如質如量提供約定勞務或財物，對國防武力及國防自主之達成至為關鍵。而依國防部110年4月16日就110年度中央政府總預算決議事項檢送本院「檢討委製案計罰機制」書面報告，統計該部106年度至109年度對中科院科研案及產製案任務延宕之懲處計28案(詳表1)，其中行政懲處9案、提出檢討報告19案，並無課處違約金之案件。依國防部說明略以：「中科院接受軍種委託執行軍事裝備研產任務，若以逾期違約金為罰則，收繳之違約金將以歲入繳回國庫，造成國防預算浪費；且對延宕研產任務之違失人員亦無實質之懲罰…。」
表1 106年度至109年度年國防部就中科院研發、生產任務進度不如預期案件之懲處統計
年度
委製案（7案）
科研案（21案）
合計
行政懲處
檢討報告
行政懲處
檢討報告
106
○○專案：工程師申誡乙次
○○專案：工程師申誡乙次
-
○○計畫：技監等3人申誡兩次及乙次不等。
2案
5案
107
-
2案
-
1案
3案
108
-
-
○○專案：工程師申誡乙次。
1案
2案
109
○○專案：撤換組長職務
○○專案：撤換專案主持人職務。
1案
○○專案：工程師等3員核予申誡乙次至記過乙次
○○專案：專案主持人核予申誡乙次並撤換專案主持人職務。
○○專案：撤換專案主持人
12案
18案
總計
28案
資料來源：國防部。
(三)近年各軍種與中科院簽訂契約之罰則，仍以行政處分為主，未有納入違約金罰則之契約
查109年度及110年截至6月底，國軍各單位與中科院簽署契約或委製協議書之件數分為143件及150件，均僅明定行政處分罰則，未有納入違約金罰則之契約(詳表2)。然揆108年度及109年度中科院決算書資料，該院該2年度違約罰款收入分別為2億2,155萬1千元及2億5,366萬8千元，其中多有中科院為執行軍種委託計畫所辦理採購案，向廠商計取違約金罰款收入，納為該院業務外收入，而國防部各單位與該院簽訂契約卻無違約金之罰則，妥適性有待商榷。再依中科院提供資料，該院於與財政部、海巡署及警政署等機關簽訂契約，多已依政府採購法契約要項將違約金納入罰則，該院甚於106年度因「中央遙控警報系統維護案」未於期限內完成，遭內政部警政署處違約金4萬7千餘元，亦顯國防部未確實督導所屬單位將違約金納入與中科院簽訂契約條款，容有未臻妥適之處。
表2 109年度至110年6月底國防部各單位與中科院簽署契約或委製協議書總數及訂有罰則規定契約統計資料 單位：契約數
簽約年度
簽訂契約總數
明訂有違約金罰則之契約數
明訂有行政處分罰則之契約數
未訂有計罰機制之契約數
109
143
0
143
0
110
150
0
150
0說 明:本表僅列全案金額1,000萬元以上案件，統建案由統建單位列計。
資料來源：國防部。
(四)審計部前亦曾建議國防部宜督導所屬單位參考採購契約要項，於與中科院簽訂契約中訂定計罰違約金機制
審計部於108年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告(附冊-總決算部分)中亦指陳：「中科院依政府採購法第 105 條第 1 項第 3 款規定承接財政部關務署技術服務案，雙方契約中約定就驗收不合格部分，得減價收受及處以違約金，惟國軍各單位現行委託中科院產製及委修案所簽訂協議書內容，其中有關違約計罰 1 節，僅約定如可歸責中科院之事由致未能按時履約時，該院出具正式檢討報告或議處失職人員行政責任，並未參照『採購契約要項』訂定計罰違約金機制，…。鑑於中科院行政法人化後承接國防部暨所屬單位委研（製）修及工程案件金額龐鉅，…，該院能否依契約所訂如期如質如量提供約定勞務或財物，對國防武力及國防自主至為關鍵，…請國防部確實要求所屬單位依中科院改制採購移轉作業原則，於與中科院簽訂之軍種委託計畫契約中，增訂計罰違約金機制條款，以維權益。」
綜上，中科院近年承接軍種委託計畫均逾百案，提供國軍各項武器系統產製及支援國內外武器系統裝備相關維修服務，該院能否依契約所訂如期如質如量提供約定勞務或財物，對國防武力及國防自主至為關鍵。然查近年國防部與中科院簽屬契約或委製(修)協議書所訂罰則僅有行政罰，並未納入違約金之罰則規定，妥適性容待商榷。